6 десембрія 241 року ЕВ, коли сагунтські медики констатували початок невідворотної руйнації мозку Сіорана Великого, кронпринц Мартін перебував на поверхні Піфії (на військовій базі Вінбад, де піфійки якраз випробовували експериментальні торсіонні двигуни для десантних дискоїдів). Тодішній флагман Одинадцятого флоту «Вега» (індекс А09, 233 року побудови), на борту якого перебував Арвас Еарлан, був у тій самій галактичній локації — на орбіті Планети Жінок. Отримавши повідомлення про смерть батька, Арвас Еарлан заборонив своїм офіцерам присягати Мартіну, хоча Сенат і більшість із десяти флотів присягнули кронпринцу і фактично (ще до клінічної смерті батька) він став сувереном Зоряної Імперії. На раді адміралів Одинадцятого флоту 10 десембрія 241 року було вирішено ігнорувати цю обставину. Адмірали на чолі з Урмінасом присягнули підтримати тронні прагнення Еарлана і знищити законного монарха. 11 десембрія, через чотири години після офіційного проголошення Сіорана Великого мертвим, з «Веги» по випробувальному полігону бази Вінбад було нанесено променевого удару. Мартіна, який щойно (у приміщенні місцевого офіцерського клубу) пройшов через ритуал «малої коронації», було вбито разом з імператрицею Ласармою, канцлером й кількома верховними жрицями Піфії, які брали участь у ритуалі. Адмірали Одинадцятого флоту проголосили новим сувереном Імперії Еарлана І, що спричинилось до громадянської війни.
У перших битвах укомплектовані досвідченими екіпажами рейдери Одинадцятого флоту мали перевагу над роз’єднаними ескадрами супротивників. Тим більше що орбітальна блокада Піфії нейтралізувала один із головних оплотів опонентів Еарлана. Одруження імператора з альфійською баронесою з аристократичного Дому делла Варда додало йому союзників. В октомбрії 242 року земний Конгрес визнав Еарлана І законним імператором. Канцлером Імперії став великий адмірал Влад Урмінас. Крейсери Одинадцятого флоту домінували в локаціях Випереджаючих планет.
Але вже на початку 243 року ситуація змінилась. Під впливом законспірованого впливового Ордену Стражів фінансово-промислові клани Альфи Альфи і контрольований ними П’ятий флот перейшли на бік марсіанських інсургентів і визнали законним імператором Сіорана II, сина Мартіна. До бунтівників приєдналась колонія Марсу Арпікран. Альфійські прибічники Еарлана з числа аристократів зазнали жорстоких репресій, родичі імператриці були страчені. Спроба адмірала Урмінаса придушити повстання бомбардуванням альфійських космодромів і промислових об’єктів не мала успіху. Альфійці виявились підготовленими до атаки, а серед офіцерів Одинадцятого флоту були агенти піфійок і Стражів, які у вирішальну мить вивели з ладу два ударні крейсери. Ослаблена зрадниками ескадра Урмінаса в боях з орбітальними фортецями Альфи зазнала критичних втрат. Канцлер разом зі штабом загинули в рятувальній капсулі при спробі евакуюватись з пошкодженого флагманського зорельоту. Його наступник Моріс делла Варда змушений був відвести бойові кораблі від Альфи.
Перша поразка не вплинула на рішучість Еарлана І покарати бунтівні світи. До системи Альдебарана імператор стягнув нові ескадри крейсерів і рейдерів. Людство готувалось до чергової кровопролитної міжзоряної війни, але історія обрала іншу стежку виповнення часів. Узурпатор Еарлан І раптово помер, як і багато з тих політичних та військових діячів в імперській історії, що насмілювались протидіяти піфійським жрицям та таємним орденам. […]
За часи правління нащадків Мартіна Одинадцятий флот перетворили на другорядне військове з’єднання. За доби Еарлана II флот виконував функцію охорони Лімеса Кита та піфійських орбітальних заводів, на яких імператор будував лінкори і крейсери для Армади Реставрації. У війнах Смутної доби ескадри флоту та його окремі бойові одиниці воювали за різні інтереси. У боях проти Федерації Ноли зі складу кораблів першої лінії Одинадцятого флоту брав участь лише гіперкрейсер І класу «Аякс» (індекс А17, 324 року побудови), на якому певний час перебувала високородна піфійка Дійя та підпорядкована їй група жриць-телепаток. Деякі історики стверджують, що саме завдяки «загону Преподобної Дійї» адмірал Шелтон врешті-решт отримав перемогу над флотом Федерації.
У цілому ж Одинадцятий флот залишався на узбіччі військової модернізації аж до того часу, доки Туре Шактірі II не розпочав багатолітню «м’яку» блокаду Піфії, ведення якої було доручене двом ескадрам Одинадцятого. Флот доукомплектували сучасними рейдерами і важкими безпілотними крейсерами, його навчальні бази та офіцерські кампуси отримали елітний статус та відповідне фінансування. Флагманом флоту став один із найпотужніших військових кораблів Імперії гіперкрейсер І класу «Вікрант» (індекс А54, 399 року побудови). На початку п’ятого століття ЕВ бойова готовність флоту становила 86 %, що було третім показником після Першого і П’ятнадцятого флотів. Після відсторонення Дому Ойзеле від влади Еарлан III зняв блокаду Піфії й передислокував основні сили флоту з Лімеса Кита до орбітальних портів Аврелії. У лютому 417 року Імперська Рада своєю секретною постановою визначила новою зоною компетенції Одинадцятого флоту Сектор Ерідана, а базовою планетою — Сельву.