Храм изначально был построен как четырёхстолпный, с тремя апсидами. Белого камня на него не жалели. Мощные столбы несли на себе верхнее перекрытие в виде сводов. На хоры вела удивительная по красоте вмонтированная в стену лестница, которая сохранилась.
Надо сказать, что строительство кремлёвского храма Рождества Богородицы княгиней Евдокией в эти годы предопределило многие архитектурные начинания того времени, повлияло на развитие так называемого раннемосковского стиля, образцами которого потом стали звенигородские соборы, построенные её сыном Юрием, а также каменный Троицкий храм в монастыре, основанном преподобным Сергием.
Это означало, что Евдокия обладала большими знаниями в сфере зодчества, изящным вкусом и передовыми взглядами на понимание законов архитектуры и ландшафта. При этом в линиях церкви можно заметить некоторые следы более древней, владимиро-суздальской архитектуры, которая была близка Евдокии по духу с самого детства, ибо выросла она в окружении белокаменных красот, которые окружали её в доме-отчине отца.
Для росписи храма в Московском Кремле выбрали самых достойных для того времени иконописцев. Уже в 1395 году упоминаются те, кто выполнил эту работу: Феофан Грек и Даниил Чёрный с учениками (в некоторых работах почему-то указывается, что это был не Даниил, а Симеон Чёрный). Феофан был признанным мастером фрески, и тогда ему действительно не было равных на Руси.
Некоторыми исследователями высказывается предположение, что именно княгиня Евдокия пригласила Феофана Грека в 1399 году расписывать Архангельский собор Московского Кремля. Так как по её инициативе происходила реконструкция и перестройка каменных стен храма, которые затем и были украшены фресками.
Дальнейшая судьба храма Рождества Богородицы в Кремле, построенного княгиней Евдокией в память о своём муже, была такова. Как писали в XIX столетии, церковь «находилась тогда не во втором этаже теремов, как потом, но внизу. В 1473 году она сгорела, а в 1480 году её своды, как мы уже говорили — обрушились. Когда при Иване III теремные здания были перестроены и подняты этажом выше, то в 1514 году великий князь Василий III повелел Алевизу Фрязину соорудить церковь Рождества Богородицы уже вверху. В характере внутренних украшений этой церкви заметен вкус XVII века, которого строго придерживались и при последовавших возобновлениях: она тускло освещается готическими окнами, которые затейливо украшены древними орнаментами, а стены — фресками в старинном стиле».
Увы, сегодня и это почти не сохранилось. Лишь старинные карты, такие как, например, знаменитый «Кремленаград», датируемый началом XVII века, могут помочь нам представить, как могла выглядеть тогда вся эта красота.
Позднее даже здание Алевиза Нового было сильно изменено. Это случилось уже 1681—1684 годах, когда царствовал Фёдор Алексеевич. Тогда вместо Алевизова изящества появился храм с одной главой, трапезной и почти прямоугольным алтарём. Именно в то время перестал существовать древнейший придел, а по сути — храм Воскрешения Лазаря.
Но во время строительства Большого Кремлёвского дворца умные люди восстановили придел Святого Лазаря. Произошло это в 1838 году. Тогда реставраторы попытались даже восстановить облик храма Рождества Богородицы XVII века.
По рассказу очевидца, посетившего храм Рождества Богородицы в XIX столетии, мы можем узнать о некоторых святынях, которые там хранились. «Между образами, — читаем мы, — замечателен список с образа Феодоровской Богоматери, бывший в особенном уважении дома Романовых. Оригинал, как известно, находится в костромском Ипатьевском монастыре (принесена в Москву матерью царя Михаила Фёдоровича Марфой). На иконостасе храма местные иконы вышиты самими царицами и царевнами золотом и унизаны жемчугом и драгоценными каменьями. В притворе храма сквозь окно в церковь слушали Божественную службу царицы во время шестинедельного срока после родов».
Известно, что в Московском Кремле многое пострадало после событий 1918 года и позднее. Однако даже во время больших потерь и разрушений именно храм Рождества Богородицы, возведённый великой княгиней Евдокией, частично был приведён в некоторый порядок. Первоначально это было сделано во время ремонта зданий Кремля в 1923—1928 годах. Азатем, в 1949—1952 годах, уже более профессионально провели настоящую реставрацию подклета, фактически сохранившейся нижней части церкви, включая храм Святого Лазаря.
И по сей день церковь Рождества Пресвятой Богородицы на Сенях в Кремле — это один из наиболее старых, ценных и важных для истории Москвы памятников церковной архитектуры.