Единым непогрешимым источником веры Прокопович, как и реформаторы, считает Библию. Но он требует введения критерия разума и в рассмотрение библейских текстов. Мыслитель признает право каждого исследователя на самостоятельное истолкование и критический разбор этих текстов. «Разсуждению предаю собственному всех в Священном писании» (16, 35), — говорит он, отвергая существующую традицию.
Не менее смелым со стороны Прокоповича являлось проведенное им сравнение библейских повестей и древнегреческой и римской мифологии. Его результаты изложены им в предисловии и послесловии к книге «Аполлодора Грамматика афинейского библиотеки, или О богах», которая была переведена по приказу Петра I на русский язык в 1725 г. Прокопович в античной мифологии находит аналоги библейским сказаниям. Это снимало ореол святости с Библии, низводило ее до обычного литературного произведения, возникшего на перекрестке исторических дорог многих народов и вобравшего в себя их вековую мудрость, легенды и предания. Это обстоятельство, очевидно, в определенной мере учитывалось Прокоповичем, хотя мнение, высказанное им по этому поводу, было противоречивым. С одной стороны, в трудной для себя ситуации он настаивает на божественности Библии, в частности «Песни песней» и т. д., а с другой стороны, по свидетельству Маркелла Родышевского, «книги Иова, Есфирь, Товия и Юдифь, Маккиавейские, Июды, Иакова и Св. апостола Павла… апокрифами нарицал» (81, 7).
Исходя из данных современной ему науки, Прокопович не мог не рассматривать поклонение мощам, иконам, веру в чудеса как суеверие, возникающее вследствие темноты и невежества. «Когда нет света учения, — писал он, — нельзя не быть нестроению и многим смеха достойным суевериям» (10, 74). К числу этих суеверий он относит прежде всего принятую как в католической, так и в православной церкви веру в чудодейственность священных реликвий, к которым причисляет и мощи святых. «Это правда, — говорит Прокопович о католической церкви, — реликвий у них даже слишком много, но в действительность их пусть верит кто угодно, только не я… Тело первомученика Стефана находится в Венеции, но то же самое тело есть и в Риме, тело Дионисия Ареопагита с головою — в Регенесбурге, а одна голова — в Галлии. Голова Иоанна Златоуста показывается в Риме в Ватиканской базилике, но голову того же святого несколько лет тому назад монахи афонского Ватопедского монастыря принесли в Москву, за что получают и доныне определенное подаяние… Мозг св. Петра показывался в Женеве, а после оказался куском пемзы или глины… Удивительное дело! — восклицает Феофан. — Если бы великий мифический Герион, имевший три тела, был раздроблен на части, то и тогда бы этих частей не хватило бы для наполнения стольких мест» (54, 1201–1202). Феофан считает необходимым воспитывать детей в духе критического отношения к мощам, чудесам и т. п.
Известно, что одним из главных требований западноевропейских реформаторов, отражавших интересы идущей к своей революции буржуазии, было упрощение и удешевление церковной обрядности. Это экономическое требование идеологически оформлялось в соответствии с развитием науки и просвещения. Поскольку на основе раскрытия естествознанием законов природы полностью или частично отрицались чудеса, то отсюда выводилось упразднение многих церковных церемоний, обрядов, служб. Прокопович относится к церемониям и обрядам принципиально так же, как и реформаторы, т. е. критически. Он пишет специальное сочинение, направленное против отяготительных обрядов греческой и римской церкви. Вместе с тем критика им церковных обрядов преследовала и другие цели. Она была направлена против унии и против раскольников, наконец, на защиту и обоснование новых светских обычаев и установлений, вводимых государственной властью в России, и прежде всего Петром I.
Из «обличения» его Маркеллом Родышевским узнаем мы, что литургию, исповедь «ко уху», каноны, крестное хождение, водосвящение, гимны, церковное пение Феофан считал совершенно ненужным делом. Особенно не любил он пение монахов, называя его «бычьим ревом». Поклоны, умерщвление плоти, посты, по его мнению, не приносят никакой пользы, но только вред душе и телу. Елеосвящение больного, панихиды, поминание мертвых Прокопович считал бесполезным бредом, основанным на невежестве и суеверии. «За мертвых, де, богу молиться отнюдь не надлежит и весьма де суеверно и сие, де, вымыслили попы для своего наживу» (81, 7).
Будучи стесненным своим общественным положением, Прокопович имел относительно ограниченные возможности для официальной критики православной церкви, ее обрядов и церемоний. Поэтому в написанных им анонимных сочинениях он предпочитает выступать от лица протестанта.