Прежде всего, говоря о взглядах Прокоповича на соотношение знания и веры, следует отметить, что, утверждая знание, он еще отнюдь не исключает веру. Феофан не был атеистом, хотя его современники-церковники и считали его таковым. Он не был противником веры вообще и не стремился к ее искоренению. Феофан возражал лишь против такой веры, которая базируется на суеверии, невежестве, непроверенных мнениях, высказываниях и свидетельствах авторитетов. Отвергая подобную веру, он отстаивал «истинную» веру, требуя верить «духом и истиною». Отношение к этой вере было у него двойственным. Прежде всего он выводил веру за пределы положительного знания — философии, физики, истории и т. д., противопоставлял ему и делал объектом специальной науки — теологии. «Человеческая вера, — говорил Прокопович, — не может существовать вместе со знанием. Там, где уже приобретены знания, человеческая вера не имеет места» (61, 52 л.). С другой стороны, он настолько рационализировал веру, требуя, чтобы она удовлетворяла тем же критериям, которым соответствует знание, что от тех представлений о вере, которые тогда были распространены в русском обществе, мало что оставалось. В отличие от традиционного, православного понимания веры, в котором всегда преобладала ориентация на иррациональное чувство, Прокопович вводит понятие разума в само определение веры и делает его в нем основным. «Вера вообще, — пишет он, — есть егда что человек или единым умом держит яко истинно или купно и умом держит яко истинно, и сердцем на то же возлагается, си есть крепко уповает» (16, 117). Вполне понятно, что при принятии такого определения веры к ней может быть отнесено только то, что проходит через разум, что может быть рационально доказано и обосновано. Таким образом Прокопович доводит понятие веры до ее последней грани, за этой гранью начинается царство разума, исключающего веру. Но сам Прокопович еще не осознает, что, отбрасывая «не истинную» веру, требуя от нее рационального доказательства, он по существу подрывает основы всякой веры. В этом смысле его теологическое учение было лишь одной из ступенек перехода к вольнодумству и неверию.
Сложность решения вопроса об отношении Прокоповича к знанию и вере обусловлена еще и тем, что сам он был крупнейшим русским теологом. Однако было бы по меньшей мере односторонностью полагать, что Феофан утилизировал идеи Нового времени — коперникианства, картезианства и т. д. только для создания рационального богословия, для защиты и лучшего обоснования религии, позиции которой начали шататься под ударами развивающейся науки. Сочинения Прокоповича в равной мере не дают основания для признания ни этой точки зрения, ни ей противоположной, которая оценивает наследие мыслителя только через призму его вклада в развитие науки и просвещения в России и умалчивает о его отношении к теологии. Обе эти точки зрения односторонни, ибо основаны на упрощении действительно сложного решения мыслителем этого вопроса и не учитывают противоречий переходной эпохи.
Сочинения Прокоповича относятся к тому периоду развития общественного сознания в России, когда процесс размежевания науки и теологии уже начался, но еще далеко не завершился. Поэтому нет ничего удивительного в том, что наука (включая философию), с одной стороны, и теология — с другой, у него и отделены как структурно различные части лекционного курса, имеющие различные объекты и методы исследования, и вместе с тем еще значительно взаимопроникают друг друга.
Ни у кого не вызывает сомнения то положение, что смысл всей деятельности Феофана, и теоретической и практической, был направлен на обоснование, поддержку, защиту петровских преобразований. Для их осуществления прежде всего нужна была наука, а не теология. Поэтому основные усилия Прокоповича направлены на доказательство необходимости основания и развития в России просвещения, науки, учебных заведений и т. д., он вел непримиримую борьбу с невежеством, суеверием, верой в мощи, с подчинением разума церковным авторитетам. Себя и своих единомышленников он называл «ученой», а не «богословской» дружиной. Нелишне в этой связи напомнить и тот, очевидно, не случайный факт, что Феофан дважды уклонялся от слушания курса теологии в Киеве и в Риме. Мечтая о применении своих сил на научном поприще, он говорил о математике, а не о теологии как своем любимом предмете.
Вместе с тем совершенно очевидно и то, что Петр I не мог бы стоять во главе государства дворян, купцов, мануфактуристов и держать в узде простой народ, если бы он не опирался на веру. Более того, в обществе, где господствовало религиозное сознание, без этого он не только не смог бы осуществить своих реформ, но и преодолеть сопротивление реакционного духовенства и боярства. Он должен был противопоставить своим противникам не только доводы от науки, общенародной пользы, русского патриотизма, но и от теологии. Ибо в то время каждая из борющихся сторон изображала свои действия как единственные санкционированные богом, и Петр также нуждался в такой санкции.