11 января 1911 года кабинет министров издал распоряжение о запрещении студенческих собраний.
В Московский университет ворвалась полиция. Полицейские приставы, и дотоле надзиравшие над каждым студентом и профессором, стали вмешиваться даже в учебные порядки.
В знак протеста против произвола властей ректор университета Мануйлов и его заместители профессора Мензбир и Минаков подали в отставку.
Царское министерство, которое неуклонно стремилось к одной цели — предельному сокращению масштабов университетского образования в стране и только со злой иронией могло именоваться Министерством народного просвещения, бросило грубый вызов научной общественности Московского университета: отставка ректора и его заместителей не только была принята, но все три профессора были отстранены от преподавания в университете.
Нет никакого сомнения, что это было продолжением тщательно продуманной провокации. Стремления властей были с самого начала столь же ясны, как и в том случае, когда «действительному статскому советнику» Д. И. Менделееву чиновниками того же министерства была поставлена на вид несовместимость его заступничества за студентов с положением царского служаки. Что же ему оставалось делать? Только то, что он и сделал: уйти.
Конфликт министерства с Московским университетом мог развиваться двояко: университет мог уступить, проглотив нанесенное ему оскорбление. Это было бы огромной победой темных сил. Не плохо поставить на колени такой влиятельный и строптивый коллектив! Это было бы таким ударом кулака по столу, что многие робкие души замерли бы в почтительном страхе. А вызвать этот слепой страх, добиться во что бы то ни стало беспрекословного подчинения, подавить какое бы то ни было сопротивление после событий 1905 года было сокровенным чаянием самодержавия. К. А. Тимирязев характеризовал отношение царизма к университету изречением римского императора Калигулы: «Пусть ненавидят, лишь бы боялись!»
Министерство должно было считаться с реальностью и второго варианта развития университетских событий, а именно: университет мог оказать сопротивление. В этом случае его надлежало разгромить. Об этом правительство также мечтало достаточно давно. Знаки высочайшего неодобрения сыпались на университет, как из рога изобилия. Вольнодумствующих профессоров ничему не научило запрещение празднования стопятидесятилетнего юбилея этого старейшего в стране рассадника науки. Сейчас представился повод для более серьезного внушения.
Между тем совет университета принял второе решение: поддержать ранее избранного им ректора и, поскольку он был изгнан из университета, последовать за ним. Торжественно и единогласно университет заявил, что для него это «вопрос чести».
Это было нелегкое решение…
Научные деятели университета были поставлены перед дилеммой, которая в следующих словах была сформулирована старшиной педагогического коллектива — Климентом Аркадьевичем Тимирязевым: «Или бросить свою науку, или забыть о своем человеческом достоинстве».
В правящих «ругах решение университетской профессуры было встречено злобным и в то же время торжествующим улюлюканьем и воем. Министр народного просвещения Кассо выступил в печати с заявлением, что «потери, понесенные университетом, не так уже велики».
А вот каковы были в действительности эти потери. Из университета ушли Тимирязев, Мензбир, Умов. Гневно хлопнув дверью лаборатории и оставляя незавершенными замечательные работы по углеводородам, создававшие новую эпоху в органической химии, ушел Николай Дмитриевич Зелинский; оставил собственными руками созданный физический институт великий русский физик Петр Николаевич Лебедев — человек, «взвесивший» свет. Каждый из этих уходов представлял собой и личную трагедию ученых и трагедию русской науки.
Погром университета подорвал, например, силы П. Н. Лебедева. В предсмертном письме одному старому другу он писал: «Мне так тяжело, кругом ночь, тишина, и так хочется стиснуть покрепче зубы и застонать. Что случилось? — спросите Вы. Да ничего необычного: здание личной жизни, личного счастья — нет, не счастья, а радости жизни — было построено на песке, теперь дало трещины и, вероятно, скоро рухнет, а силы строить новое, даже силы, чтобы разровнять новое место, — нет, нет веры, нет надежды.