Эмма Уайтло протестировала в ходе экспериментов достаточно большое количество эпигенетических белков и обнаружила, что лишь некоторые из них вызывают увеличение вариабельности в массе тела. Одним из белков, приводящих к такому результату, оказался Dnmt3a. Это один из ферментов, переносящих метиловые группы к ДНК для репрессии генов. Другой эпигенетический белок, вызывавший увеличение вариативности массы тела, называется Trim28. Он образует комплекс с некоторым количеством других эпигенетических белков, и вместе они добавляют специфические модификации к гистонам. Эти модификации снижают уровень регуляции экспрессии генов около модифицированных гистонов, и потому их называют репрессивными гистоновыми модификациями или метками. Участки генома, имеющие большое количество репрессивных меток на своих гистонах, в большей степени подвержены метилированию ДНК, а это значит, что Trim28 может быть важен для создания подходящих условий для метилирования ДНК.
Результаты этих экспериментов заставили предположить, что определенные эпигенетические белки выступают в роли неких «глушителей». «Голая» ДНК весьма подвержена случайной активации, и суммарный эффект этого можно сравнить с «фоновыми помехами» в наших клетках. Оно называется транскрипционным шумом. Эпигенетические белки призваны понижать громкость этого беспорядочных помех. Для выполнения этой задачи они добавляют к гистонам модификации, понижающие экспрессию генов. Похоже, что различные эпигенетические белки важны для подавления разных генов в одних тканях в большей степени, чем в других.
Понятно, что это подавление не имеет тотального характера. В противном случае все инбредные мыши были бы полностью идентичны в каждом аспекте своего фенотипа, а это, как мы знаем, не так. Вариабельность массы тела присутствует даже у представителей инбредных линий, разница лишь в том, что эта вариативность в большей степени присуща мышам с подавленными уровнями эпигенетических белков.
Этот сложный уравновешивающий процесс, в котором эпигенетические белки приглушают транскрипционный шум, но не подавляют экспрессию генов полностью, является своего рода внутриклеточным компромиссом. Они оставляют клеткам достаточно свободы в экспрессии генов, чтобы те смогли реагировать на новые стимуляторы — будь то гормоны или питательные вещества, загрязняющие агенты или солнечный свет, но при этом гены не находятся в «боевой готовности» к спонтанной активации, до тех пор, пока их не призовут к действию. Эпигенетика дает возможность клеткам придерживаться того зыбкого баланса, при котором они должны оставаться (и сохраняться) клетками разных типов с широким разнообразием присущих им функций, но при этом не быть жестко привязанными к какой-либо единственной схеме экспрессии генов, при которой они стали бы неспособны адекватно реагировать на изменения окружающей среды.
Постепенно становится понятным и то, что именно раннее развитие является тем ключевым периодом, когда начинает обнаруживаться и формироваться эта система контроля над транскрипционным шумом. В конце концов, очень незначительная доля в вариативности массы тела в исходных инбредных линиях может быть объяснена различиями в условиях окружающей среды в послеродовой период (всего 20-30 процентов). В последнее время все больший интерес в научных кругах проявляется к роли феномена, называемого программированием развития и определяющего, как различные события и явления, имевшие место в период эмбрионального развития, могут сказываться в течение взрослой жизни. Надо сказать, что все большее число исследователей придерживается мнения, что в основе такого программирования лежат именно эпигенетические механизмы.
Такой вывод полностью согласуется с результатами исследований Эммы Уайтло, в которых она определяла влияние на мышей пониженных уровней Dnmt3a и Trim28. Разница массы тела становилась заметной, уже когда мышам было всего три недели от роду. Этот вывод также согласуется с тем фактом, что пониженные уровни Dnmt3a приводили к увеличению вариативности массы тела, тогда как пониженные уровни родственного ему фермента Dnmt1 не вызывали каких-либо отклонений в экспериментах Эммы Уайтло. Dnmt3a может добавлять метиловые группы к абсолютно неметилированным участкам ДНК, а это означает, что он несет ответственность за установку в клетках надлежащих схем метилирования ДНК. Dnmt1 является белком, поддерживающим уже установленные предварительно схемы метилирования ДНК. Складывается впечатление, что наиболее важным условием для приглушения вариабельности экспрессии генов (по крайней мере, применительно к массе тела) является, в первую очень, установление правильных схем метилирования ДНК.