Борису Евгеньевичу присуще глубокое понимание роли и места науки в решении гуманитарных проблем развития общества. Уделяя огромное внимание разработке и внедрению современных технологий в производство, он одновременно добивается осуществления обоснованных научных оценок их влияния на окружающую среду и человека. Под его руководством были выполнены прогнозные оценки негативных экологических и социально-экономических последствий крупномасштабных осушительных и оросительных мероприятий по мелиорации в Украине, интенсивной химизации сельского хозяйства, переброски части стока рек Дунай и Днепр.
После распада Советского Союза и образования независимой Украины в условиях длительного экономического и финансового кризиса, который не минул и Академию наук, ее президент сумел сохранить и ее, и основные научные школы.
Благодаря огромному опыту и авторитету Бориса Евгеньевича в мировом научном сообществе удалось на законодательном уровне закрепить статус академии как высшей научной государственной организации, сохранить принципы ее академического самоуправления, осуществить перестройку ее структуры в соответствии с новыми условиями, направить фундаментальные и прикладные исследования на решение неотложных задач строительства государства.
Б. Е. Патон внес большой вклад в создание в Украине Академий медицинских, правовых, педагогических и аграрных наук, Академии искусств. Он – председатель Совета президентов этих академий, успешно координирует работу государственных академий. На базе институтов технического профиля созданы научно-технические комплексы, открыты малые научно-производственные и внедренческие предприятия, технопарки. Это дало возможность развивать инновационную деятельность институтов НАН Украины.
Под руководством Б. Е. Патона совершенствуется организация фундаментальных и прикладных исследований, определены приоритеты в развитии отдельных научных направлений и междисциплинарных исследований.
Значительная часть бюджета, выделяемая академии для финансирования фундаментальных и прикладных наук, распределяется на основании решений конкурсных комиссий отделений и научных советов комплексных программ академии, которые выполняются коллективами институтов различных отделений. Среди них – «Наносистемы, наноматериалы и технологии», «Сенсорные системы», «Интеллектуальные информационные технологии», «Водородная энергетика», «Энергосбережение», «Проблемы демографии и развития человечества».
Успешно выполнен большой комплекс исследований и разработок технологии, оборудования и материалов по возглавляемой Борисом Патоном программе «Ресурс».
Велика роль Бориса Евгеньевича в координации деятельности государственных Академий наук, сотрудничества их с вузами. В академии успешно функционируют отделения целевой подготовки Киевского национального университета имени Тараса Шевченко и Национального технического университета Украины «Киевский политехнический институт», физико-технический образовательный научный центр. Более тысячи ученых академии преподают в высших учебных заведениях страны.
Борис Евгеньевич, как уже упоминалось, постоянно заботится о научной молодежи, привлечении талантливых молодых людей в науку, об их финансовой поддержке и улучшении условий жизни. Президиум НАН Украины ежегодно проводит конкурсы работ на соискание Государственной премии Украины в области науки и техники для молодых ученых, стипендий президента, Кабинета министров Украины и НАН Украины. Финансируются молодежные научные проекты, строятся и реконструируются общежития для аспирантов.
Много усилий Б. Е. Патон прилагает для сохранения и развития международного научного сотрудничества, внешнеэкономических связей с деловыми партнерами из зарубежных стран. Ученые Украины участвуют в выполнении совместных программ с Международным институтом прикладного системного анализа, Национальным центром научных исследований Франции, Советом по науке и технике Турецкой Республики, Европейской научной ассоциацией геофизических исследований (EISCAT), Европейской организацией ядерных исследований (CERN), Объединенным институтом ядерных исследований в Дубне. Проводятся совместные конкурсы научных проектов с Украинским научно-технологическим центром, Российским фондом фундаментальных исследований, Российским гуманитарным научным фондом, Сибирским отделением Российской академии наук, созданы и успешно работают совместные центры по трансферу технологий и коммерциализации научных разработок с организациями Китая, Вьетнама, Республики Корея. На протяжении последних лет было подписано 96 соглашений о сотрудничестве с научными учреждениями 45 стран мира.