Уверившись в собственных силах, Джонстон решил попробовать себя и в иной стилистике, от семейного кино достаточно далекой. Он отказался от работы над продолжением своей дебютной картины («Дорогая, я увеличил ребенка») и в 1991 году взялся за съемки фильма по мотивам некогда популярного телесериала «Ракетчик». При этом история о герое-летчике времен второй мировой, который умел летать лучше, чем Карлсон (поскольку носил на спине ранец с ракетным двигателем), приобрела в киноверсии несколько своеобразный оттенок. Здесь Джонстон обильно цитировал фильмы об Индиане Джонсе и Джеймсе Бонде, внеся в простодушный сюжет изрядную долю здоровой иронии. Результат был неожиданным. На сей раз в восторге оказались кинокритики, окрестившие «Ракетчика» «постмодернистским комиксом». Зато зрители отнеслись к фильму весьма прохладно. «Впервые я столкнулся с тем, что фильм нравится мне и не по вкусу публике. Хотя мне казалось, что я сделал свою работу не хуже, чем тот же Земекис. Я был очень разочарован. Но «Ракетчик» до сих пор мой любимый фильм», — признается Джо сейчас.
Так или иначе, а огорченный Джонстон вернулся к семейному кино. Но от пристрастия к фантастическим поворотам сюжета и ярким спецэффектам не отказался. И потому его следующим фильмом стал «Повелитель страниц» (1994). На сей раз ему в руки попал сценарий о приключениях мальчика, заснувшего в библиотеке. «Я сразу сказал: мы будем делать смешанную картину — наполовину игровую, наполовину мультфильм, — вспоминает Джонстон. — Но выяснилось, что на нового «Кролика Роджера» денег не хватает, и пришлось сделать эти части раздельно». За мультипликацию отвечал известный аниматор Морис Хант, но общее руководство оставалось за Джонстоном. И Джо развернулся: он настоял на внесении в сценарий нескольких дополнительных эпизодов и персонажей. Получилась увлекательная фантастическая сказка о ребенке (его сыграл Маколей Калкин), который путешествует по страницам и сюжетам книг, сталкиваясь то с Моби Диком, то с Джекилом и Хайдом, то с воплощенным Ужасом.
Сказки сказками, но Джо не забывал и о своем наставнике Джордже Лукасе. И когда Лукас со Спилбергом решили продюсировать телесериал «Хроники молодого Индианы Джонса», одну из серий («Принстон») поставил Джонстон. Однако бывшему программисту хотелось большего. В 1995 году он получил прекрасную возможность показать все, на что способен, и не подкачал, сняв «Джуманджи» (1995) — свой второй фильм, который собрал в прокате более 100 миллионов долларов. Пожалуй, эта картина Джонстона лучше всего известна нашим читателям (она была даже в российском кинопрокате). Сюжет ее (как и полагается в семейном фильме) незатейлив и основан на одном фантастическом допуске: существует некая игра, которая становится реальностью. Она называется «Джуманджи» и может затащить человека в джунгли на двадцать лет или превратить мальчика в обезьянку. Игра превращает жизнь тихого американского городка в настоящий кошмар, когда на его улицы вырываются стада слонов и бегемотов.