Еврейская общественность попыталась противостоять грозящей катастрофе. Группа петербургских евреев готовила и по различным каналам пересылала влиятельным государственным деятелям свои документы, петиции, проекты и прошения. Самая радикальная форма протеста, на которую решились «нотабли» еврейской общины, — назначение на 18 января 1882 г. всеобщего поста и богослужения в синагогах страны в память о жертвах погромов. Другой формой протеста стала массовая организованная эмиграция. Ее подтолкнуло принятие правительством 3 мая 1882 г. «Временных правил», согласно которым евреям на 35 лет было запрещено вновь селиться в деревнях, приобретать вне городов и местечек недвижимое имущество и арендовать его, торговать в воскресенье и праздничные дни. Первые две статьи «правил» как бы замкнули еврейское население в переполненных городах и местечках черты оседлости, фактически лишив их средств к существованию. Началось периодическое выселение евреев из Петербурга, Москвы, Киева и Харькова. Продолжались погромы — в 1883 г. ряд кровавых антиеврейских беспорядков произошел в Ростове-на-Дону, Екатеринославе и Нижнем Новгороде.
В феврале 1883 г. была создана очередная «Высшая Комиссия для пересмотра действующих законов о евреях» под руководством бывшего министра юстиции К.И. Палена. В июле 1887 г. министр просвещения И.Д. Делянов издал циркуляр об ограничении приема евреев в университеты и в средние учебные заведения. Была установлена процентная норма: в черте оседлости доля евреев среди поступивших в учебные заведения должна была составлять не более 10 % от числа поступивших христиан, вне черты — 5 %, а в Петербурге и Москве — 3 %. Таким образом, от среднего и высшего образования отсекались сотни тысяч людей. В свою очередь министр юстиции Манасеин резко ограничил евреям доступ к должностям присяжных и частных поверенных.
Комиссия Палена работала пять лет. В начале 1888 г. ее выводы были изложены в «Общей записке». Совершенно неожиданно авторы этого документа пришли к выводу: «С государственной точки зрения еврей должен быть полноправен. Не давая ему одинаковых прав, нельзя требовать и одинаковых государственных обязанностей». Предлагалось постепенно заменить репрессивное антиеврейское законодательство системой нормальных гражданских законов, сделавших бы евреев равноправными со всем иным населением страны. В «Общей записке» подчеркивалось, что «евреи в России не иностранцы, а уже в течение ста лет составляют часть той же России». Правительству настоятельно рекомендовалось начать «осторожные и постепенные реформы». Такие выводы комиссии совершенно не соответствовали настроениям, царившим в ближайшем окружении Александра III. В итоге этот проект был «оставлен без последствий». Более того, зимой 1891–1892 г. в Москве были осуществлены акции по массовому выселению евреев. Целые семьи, прожившие в городе по 20–30 лет, насильно изгонялись из города в результате очередной корректировки отечественного законодательства; в январе 1892 г. Москву покинуло 20 тысяч евреев. Та же участь ждала и несколько тысяч петербургских евреев, но московский скандал приобрел столь громкое международное звучание, что решение об «очищении» столицы пришлось отменить. Зато год спустя был принят «Закон об именах», согласно которому евреи не могли менять, точнее русифицировать, свои имена.
На протяжении 1880—1890-х гг. в еврейской среде не стихали споры о путях эмиграции. Наиболее мощный поток направился в США, некоторое время значительной была эмиграция в Аргентину и Великобританию, гораздо меньше людей направлялись в Палестину. Однако с 1880-х гг. этот маршрут стал постоянным, и его придерживалась наиболее стойкая, физически и профессионально подготовленная молодежь. Идеологом нового палестинофильства стали писатель М.Л. Лилиенблюм и публицист Л. Пинскер. Острейшие споры разгорелись между сторонниками и противниками «американского» и «палестинского» путей эмиграции. Сторонники «палестинского» пути в 1882 г. приступили к подготовке молодежи, которая должна была на родине предков создать аграрные поселения — базу для дальнейшей колонизации.