Тему для ставшей классикой отечественной НФ-повести «Вирус В-13» (1955) подсказала обстановка тех лет, когда холодная война была уже в разгаре. В газетах постоянно публиковали сообщения о «происках апологетов загнивающего капитализма, пытающихся отсрочить свою неминуемую гибель», велась шумная кампания «борьбы за мир во всем мире». Пружиной действия стал поединок вокруг изобретений фашистского профессора Морге и советского ученого Русакова. В детективный сюжет гармонично вписались эпизоды фантастические: всесильный препарат профессора Русакова, удивительная мимика артиста Бланка, позволяющая «менять лицо». «Вирус» — редкий пример настоящей приключенческой НФ: динамичный, но при этом сложный, многоходовый сюжет, полнокровные персонажи. На фоне серого торжества близкоприцельной фантастики «Вирус В-13» был подлинной жемчужиной детективной НФ. Повесть, хотя и была выпущена лишь в Новосибирске, пользовалась широкой всесоюзной известностью и выдержала шесть изданий.
Правда, сам автор больше любил другую свою повесть — «Тайна белого пятна» (1959), основанную не на газетном и книжном материале, а на сибирских реалиях, хорошо ему известных. Тут мотивировка событий вызывала у читателей полное доверие, а психологические характеристики героев были выразительны и глубоки.
За 40 лет активной творческой деятельности Михеев успел поработать в разных жанрах: писал стихотворные сказки, школьную повесть, приключения и детективы, путевые очерки и, разумеется, НФ. В 1963 году был принят в Союз писателей и окончательно перешел на литературные хлеба. В это время — на волне взлета советской НФ — увлекся фантастикой всерьез и надолго. В 1965 году в «Уральском следопыте» появился его первый чисто фантастический рассказ «Пустая комната», а в следующем году вышла и первая книжка фантастики «Которая ждет». Затем увидели свет ставшие классикой книги «Далекая от Солнца» (1969), «Милые роботы» (1972), сборник избранного «Вирус В-13» (1986)…
«Фантастика для автора — это, прежде всего, размышление о будущем», — писал М.П.Михеев. Но ведь все эти мечтания о будущем лишь для того, чтобы найти ответы на вопросы дня сегодняшнего! Поэтому михеевские рассказы нередко откровенно полемичны, как, например, цикл «Милые роботы» — своего рода похвальное слово технике во времена, когда на нее стали поглядывать уже с опаской…
Различными средствами пытался писатель достичь иллюзии достоверности. Психологической убедительностью характеров, умелым применением точно найденной художественной детали, синхронным взглядом романтика и сатирика на одну и ту же проблему. Центральными же темами НФ Михаила Михеева 1960-1970-х годов стали «человек и наука» и «человек и техника».
Особняком стоит написанная семидесятилетним фантастом повесть «Год тысяча шестьсот…», вышедшая в Новосибирске в 1985-м. И дело не в том, что повествует она об эпизодах жизни юных спортсменов — фехтовальщицы Ники из Иркутска и боксера Клима из Москвы, «выпадающих» с Универсиады на Кубе прямиком в XVII век. Михеев, сохранивший на всю жизнь «уважение к приключенческой литературе», и в преклонном возрасте сумел взглянуть на события свежим взглядом юности. В небольшую книжку уместилось огромное количество приключений со стрельбой и фехтованием, кораблекрушением, пиратами, «тайнами мадридского двора» и чудесным возвращение домой! Нашлось место в повести, эпиграфом к которой автор выбрал слова Марка Твена: «Вы, конечно, слыхали о переселении душ?», и тонкой пародии на классические романы приключений.
Это сейчас «попаданцы» в другое время — обычное явление. Но в советской фантастике к этой теме относились настороженно… «Голубой человек» (1966) Лазаря Лагина, «Петля гистерезиса» (1968) Ильи Варшавского, «Зеркало для героя» (1983) Святослава Рыбаса — это почти полный список… И повесть М.П.Михеева — одна из лучших на полке темпоральной НФ советской эпохи.
В 1980-е Михеев все чаще стал обращаться к детективу, его повести тех лет пользовались неизменным успехом, особенно детективная трилогия, составившая содержание авторского сборника «Поиск в темноте» (1990).
Последние 20 лет жизни М.П.Михеев большое внимание уделял «воспитанию» молодого поколения фантастов, организовал и 15 лет руководил легендарным объединением «Амальтея» при Новосибирском отделении СП СССР, в недрах которого вызревала ставшая заметным явлением 1980-х — начала 1990-х сибирская школа фантастики. Среди известных выпускников михеевской «Амальтеи» — Александр Бачило, Игорь Ткаченко, Василий Карпов, Евгений Носов, Виталий Пищенко, Владимир Титов, Александр Шалин…