Говоря о причинах движения и пытаясь объяснить их из самой природы, Прокопович касается проблемы соотношения движения и покоя. И здесь он приближается к пониманию их связи и противоположности. Для натурфилософии, пишет он, «более необходимым считаем познание движения, так как объяснение при его помощи включает почти все познание природы» (61, 103 об.). Прокопович отмечает, что «движению противостоит состояние покоя» (там же, 103 л.) и вместе с тем «состояние покоя одного тела всегда связано с движением другого тела, благодаря которому состояние покоя измеряется» (там же, 123 л.). При этом Прокопович считает, что состояние покоя может рассматриваться двояко — как отрицательное, если оно рассматривается как отсутствие движения в теле, и как положительное, если оно берется как определенное бытие движущегося тела. В этой мысли содержится приближение к пониманию относительности покоя. Это приближение становится все более явным, если принять во внимание, что состояние покоя тел Прокопович считает временным, таким, в котором они пребывают благодаря действию внешних сил, и, наоборот, состояние движения физических тел он считает постоянным, непреходящим. «Можно доказывать, что тяжелые и легкие тела, — говорит он, — даже при отсутствии творца и в том случае, когда насильственно приостанавливают свое движение, снова начинают двигаться», ибо тела «до тех пор пребывают в состоянии покоя, пока удерживаются какой-то внешней силой, и, если ее устранить, немедленно приходят в движение» (там же, 143 об.). Отсюда становится очевидным, что взгляды Прокоповича на соотношение движения и покоя существенно отличаются от аристотелевских. Для Стагирита естественным движением является только движение тела к состоянию покоя. Состояние движения выступает у него как временное, преходящее, а состояние покоя — как постоянное и непреходящее. У Прокоповича, напротив, естественное и непреходящее — движение, а временное и преходящее — покой.
В отличие от Аристотеля, которому была знакома только инерция покоя, Прокопович близок к пониманию инерциальности движения. Само содержание понятия «инерция» Прокоповичем существенно расширяется, при этом приоритет состояния покоя устраняется. Понимание им инерции близко к пониманию инерции Галилеем, который уже вполне сознательно пользовался принципом инерции, хотя и не дал его полной формулировки, как это позже сделал Ньютон.
При рассмотрении движения Прокопович значительное внимание уделяет пространственно-временным отношениям, в истолковании которых весьма заметна материалистическая тенденция. И прежде всего он рассматривает их как характеристики бытия самих природных тел. «Каждому физическому телу, — говорит Прокопович, — с необходимостью присуще бытие в каком-то времени и пространстве. Ибо то, что не имеет бытия никогда и нигде, не существует в природе вещей. Бытие во времени и пространстве есть их наиболее общее свойство, а потому его изучение входит в общее учение о физическом теле. При этом философы познают пространство и время не ради их самих, а для более полного понимания движения» (61, 121 об.).
Прокопович отрицает, что пространство может существовать вне тела. «Не может быть никакого места без какого-нибудь тела» (там же, 132 об.), — утверждает он. «Ничье могущество, — продолжает мыслитель, — не может сделать так, чтобы тело было телом и не занимало места» (там же, 128 л.). К числу свойств места (пространства) Феофан относит следующее: 1) то, что вмещается, вмещается в себе, 2) не может быть вне вмещаемого тела, 3) не может быть больше или меньше его, 4) не может быть без никакого тела, хотя может быть без того или другого и т. д. Из перечисления этих свойств, характеризующих пространство как протяженность, неотделимую от тел, видно, что в решении данного вопроса Прокопович был продолжателем линии Аристотеля — Декарта — Лейбница и противником линии Демокрита — Ньютона, которые признавали существование пустоты.