В частности, несмотря на бум научной фантастики, представленной в том числе и самыми передовыми жанрами вроде киберпанка, в середине 80-х в аниме-фантастике, как и в фантастике вообще, наметился некоторый отход от классической НФ, постепенно вытесняемой фэнтези, мистикой и хоррором. Характерным примером этого стали многочисленные мистические OVA вроде «Синдзюку — город чудовищ» и «Принцесса-вампир Мию».
Тем не менее «твердая» НФ не сдавала позиций, классические жанры вроде меха-шоу, меха-сэнтая, космической оперы и т. п. прирастали новыми ветвями. Появлялись новые сериалы и полнометражные фильмы в двух столпах космического аниме, Макроссе и Гандаме. В 1988 году военно-космическое аниме дошло до логического завершения главной своей тенденции, стремления к морально-этической относительности: вышел OVA-сериал Нобору Исигуро «Легенда о галактических героях» («Гинга Эйюу Дэнсэцу») по мотивам одноименного цикла романов Есики Танаки. В этом сериале была полностью отвергнута концепция «нашей» стороны и обе противоборствующие космические империи изображались строго объективно и беспристрастно.
Параллельно классическим для фантастики жанрам и направлениям расцвел и вполне своеобразный и нехарактерный для западной фантастики побег: бытовая фантасмагория. Первым представителем этого направления, в чем-то близкого «реалистической фантастике», были уже упоминавшиеся «Эти несносные инопланетяне».
К концу 80-х японская анимация находилась на пике. Бесчисленные студии, талантливые молодые режиссеры, выросшие на аниме, знающие его от А до 91 и потому прекрасно понимающие, что и как надо снимать, чтобы получить сердца и кошельки зрителей, работали на полную мощность. Но главным успехом этого периода, стало то, что японская анимация наконец вышла за пределы Японии. Карл Масек, основатель и руководитель компании Harmony Gold, почитаемый и ненавидимый в фэндоме, сыграл в истории аниме не меньшую роль, чем Тэдзука и Миядзаки. Выведенный им на экраны США «Макросс», пусть даже в таком искалеченном, как «Робо-тех», виде, показал неяпонскому зрителю, что «есть такая партия». Кинофантастика made in Hollywood, ориентированная на блокбастерность, на нечеловеческие масштабы и бешеные бюджеты, а также классическая западная анимация впервые столкнулись с серьезным и опасным конкурентом.
В 90-х в Японии начался очередной бум западной культуры, а это означало, разумеется, появление новых тенденций и в аниме.
Одним из этих веяний стала эмансипация. В японской культуре, традиционно очень патриархальной, начали происходить серьезные изменения в роли женщины, что не могло не отразиться и в аниме. Скажем, в классическом жанре седзе-аниме, маха-седзе, начала размываться собственно магическая, фантастическая составляющая. Началась постепенная миграция жанра к вполне канонической «мыльной опере», также возникшей и в аниме-варианте. Представителями этой тенденции могут служить «Ленточка Химэ-тян» («Химэ-тян но риббон») по мотивам манги Мэгуми Мидзусавы и популярный сериал Дзуничи Сато и Кунихико Икухары «Прекрасная воительница Сэйлор Мун» (1992–1997), неоднократно показанный даже по нашему телевидению. Этот сериал, впервые остановившийся на подробном объяснении мира «девушек-волшебниц» и скрестивший маха-седзе с сэнтаем, стал, пожалуй, самым известным аниме за пределами Японии.
Половая граница между мужской и женской целевыми аудиториями начала неумолимо таять. Многие значительные работы 90-х рассчитаны на восприятие обоими полами, в частности начинавшийся как пародия на «Звездные войны» «Тэнчи лишний!», и романтическая мелодрама о любви студента-инженера и явившейся к нему на вызов богини из службы помощи людям «О! Моя Богиня!», в которой также появилась тема предназначения, так популярная в современной фантастике, и множество других фильмов. Одной из характерных особенностей было то, что парни, как правило, занимали в них весьма пассивную позицию, тогда как девушки были куда более решительны и энергичны.
Вышеупомянутая тенденция к росту количества и качества фэнтези-аниме реализуется во множестве произведений, от пышной и пафосной «Летописи войн Лодосса», как будто вышедшей из типографий издательства TSR, через романтическую «Летопись войн Арислана», базировавшуюся на еще одной книжной серии Есики Танаки, и комедии «Рубаки», до совершенно лишенного всяких тормозов капустника в «Полудраконе».
Мистика и хоррор становились все более запутанными сюжетно и красивыми графически, порой сливаясь с историческими фильмами, как в «Истории ниндзя Дзюбея» («Манускрипт ниндзя»). Другой классический жанр фантастического аниме, киберпанк, напротив, несколько утратил свои количественные позиции, обретя взамен великолепную графику и сложный сюжет.