И хотя Иван Федорович не сработался с заведующим Заграничной агентурой Леонидом Ратаевым и, игнорируя его, вел все сношения непосредственно с министром Плеве, удачно выполненное задание стало ступенью его дальнейшей карьеры. Немного забегая вперед, отметим, что в 1906 году, в разгар революции, русское правительство осуществило во Франции крупный денежный заем — несмотря на агитацию либеральной французской печати и при содействии газет, ранее «прикормленных» Манасевичем-Мануйловым.
В июле 1904 г. по приказу директора Департамента полиции А. А. Лопухина Манасевич-Мануйлов организовал и возглавил Отделение по розыску о международном шпионстве (в составе Особого отдела Департамента полиции), в задачи которого входило, кроме наблюдения за иностранными шпионами, добыча шифров иностранных государств.
«Это отделение, не имевшее определенного штатного расписания и каких-либо письменных инструкций, было временным образованием, в которое кроме самого Мануйлова был включен жандармский ротмистр М. С. Комиссаров, дешифровщик В. И. Кривош, отряд филеров, а также навербованная Мануйловым «внутренняя агентура», в основном из обслуживающего персонала зарубежных посольств в Петербурге. В соответствии с его названием мануйловское отделение интересовали не только и не столько японцы, сколько вообще все иностранцы, чье поведение и связи вызывали подозрения. В июле-августе 1904 г. отделение установило наблюдение и контроль за перепиской шведско-норвежского морского атташе г. Ф. Краака, итальянского военного агента графа Л. Руджери, ряда американцев и англичан… Результаты не заставили себя ждать. Наблюдение за Крааком, например, обнаружило его частые встречи с американцем X. Бергом, который по заданию Морского министерства России заведовал постройкой подводной лодки на Балтийском судостроительном заводе. Перлюстрация же донесений шведского морского агента показала, что ему известны некоторые секретные сведения, источником которых является Бер г. В результате правительство отказалось от услуг американца, которому не помогли и его особо доверительные отношения с великим князем Александром Михайловичем, ведавшим вооружением вспомогательных судов флота…
Отделение быстро развернуло свою работу, и уже во. второй половине августа Мануйлов представил в Департамент добытый «агентурным путем» шифр американского посольства, а в начале сентября — китайский».[9] Позднее были добыты шведский, болгарский, румынский шифры и часть японского дипломатического шифра.
В октябре 1904 г. «было получено еще 4 китайских шифра, атакже фотокопия книги посольских донесений. В результате появилась возможность контролировать всю переписку китайской миссии. Если же учесть, что через Петербург шли депеши МИД Китая к его представителям в странах Западной Европы, можно утверждать, что перехватывалась и большая часть корреспонденции китайского внешнеполитического ведомства».[10]
Во время русско-японской войны Манасевич-Мануйлов занимался за границей разведкой и внешней контрразведкой, устроив внутреннюю агентуру при японских миссиях в Гааге, Лондоне и Париже, в американскую миссию в Брюсселе и в итальянскую в Париже, получив часть японского дипломатического шифра, благодаря чему «были получены указания на замысел Японии причинить повреждения судам Второй эскадры на пути следования на Восток».[11]
Его заслуги были оценены в Петербурге, в доме 16 по набережной Фонтанки. Директор Департамента полиции А.А. Лопухин докладывал 3 августа 1904 г.:
«При открытии военных действий на Дальнем Востоке Департамент полиции при посредстве чиновника особых поручений при министре внутренних дел Мануйлова стал пытаться организовать правильное наблюдение за представителями японского правительства в западноевропейских государствах, и уже в феврале месяце благодаря полному содействию начальника французской секретной полиции Кавара и начальника Разведочного бюро при Министерстве внутренних дел Моро удалось получить копии всех телеграмм японской миссии в Париже, а также, ввиду существующей во французском Бюро секретной агентуры в японской миссии, г-н Мануйлов регулярно стал получать значительное количество документов из парижской миссии. Затем, по предположению французской полиции, г-н Мануйлов расширил свою деятельность и установил правильное наблюдение при посредстве домашней прислуги в японских миссиях в Лондоне и Гааге». В итоге только до конца июля было добыто более 200 японских документов.[12] В октябре, 1904 г. Манасевич-Мануйлов был вновь командирован в Париж с заданием «организовать разведочное бюро в Вене и Париже по наблюдению за действиями японцев» и по разработке грузинского революционера-эмигранта г. г. Деканози, подозреваемого в шпионаже в пользу Японии. Русским военным атташе во Франции, Италии и Австрии предписывалось оказывать ему «возможное содействие и помощь». По мнению современного исследователя, «речь, таким образом, шла о развертывании самостоятельного агентурного наблюдения за японскими дипломатами в Западной Европе, что, однако, не означало прекращения сотрудничества Департамента полиции с французскими специальными службами. Необходимость учреждения новой агентуры была вызвана еще и тем обстоятельством, что действовавшая в Западной Европе заграничная агентура Департамента полиции многие годы наблюдала за русской революционной эмиграцией, и осуществление «военных разведок», по признанию ее заведующего, было для него делом совершенно «необычным»… Выбор Мануйлова для этой цели объяснялся его опытом работы во Франции, а главное — успехами возглавлявшегося им Отделения по розыску о международном шпионстве. Уже в сентябре 1904 г. он… был неофициально признан «заведующим японскими делами» департамента».[13]