С того дня юный Хэррихаузен стал ярым поклонником фантастического кино. Ему особенно пришелся по душе «Затерянный мир» по роману Конан Дойля. «Я знал, что эти чудовища не могут быть реальными, но в глубине своей души питал надежду, что они все-таки настоящие», — скажет он много лет спустя. Под влиянием увиденного на экране юноша принялся снимать дома на 16-миллиметровую камеру любительские короткометражки, причем кукол для своих фильмов делал сам.
В 1939 году Рэй поступает в Лос-Анджелесский колледж на отделение скульптуры, фотографии и драматургии. Полученные в ходе учебы знания он пытается применить на практике, экспериментируя со своими кукольными персонажами.
С началом второй мировой войны Хэррихаузена призывают в армию, где его умения находят применение. Совместно с сослуживцем и ровесником Чарлзом Шниром они снимают несколько короткометражных учебных фильмов для военнослужащих. Позднее Шнир станет режиссером многих картин, в создании которых участвовал Хэррихаузен.
Вернувшись с фронта, Рэй решает вплотную заняться кино. Свои короткометражные мультфильмы он объединяет в общий цикл под названием «Сказки Матушки Гусыни» (1946). Однажды он решает показать эти опусы кумиру юности Уиллису О'Брайену, и мэтр весьма благожелательно принимает молодого художника и его «надомное творчество». Более того, предлагает Рэю участвовать в работе над следующим фильмом — подражанием тому самому «Кинг Конгу», что изменил жизнь Хэррихаузена.
«Могучий Джо Янг» (1949) замышлялся как римейк «Кинг Конга»: очередная история об африканской женщине и гигантской обезьяне, зрелище разрушенного Нью-Йорка и финальные сцены охоты на колосса. Даже состав съемочной группы был тем же, что и при создании «Кинг Конга»: сценарист и продюсер Мериан Купер, режиссер Эрнест Скедзак и Уиллис О'Брайен, которому помогал Рэй. Однако старание и вклад Хэррихаузена в создание «Джо Янга» оказались такими значительными (более 85 % всей анимации), что в титрах ленты он фигурировал как старший техник.
«Могучий Джо Янг» существенно отличался от своего предшественника. Обезьяна оказалась гораздо более «эмоциональной» и выразительной. Будучи всего лишь анимированной куклой, колосс умудрялся на протяжении фильма демонстрировать зрителям целую гамму чувств к главной героине; отношения между ними выглядели вполне естественными. Все это было обусловлено долгой и масштабной подготовкой: стремившиеся добиться точности в деталях, О'Брайен и Хэррихаузен отправились в Чикагский зоопарк и в течение многих часов фотографировали там самую крупную гориллу — как она ходит, ест, реагирует на окружающих…
В ходе работы над этим фильмом возникли неожиданные проблемы с покадровой анимацией. Макет гориллы на этот раз был более совершенным, чем в «Кинг Конге», в частности, изменилась и шерсть. Аниматорам никак не удавалось предвидеть, как преобразуется положение «растительности» на теле обезьяны в ходе манипуляций с макетом. Поэтому в некоторых эпизодах бросается в глаза, что при слишком резких движениях Джо Янга шерсть на нем как бы «живет отдельной жизнью».
Тем не менее фильм стал значительным шагом вперед в техническом плане — главным образом, за счет того, что его создатели наделили простую куклу почти человеческой мимикой и душой. Ранее такого не мог достичь никто. Также впервые удалось заставить макет взаимодействовать с людьми так, словно это живой актер: например, в сцене, где горилла поднимает над головой играющую на пианино девушку и смотрит в камеру с поистине человеческим выражением.
Однако, как это часто бывает в мире кино, техническим новациям и художественным находкам (фильм получил «Оскара» в номинации «Лучшие спецэффекты») не сопутствует коммерческий успех. «Могучий Джо Янг» с треском провалился в прокате.
Хэррихаузен вернулся к своим короткометражкам. Чтобы создавать их, ему самому пришлось придумывать кукол, писать сценарии и делать всю остальную работу. Одна из таких лент понравилась телевизионщикам, и Рэй получил контракт на съемку нескольких детских мультфильмов вроде «Гензель и Гретель» или «Рапунцель». Работать на телевидении тоже было нелегко. Однажды, например, произошел курьезный случай — мультфильм о Красной Шапочке был отнесен к категории «Детям старше 12 лет» лишь на том основании, что сцена, когда охотники вспарывают живот волку и оттуда выходят бабушка и ее внучка, была «слишком натуралистичной». Сняв пять телевизионных короткометражек, Хэррихаузен делает вывод, что вкладывает слишком большой труд в каждую картину, не получая должного отклика телезрителей. Он стремится вернуться в большое кино.