Комитет не предоставил евреям равноправие в сословно-городском самоуправлении, но, несмотря на требования Державина, сохранил кагал. Еврейские массы остались в полном подчинении кагалам и раввинам. В то же время, следуя веяниям времени и настоятельным призывам части советников Комитета, в Положении было записано: «Все дети евреев могут быть принимаемы и обучаемы, без всякого различия от других детей, во всех российских училищах, гимназиях и университетах». Однако это пожелание не было подкреплено никакими организационными мерами. К тому же евреи справедливо заподозрили в этом попытку стимулировать ассимиляцию. Аналогичный характер имели и другие законы, требовавшие от евреев знания языка, на котором говорили в местах их проживания (русский, польский, немецкий), накладывавшие запрет на традиционный костюм, требовавшие преобразования родовых имен в фамилии по русскому образцу. В Положении было записано: «…каждый еврей должен иметь или принять известную свою наследственную фамилию или прозванье, которое и должно уже быть сохраняемо во всех актах и записях без всякой перемены…» В целом российское еврейство получило «говорящие» фамилии, связанные с германской и польско-литовской топонимикой (Берлин, Познер, Варшавский, Гинзбург, Ковнер, Виленский, Ширвинд) и с названиями мест черты оседлости (Бердичевский, Жванецкий, Заславский, Брацлавский), патронимы (Лейбович, Абрамович, Якубович), матронимы (Дворкин, Шейнис, Бейлин), фамилии, идущие от профессий: Фактор (посредник), Фурман (извозчик), Мильнер (мельник), Меламед (учитель).
Как и многие российские законы, «Положение» 1804 г. страдало одним, но кардинальным недостатком: оно создавалось без учета всех сторон социально-экономической, религиозной и культурной жизни еврейского народа, вне реального контекста его существования в чуждой христианской среде и, наконец, без учета интересов всех сторон: помещиков, крестьян и еврейского населения. Меняя жизнь одной только части населения, авторы законов заранее обрекали эту группу на страдания, а сами постановления делали чисто репрессивными.
В 1808 г. началось объявленное в «Положении» 1804 г. выселение евреев из деревень. Выселению подлежало не менее шестидесяти тысяч семей, око продолжалось целый год и сопровождалось обычными в таких случаях насилием, ограблением и разорением тысяч людей. К концу года бедствия достигли таких масштабов, что даже местная администрация обратилась в Петербург с ходатайством приостановить выселение. Александр I повелел прекратить изгнание евреев из деревень. Вскоре был создан новый комитет по еврейским делам во главе с тайным советником В.С. Поповым. Доклад этого комитета, представленный царю в 1812 г., по глубине понимания еврейской проблемы может быть сравним с лучшими европейскими работами на эту тему той эпохи. Его авторы писали, что источник бедствий и пьянства крестьян не в деятельности евреев, проживающих в деревнях, а в том, что право на винокурение составляет главную статью дохода помещиков. Они доказывали, что евреи не обогащаются за счет крестьян — они столь же бедны, как и те, а выполняют совершенно необходимые в экономике функции посредников. Комитет предлагал отменить статью из «Положения» 1804 г. о выселении евреев. Александр I согласился с этим мнением, тем более что оно было подкреплено весьма веским доводом: губернии, о значительной части населения которых шла речь, вот-вот должны были стать ареной войны с Наполеоном.