Однако взгляды Эволы, который делал упор на «внутреннюю», «духовную расу», во многом расходились с узко биологическим толкованием расы, свойственным нацистам. Совместный проект по изданию немецко-итальянского издания «Кровь и дух» не получил развития. С одной стороны, ему опять воспротивились старые противники Эволы: на совместной встрече с Муссолини иезуит Такки-Вентури указывал, что взгляды, выдвинутые Эволой, могут привести к конфликту с Церковью (что и заставило Дуче отказаться от проекта), с другой стороны немцы, хотя и проявив немалый интерес к идеям Эволы, парадоксальным образом усмотрели в его работах «тождественность взглядов автора и римско-католической Церкви».
В 1940 г. после вступления Италии в войну Эвола обращается с просьбой об отправке добровольцем на восточный фронт, но ответ на его запрос приходит слишком поздно. Сам он считал, что эта задержка была вызвана тем, что он не был членом фашистской партии.
После переворота против Муссолини 25 июля 1943 г. Эвола, поначалу не желавший покидать Италию, принимает приглашение немецкой стороны и в августе приезжает в Берлин. Он присутствует на встрече с Муссолини, освобожденным Скорцени, в штаб-квартире Гитлера, затем возвращается в Рим, но оккупация Италии союзниками заставляет его перебраться сначала на север Италии в новообразованную республику Сало, а затем в Вену, где он по просьбе СС занимается изучением реквизированных документов масонских организаций.
В том же 1943 г. выходит в свет «Доктрина Пробуждения» с подзаголовком «Очерки о буддистской аскезе», позже переведенная на английский под патронажем «Общества Пали», известного буддийского центра. Как и в тантризме, Эволу привлекает «аристократический характер буддизма, наличие в нем мужественной, воинской силы».
В апреле 1945 г. в Вене Эвола попадает под бомбардировку, что приводит к повреждению позвоночника и, как следствие, к частичному параличу нижних конечностей. В книге «Путь киновари» он писал: «по правде говоря, это происшествие не было лишено связи с тем правилом, которому я всегда следовал: не уклоняться от опасности, но напротив, искать ее, бросая безмолвный вызов судьбе», а позднее в одной из бесед признавался, что во время бомбардировок, вместо того чтобы укрыться в убежище, он прогуливался по пустынным улицам Вены. Оказавшись в госпитале и придя в себя, он первым делом спросил: «я надеюсь, с моим моноклем ничего не случилось?». Проведя два года в венском госпитале, в 1948 г. при посредничестве Международного Красного Креста он был переведен сначала в Болонью, а в 1951 г. вернулся в свою римскую квартиру, где и прожил до самой смерти.
В послевоенный период Эвола перерабатывает свои старые работы, в 1949 г. публикует новое издание «Йоги воли» (первое издание носило название «Человек как воля»), а также пишет новые книги, основной темой которых становится проблема образа жизни и мировоззрения в новом, послевоенном мире. В то же время его ранние произведения открывают для себя молодые итальянцы, принадлежащие к «поколению, не успевшему проиграть войну», которые находят в нем своего наставника. Именно для них Эвола пишет в 1950 г. небольшую работу под названием «Ориентации», где кратко указывает основные направления возможного культурно-политического действия. В результате в октябре 1951 г. он оказывается втянутым в судебный процесс над группой FAR («Фасции революционного действия») и около месяца проводит в тюрьме как «активный вдохновитель» и «апологет фашизма». На суде Эвола выступил с речью в свою защиту: «…приписывать мне фашистские идеи нелепо, ибо отстаиваемые мною принципы… принадлежат великой европейской политической традиции… и я готов отстаивать правые взгляды на доктрину государства. Вы вольны осудить эти взгляды, но в таком случае на скамье подсудимых должны оказаться вместе со мной Платон и Меттерних, Бисмарк и Данте и другие». Обвинение было снято.
В 1953 г. публикуется книга «Люди и руины», где Эвола развивает положения, ранее изложенные в «Ориентациях».
В вышедшей в 1958 г. книге «Метафизика пола» он обращается к вопросам пола, любви, взаимоотношений между мужчиной и женщиной, а в «Оседлать тигра» (1961) затрагивает проблему экзистенциальных ориентиров. Затем следуют очерк, посвященный идеям Юнгера «Рабочий в мировоззрении Эрнста Юнгера» (1960), биографическо-библиографическая книга «Путь киновари» (1963), работа, посвященная критическому анализу фашизма и национал-социализма «Фашизм с точки зрения правых» (1964), сборник эссе «Лук и булава» (1968) и дополненное переиздание юношеской дадаистской поэзии «Raâ ga Blanda» (1969). Помимо этого Эвола продолжает свою журналистскую и переводческую деятельность, публикуясь в различных нонконформистских и оппозиционных изданиях: Il Ghibellino, Vie della tradizione, Ordine nuovo, Il Borghese, La Torre, la Destra (organo dell'Istituto per il Media ed Estremo Oriente («Гибеллин», «Пути Традиции», «Новый порядок», «Правое движение» и пр.), а также в более специализированных изданиях, таких как East and West («Восток и Запад»), издании института по изучению Среднего и Крайнего Востока и международном журнале Antaios («Антей»), возглавляемом Мирчей Элиаде и Эрнстом Юнгером.