Полемизируя против закрепленного схоластикой аристотелевского тезиса о неизменности неба, в котором созданные богом планеты и звезды движутся по неизменным круговым орбитам, Прокопович использует данные современной ему науки для доказательства противоположной точки зрения. «Мы утверждаем, — пишет он, — что небеса также подвержены изменениям, это достаточно ясно увидели и другим доказали выдающиеся астрономы, а именно на основании появления и исчезновения некоторых звезд… а также на основании наблюдения за солнечным телом, на котором, как многие заметили, возникают какие-то пятна» (61, 167 л.). Здесь содержится намек на работы Галилея «Разведка о плавающих телах» (1612) и «Сообщения и размышления относительно солнечных пятен и их свойств, изложенные в трех письмах, адресованных Марку Вельзеру» (1613), в которых сообщалось об открытии солнечных пятен. Подобное описание этих пятен и их движения по солнечному диску со ссылкой на работы Галилея приводится Прокоповичем в его «Натурфилософии». Открытие солнечных пятен свидетельствовало о наличии изменений на самом небе. Этот вывод, резко противоречащий учению перипатетиков, Прокопович подтверждает данными наблюдений над движением планет, в частности открытием Галилеем фаз Венеры, которая, как и Луна, с течением времени меняет свой вид — от круглого диска до узкого серпа.
Интересны мысли Прокоповича об изменениях земной поверхности, которые совершаются, по его мнению, в результате действия естественных сил, а не божьего вмешательства. Они также подводили его слушателей к идее всеобщей изменчивости природы и ее развития. «С течением времени, — говорит Прокопович, — возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние слои земли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных» (61, 193 л.). Противоречили библейскому утверждению о неизменности созданной богом природы и рассуждения мыслителя о том, что реки меняют свои русла, а морские берега — свои очертания, что под действием силы вод и геологических сдвигов образуются новые острова, меняется конфигурация материков. «Пишут и о Сицилии, — замечает Прокопович, — что она была соединена с Италией, но не так давно отделилась от материка, а потом вследствие обмывания морем стала еще более отдаленной» (там же, 173 об.).
Прокопович не сводит движение лишь к пространственному перемещению. Вслед за Аристотелем он понимает движение как все изменения, происходящие в природе. «Название движения и даже покоя принимается тут широко, — говорит он в своем курсе „Натурфилософии“, — как обозначающее все физические изменения». «Многие тела, — продолжает он, — действуют без локального движения, как, например, то, что магнит притягивает железо» (61, 78 л.). Вероятно, Прокоповичу была известна работа сторонника Коперника Гильберта «О магните, магнитных телах и большом магните — Земле», вышедшая в Англии в 1600 г.
Подобно своим коллегам по киевской и московской Славяно-греко-латинской академии, Прокопович пытается дать классификацию видов движения. В отличие от Кононовича-Горбацкого, Калиновского, Конисского, которые говорили о шести видах движения — рождении и гибели, увеличении и уменьшении, изменении качества и перемещении, — он выделяет три вида движения: «Во-первых, движение относительно количества, которое бывает двояким — увеличением и уменьшением, во-вторых, движение относительно качества, которое называется изменением, в-третьих, движение относительно места, которое называется изменением места или перемещением» (там же, 101 л.). При анализе этих классификаций обращает на себя внимание то обстоятельство, что основные категории, в которых описывается движение: возникновение и гибель, качество и количество и т. д. — парные категории, выражающие противоположность. И хотя авторы классификаций не поднимаются до понимания единства противоположностей, но нередко довольно близко подходят к этому. Так, почти во всех философских курсах указанных выше авторов мы можем найти мысль о том, что рождение одного есть гибель другого. «Расти и множиться вещи не могут без некоторого своего нетления» (9, 130). Прокопович высказывает мысль о тождестве некоторых противоположностей: положительного и отрицательного, активности и пассивности. Так, например, он пишет, что «активность и пассивность в действительности тождественны, имея два названия вследствие противоположности вещей, к которым относятся» (61, 100 об.). Говоря об «изяществе, симметрии и разнообразии мира», он обращает внимание на «гармонию различного». У него мы находим мысль и об отрицании абсолютного тождества. Но само соотношение тождества и различия, как и других противоположностей в его общем выражении, еще не выявляется ни Прокоповичем, ни другими киевскими профессорами. У них имеются лишь подходы к пониманию этого соотношения. При этом больше внимания уделяется различию, борьбе противоположностей, их взаимному исключению, чем связи и единству. «Бог установил закон, — говорит Прокопович о противоположностях, — чтобы они боролись между собой и взаимно друг друга уничтожали, возникали и исчезали и чтобы для этих изменений были препятствия» (там же, 85 об.).