Однако для этих целей его уже не устраивало анахроническое вероучение, откровенно враждебное науке. Ему нужна была иная теологическая интерпретация православия, которая не только допускала бы определенную возможность развития науки, примиряясь с ней, но и обосновывала бы приоритет светского начала над церковным в общественной, и прежде всего государственной, жизни. Именно такая теологическая система и была создана Прокоповичем. Нельзя не видеть, что, приспособляя православие к новым условиям и модифицируя его в реформистском духе, он способствовал его укреплению. Вместе с тем очевидно и то, что, допуская большую свободу науки по сравнению с предшествующими православными богословами и требуя введения разума в теологию, он объективно становился на путь, ведущий в конечном итоге к ее разрушению.
Действительно, по мнению Прокоповича, богословие принципиально отличается от всех наук, в том числе и философии, уже тем, что оно, и только оно, базируется на божественном откровении, которое является его адекватным объектом. Данное людям в глубокой древности применительно к их низкому уровню понимания, откровение требует для его лучшего и более глубокого усвоения постоянного упражнения и усовершенствования разума, использования достижений науки. Между откровением, законами природы и разумом человека, по мнению Прокоповича, не должно существовать противоречия, ибо они являются гармонически приспособленными друг к другу произведениями одного и того же творца. Однако если между новыми данными науки и библейскими текстами все же обнаруживаются разногласия, то это отнюдь не значит, говорит мыслитель, что выводы науки подлежат отклонению или сомнению. В таких случаях библейские тексты, рассчитанные на понимание древних народов, должны быть истолкованы аллегорически, применительно к уровню представлений и мировосприятию современных людей. Положения же науки должны оставаться незыблемыми, ибо если их посылки истинны, а заключение построено логически правильно, то истинных аргументов против них не может выставить даже сам господь-бог. Именно так он рекомендует относиться к учению Коперника. Если ученики и последователи Коперника, утверждает Прокопович в своем курсе теологии, при помощи математических и физических аргументов докажут истинность своего учения, то Священное писание не должно быть для них препятствием, ибо его можно истолковать аллегорически.
Перед нами попытка примирения религии и науки, но такая, которая и приспосабливает религию к науке, и берет под защиту утверждения науки. В силу своей двойственности и противоречивости она раскрывает две дивергентно расходящиеся возможности: 1) дальнейшего упрочения позиций человеческого разума и науки и 2) более тонкого обоснования религии и приспособления ее к новым условиям. Прогрессивная общественная мысль избрала первую из них.
При выяснении взглядов Прокоповича на соотношение церкви и науки важно отметить, что он отрицал определяющую роль церковного авторитета в делах науки. Подобно реформаторам, он считал, что вера имеет индивидуальный, личностный характер, поскольку каждый человек может верить только в то, что он принял своим собственным разумом. Мнение другого человека, общества, церкви в этом смысле есть лишь показание авторитета, которое принимается или отвергается в зависимости от его доказательности для разума данного индивида. Более того, исходя из требования все апробировать рассуждением, разумным доказательством, Прокопович, подобно реформаторам, отвергает значение церкви, соборов, мнения «отцов» церкви как непогрешимого источника веры. Он исключает «традиционный» раздел о церкви из своего богословия. Верующий, по его мнению, не нуждается в посредстве церкви для своего общения с богом. Сохраняя веру и отвергая авторитет церкви, Прокопович по существу предлагает реформистский вариант православия, подобно тому как протестантизм, являющийся христианством буржуазной эпохи, представляет результат реформирования католицизма. Но и то и другое знаменует канун буржуазной эры, ибо наступление на феодализм всегда начиналось с наступления на церковь.