Узумаки Нагато, услышав предложение величайшего ниндзя-медика в мире, не стал отказываться от бесплатного исцеления. Он сам уже много лет мечтал разрушить Скрытый Лист просто ради мести человеку по имени Шимура Данзо, который был причастен к смерти их с Конан дорогого друга Яхико. Захват девятихвостого лиса для Нагато был просто вишенкой на торте, а не главной целью.
Сама Конан теперь считала Скрытый Лист и его бессменного лидера виновником многих несчастий в этом мире, поэтому она с радостью отнеслась к этому делу, которое по её мнению, поможет всему миру сделать шаг в лучшее будущее. Конечно, Конан также разделяла ненависть Нагато к Шимуре Данзо. В конце концов, именно он был повинен в гибели большей части изначального состава Акацуки, также как и уже умерший Ханзо Саламандра.
Орочимару советовал им для начала привлечь внимание Данзо и его организации под названием «Корень». Он сомневался, что Акацуки сумеют отыскать этого человека самостоятельно. Не смотря на своё высокомерие и комплекс Бога, Нагато был легко убежден в этом, как и в том факте, что если Данзо решит спрятаться, затаившись где-нибудь под землёй, словно крыса, то найти его не удастся уже никогда.
После того как фальшивый Мадара, личность которого была раскрыта Учихой Итачи, был убит с помощью техники Планетарного Опустошения, Чёрный Зецу, попытавшийся забрать себе Риннеган, последовал примеру Учихи Обито и был запечатан Нагато в гигантской парящей в воздухе каменной глыбе. Естественно, без этих двоих контроль над Белыми Зецу был утрачен. Это означало, что организация Акацуки потеряла контроль над своей разведывательной сетью.
В тот же день они потеряли сразу четверых членов. Фальшивый Мадара и Чёрный Зецу, как думала сама Конан, были врагами, поэтому то, что с ними случилось, имело смысл. Однако, двое других, Сасори и Бива Джузо, по её мнению, были невиновны и не заслуживали смерти. Однако, эти люди были случайно убиты самим Нагато, когда тот применил одну из своих техник, невольно разрушив убежище Акацуки, которое их организация использовала в тот период времени.
Впрочем, Конан не стала осуждать его за это. Она решила, что победа над фальшивым Мадарой намного важней. Даже, если члены Акацуки погибли в процессе его убийства, то это не имело особого значения, ведь смерть Мадары стоила этих жертв.
Таким образом, в их организации остались только Нагато, сама Конан и Какузу, который был верен скорее деньгам, чем той идее, на которой была основана Акацуки. Им предстояло набрать новых членов, но без Зецу они даже не могли найти подходящих кандидатов.
В конце концов, им повезло. Вскоре, к рядам их организации по собственной инициативе присоединился вначале Хошигаке Кисамэ, а затем и вернулся Орочимару, который объяснил своё прежнее бегство тем, что был взят под контроль одной из иллюзий Мангекью Шарингана, которую на него наложил Учиха Итачи.
Нагато и Конан были благодарны Итачи за раскрытие истинной сущности фальшивого Мадары и его приспешника, Чёрного Зецу. Однако, их организация нуждалась в новых членах, чтобы заполнить пустующие места, поэтому в обмен на помощь, они были вынуждены пообещать Орочимару помочь ему в поиске и уничтожении его обидчика, ранее взявшего разум и тело змееподобного шиноби под свой контроль.
На самом деле Конан немного опасалась, что Итачи сделает с ней или Нагато примерно то же самое. В её глазах иллюзия, способная промыть мозги даже Орочимару, была слишком опасной, чтобы позволять человеку, который может её использовать просто свободно бродить по всему миру, как ему вздумается. Поэтому она, недолго думая, согласилась.
Во время встречи с Орочимару, Нагато наоборот, как и всегда, проявил высокомерие и пафос, заявив, что Учиха Итачи лишь пыль под его ногами. Он не видел в Итачи угрозы для себя или Конан, поэтому согласился без каких-либо раздумий.
Именно Орочимару пригласил в Акацуки свою старую знакомую в лице Цунадэ. Таким образом, все шестеро нынешних членов их организации после короткого совещание приняли решение напасть на деревню Скрытого Листа.
У них были разные мотивы, но общая цель. Нагато, Конан, Орочимару и Цунадэ просто жаждали мести. Какузу, как и всегда, руководствовался жаждой денег и планирован ограбить богатые кланы деревни Скрытого Листа и Сарутоби Хирузена в частности. Что касается Хошигаке Кисамэ… то Конан была не уверена, чего хочет этот похожий на акулу странный человек…
Она знала, что он, казалось бы, искренне поддерживал действия Акацуки и считал, что мир можно было исправить только с помощью боли. Именно благодаря такому отношению, Кисамэ и заслужил доверие лидера Акацуки и даже самой Конан.