После мятежа левых эсеров 6 июля 1918 года в персональном составе ВЧК произошли значительные изменения, был обновлен состав членов ВЧК, в течение полутора месяцев в июле-августе обязанности председателя ВЧК исполнял Я.Х. Петере, затем вновь вернулся Дзержинский, а Петере стал его заместителем. В конце сентября-начале октября 1918 г. из 9 членов ВЧК 8 были русскими и один латыш (М.Я. Лацис). На следующем уровне руководства из евреев заведовали подразделениями центрального аппарата: Отделом районных ЧК (в Москве, где еще не была создана городская ЧК) — Яков Михайлович Юровский, Санитарным отделом — Михаил Григорьевич Кушнер (зрач и старый большевик), Автомобильным отделом — Владимир Давидович Гарш, секретарем Президиума — Гутман Нафтальевич Левитан.
На более низком уровне мы видим сотрудников-евреев в следующих подразделениях центрального аппарата ВЧК: в Отделе по борьбе с контрреволюцией — заместитель заведующего Вениамин Вениаминович Липшиц, заведующий Уголовным подотделом Отдела по борьбе с преступлениями по должности вышеупомянутый И.А. Визнер, в Иногороднем отделе — секретарь г. С. Мороз, в Отделе по борьбе со спекуляцией (о «еврейском засилье» в нем было особенно много разговоров, попавших в воспоминания князя С.Е. Трубецкого) среди руководящих работников евреев не было.
В следующем 1919 году из 17 человек, бывших в течение года членами Коллегии ВЧК (10 русских, 3 латыша, белорус, армянин и поляк), был 1 еврей — Григорий Семенович Мороз, бывший заведующим Инструкторским отделом, секретарем ВЧК, а с ноября 1919 по апрель 1920 г. — заведующим Следственным отделом. Он же входил и в Президиум ВЧК, выделенный из состава Коллегии в апреле того же года.
Из других руководителей центрального аппарата можно отметить заведующего следственным отделением при Президиуме ВЧК (в апреле-мае 1919 года) Х.В.Пинеса (его преемниками уже в качестве заведующих Следственной частью были в том же году Григорий Маркович Приворотский, исполняющий обязанности) и вышеупомянутый г. С. Мороз), в Секретном отделе — помощника начальника Макса Абелевича Дейча, в Управлении особого отдела — важнейшего подразделения ВЧК в 1919–1921 г.г. — особоуполномоченных Якова Сауловича Агранова (с 1920 по январь 1921 г. заместитель начальника УОО) и уже упомянутого И.С. Кизильштейна (с августа 1919 г.), в 1920 г. этот пост занял и Соломон Григорьевич Могилевский. В ноябре того же года временно исполняющим должность управляющего делами Управления особого отдела (затем был утвержден в должности) стал будущий руководитель органов госбезопасности Генрих Григорьевич Ягода. Административный отдел того же управления возглавлял Лев Маркович Брагинский (бывший левый эсер). Иностранное отделение УОО, будущую советскую разведку, очень недолго возглавлял осенью следующего, 1920 года Зельман Маркович Левин (работал в ВЧК-НКВД под именем Льва Борисовича Залина) (в ИНО за последнюю треть этого года сменилось 3 начальника).[23]
С апреля 1920 г. новообразованное Юридическое бюро при ВЧК возглавлял Моисей Маркович Луцкий (профессиональный юрист).
В новый состав Коллегии ВЧК, утвержденный постановлением СНК 29 июля 1920 г., вошло 2 еврея — управляющий делами Особого отдела ВЧК г. г. Ягода и заместитель председателя Московской ЧК, фактически руководивший ей при занятости Дзержинского, Станислав Адамович Мессинг (другие члены Коллегии — 5 русских, 2 поляка, 2 латыша, 1 белорус и 1 армянин.
13 сентября 1920 г. новообразованное Управление делами ВЧК возглавил по совместительству г. г. Ягода, среди руководящих работников УД также был помощник Ягоды Яков Давидович Березин).
21 сентября 1920 г. еще одно новое подразделение центрального аппарата ВЧК — Административно-организационный отдел возглавил уже упоминавшийся Л. М. Брагинский. Как самостоятельная единица отдел просуществовал недолго, и уже 1 декабря того же года вместе с Административными отделами Особого и Транспортного отделов вошел в новое Административно-организационное управление ВЧК, начальником которого стал известный чекист Иван Андреевич Апетер — латыш по происхождению, которого позднейшие фальсификаторы истории записали в евреи (под именем Хаим он попал и в комментарии к современному научному изданию).[24] Из подлинных евреев — руководящих работников нового управления, отметим секретаря АОУ Якова Исааковича Серебрянского, начальника контрольной комиссии Сергея Михайловича Шпигельглаза (оба впоследствии стали выдающимися разведчиками) и начальника Административного отдела Л.М. Брагинского.