Поэтому, когда различные науки обращаются к одной и той же вещи, они берут в ней разное и по существу имеют разные объекты. «Наука, — пишет Прокопович, — определяется объектом» (там же, 25 об.).
При этом, по мнению Прокоповича, для того чтобы что-то можно было назвать объектом науки, оно должно удовлетворять по крайней мере трем условиям: во-первых, представлять определенное единство; во-вторых, чтобы к нему можно было отнести все, что известно науке в этой области; в-третьих, чтобы наука посредством него и метода, которым его рассматривают, отличалась от всех других наук (см. 61, 22 об.). В этих требованиях можно увидеть определенное стремление к целостности, полноте и непротиворечивости науки.
В понимании метода Прокопович еще основывается на аристотелевском учении, так как в центре его внимания находится силлогистический дедуктивный вывод. Однако его значительный интерес к этому вопросу продиктован развивающимся естествознанием, поэтому в его решении есть немало элементов, близких философии эпохи Возрождения и Реформации, а порой и Нового времени.
Метод исследования понимается им широко как метод познания вообще. По мнению Прокоповича, каждая наука кроме знаний, полученных благодаря деятельности и разуму, вырабатывает и «само умение, которое делает разум способным получать такие знания» (там же, 17 л.). Это умение приобретается путем обобщения познания объектов, его исторического опыта. Метод фиксирует в познании изменяющихся вещей то, что повторяется во многих познавательных актах, т. е. закономерное, постоянное, неизменное, применяя его потом снова к познанию изменяющихся вещей. «Наука, — говорит Прокопович, — имеет дело с неизменным, исходя из которого напряжением разума рассматривает вещи, которые как объекты… являются изменяющимися» (там же, 21 л.).
Сущность метода состоит в том, что он есть способ нахождения неизвестного через известное. Это умение, способ или метод познания, хотя и вырабатывается на основе обобщения познавательных актов во всех науках, не является специальным объектом этих наук, но становится им только в логике, наряду с операциями мышления, направленными на достижение истинности наук. Изучая метод познания, говорит Прокопович, диалектика готовит орудия исследования для всех наук, ибо метод и есть тот инструмент, с помощью которого осуществляется познание каждой из них, и тем лучше, чем совершеннее приготовлен этот инструмент. Ибо «любой мастер, — пишет мыслитель, — лучше и легче выполнит свою работу, вооруженный лучшими и удобными инструментами, чем если бы он не имел никаких или имел очень грубые и несовершенные» (61, 27 об.). А диалектика, понимаемая как наука логики, именно и дает познанию усовершенствованные инструменты.
Последнее уточнение вызвано тем, что Прокопович, следуя традиции, различает диалектику природную и искусственную, или логическую науку. «Природная, — говорит он, — это та, которая непосредственно из природы переходит в разум, следующий за ней без обучения и определенного метода рассуждения, применяя ее, хотя она груба и очень сложна. Искусственная же является более совершенной, она представляет собой искусство исследования и есть собрание многих интеллектуальных навыков, касающихся метода познания… Осознав это, нужно сделать первый вывод: природная диалектика оказывается необходимой для понимания остальных наук, при этом только она настолько необходима, что без нее нельзя овладеть ни одной наукой, как в этом убеждает здравый смысл… Второе наше утверждение в связи с этим состоит в том, что только искусственная диалектика оказывается наиболее полезной для остальных наук. Она также необходима в том смысле, что хотя без нее и можно получить любые знания, но с большим трудом, а с ее помощью они приобретаются значительно легче» (61, 27 об.).