26 ноября 1920 г. были организованы Оперативный отдел (на базе части Активного отделения при Президиуме и Регистрационно-статистического отдела) во главе с Борисом Моисеевичем Футоряном и Специальное отделение при Президиуме ВЧК во главе с бывшим начальником Активного отделения А.Я. Беленьким.
После реорганизации структуры центрального аппарата ВЧК в январе 1921 года были образованы Секретно-оперативное (СОУ) и Экономическое (ЭКУ) управления. В СОУ из руководящих сотрудников можно отметить чекистов-евреев:
В Оперативном отделе-начальник отдела Футорян (после его ухода с чекистской работы в апреле того же года отдел возглавил Владимир Исаакович Хаскин, а еще через 2 месяца, 1 июля начальником Оперотдела становится белорус Иван Захарович Сурта), секретарь отдела Софья Борисовна Иоффе, начальники 2 отделений (из 11) — оперативного (Шлема Вульфович Гольдесгейм) и обработки материалов (Моисей Израилевич Шкляр);
В Особом отделе-заместитель начальника отдела г. г. Ягода, начальники спецотделений (нумерация начиналась с 13-го): а) 14-го (контрразведка по странам Востока) — Моисей Григорьевич Калужский (его преемниками в течение года побывали старые большевики С. г. Могилевский, Моисей Абрамович Трилиссер и Абрам Аронович Вербов, помощником начальника отделения был Мирон Маркович Великовский); б) 15-го (контрразведка по основным европейским странам) — Карл Викторович Паукер (декабрь 1921 3 июль 1922 г г., с января 1921 г. был помощником начальника отделения); в) 16-го (собственно военная контрразведка в Красной Армии) — Я.С. Агранов (через 3 месяца в апреле 1921 г. его сменил Сергей Васильевич Пузицкий, русский дворянин); г) в январе 1922 г. было организовано 11-е спецотделение во главе с З.М.Залиным (Левиным) (до мая того же года);
В Секретном отделе — уполномоченные (начальники) отделений: 1-го 1-го (против анархистов) — М.В. Бренер, 4-го (против правых партий) — Яков Михайлович Генкин, 7-го (против разных партий) — И.А. Шпицберг (всего было 9 отделений, 9-е, по еврейским партиям, возглавлял латыш Л.И. Юргенс. С апреля особоуполномоченным СО по важнейшим делам был Я.С. Агранов.
31 марта того же года Ягода назначен по совместительству заместителем начальника СОУ. 12 апреля заместителем председателя ВЧК вместо И.К. Ксенофонтова был назначен Иосиф Станиславович Уншлихт, старый большевик, член РВС Западного фронта (во всех анкетах и документах писал «поляк», по документам Департамента полиции проходит как еврей.)[25]
Созданный 20 декабря 1920 г. на основе Иностранного отделения Особого отдела ВЧК Иностранный отдел (в нем к марту 1921 г. работали помощник начальника отдела Константин Зильберман, сотрудник для особых поручений Григорий Ефимович Луцкий (он же Еланский, Элланский), сотрудник для поручений Илья Яковлевич Гузик (возглавил 6 августа 1921 г., сменив армянина Я.Х. Давтяна), бывший начальник 14-го спецотделения ОО ВЧК С. г. Могилевский, другие евреи — руководящие сотрудники ИНО (из 8 человек в общей сложности) — помощник начальника отдела и начальник Закордонной части М. А. Трилиссер, начальник Осведомительной части З.М. (Л.Б.) Залин (Левин).
В Информационном отделе ВЧК подотдел военной цензуры с ноября 1921 г. возглавлял старый большевик журналист Борис Евсеевич Этингоф.
В Экономическом управлении в 1921-начале 1922 г. работал помощником начальника управления Е.Б.Юровицкий.
В последнем составе Коллегии ВЧК (по данным «Организационного отчета ВЧК» на 1 декабря 1921 г.) евреев было 4 — И.О. Уншлихт, г. г. Ягода, С.А. Мессинг (с января 1921 г. — председатель Московской ЧК) и приравненный по положению к члену Коллегии С. г. Могилевский (также в Коллегию входили 4 русских, 3 поляка, 3 латыша, 2 украинца и 1 белорус.[26]
Таково было реальное количество евреев на руководящих постах в центральном аппарате ВЧК к моменту ее реорганизации в феврале 1922 г.
При рассмотрении вопроса о конкретном национальном составе подразделений ВЧК в настоящее время имеются данные анкет переписи основных категорий специалистов — следователей, их помощников, комиссаров и разведчиков трех ведущих подразделений: отделов по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и должностными преступлениями. «В числе 42 следователей и заместителей следователя этих отделов было 12 латышей, 10 русских, 10 евреев, 8 поляков и литовцев, 1 немец, 1 — не установлено. Что же касается оперативных работников — комиссаров и разведчиков, то среди них национальное представительство распределилось следующим образом: латыши — 42 чел., русские — 18 чел., поляки и литовцы — 9 чел., евреи — 7 чел., по одному немцу и греку, не установлено — 1 чел. Сравнивая национальный состав этих категорий сотрудников, можно прийти к выводу, что среди следственного персонала была наиболее значительна доля евреев, тогда как подавляющее большинство оперативных работников имело латышское происхождение. Связано это было с тем, что следственная работа даже в условиях гражданской войны и отсутствия законов требовала по сравнению с другими категориями чекистских специалистов наибольшего интеллекта и этим требованием благодаря относительно высокому образовательному цензу отвечали евреи. Судя по анкетам переписи служащих-коммунистов декабря 1918 г., где присутствовал пункт об образовании, подавляющее большинство чекистов-евреев, особенно занимавшихся следственной работой, имели образование в объеме не ниже гимназии или реального училища, а некоторые даже учились в высших учебных заведениях». Число евреев в центральном аппарате ВЧК увеличивается с осени 1919 г. К ноябрю этого года из 158 сотрудников ВЧК (не считая аппарат Управления особых отделов) было 33 еврея (20,9 %), 23 латыша (14,6 %), 8 поляков и литовцев (5,1 %). По мнению исследователя, «более чем двукратное по сравнению с июлем увеличение евреев объяснялось сугубо территориальной причиной. Она была связана с эвакуацией осенью 1919 г. из занятых деникинскими войсками областей Украины сотрудников местных ЧК, среди которых крайне широко преобладал еврейский элемент. Наибольшее число вновь поступивших евреев являлись в прошлом сотрудниками Киевской губЧК».[27]