В 1839 году батюшка Иоанн приехал в Петербург, где ему необходимо было провести беседы с высшим церковным начальством о необходимости материальной поддержки его апостольским делам. Его тепло встретили и в Санкт-Петербурге, и в Москве, его работы готовились к публикации, успешно шел сбор средств…
25 ноября 1839 года отца Иоанна постигло страшное горе — в Иркутске внезапно скончалась его супруга. Кто мог лучше утешить горестного священника, чем святитель Филарет Московский, находившийся тогда в Петербурге на очередной сессии Святейшего синода! Встретившись с отцом Иоанном, владыка стал горячо убеждать его в том, что смерть Екатерины Ивановны есть несомненный знак Божий.
— Пришло время, отец Иоанн, принять монашество. Такой просветитель, как вы, должен быть архиереем.
Беседы с Филаретом сильно повлияли на батюшку. Покуда он готовился к принятию монашеского пострига, ездил молиться в Троице-Сергиеву и в Киево-Печерскую лавры, Филарет хлопотал об устройстве его детей. В итоге дочери отца Иоанна поступили в Патриотический институт, а сыновья — в Санкт-Петербургскую духовную семинарию.
Все это время отец Иоанн постоянно молился святителю Иннокентию Иркутскому, и когда 29 ноября 1840 года в Петербурге митрополит Филарет совершал постриг, он назвал новоявленного монаха Иннокентием. На другой день инок Иннокентий был возведен Филаретом в сан архимандрита. Вскоре с архимандритом Иннокентием по совету Московского Златоуста встретился государь император. Николай сообщил ему о новом назначении — епископом вновь созданной по решению Святейшего синода епархии. 15 декабря 1840 года Филарет совершил архиерейскую хиротонию, и Иннокентий стал епископом Камчатским, Курильским и Алеутским.
10 января 1841 года Филарет благословил Иннокентия, и тот отправился из Петербурга на другой конец бескрайней Российской империи. По пути он заехал в Москву, потом в Троице-Сергиеву лавру, передал от Филарета письмо архимандриту Антонию: «Примите, отец наместник, подобающим образом преосвященного Иннокентия Камчатско-Алеутского и образом от обители благословите. Он уполномочен брать с собою потребных ему людей и желающих служить при нем. Если у нас найдется желающий и ему угодный, не будем скупы. И не останавливайтесь за перепискою со мною. На многое не отвечаю еще Вам, потому что простуда не позволяет долго держать на земле ноги, а лежащий писать еще не выучился.
Мир Вам и братии.
СПб. Января 10. 1841».
11 марта епископ Иннокентий приехал в Иркутск, а 27 сентября сошел на берег своей епархии. В 1842 году епископ Иннокентий начал на Ситке сооружение Миссионерского дома с Благовещенской часовней. Сейчас это здание — старейшая постройка на Аляске.
Так по слову Филарета начался новый этап апостольского служения замечательного светильника православной веры, коему суждено будет после смерти Московского Златоуста занять его место на московской кафедре! Но до этого события впереди было еще четверть века. Разделенные друг с другом немыслимыми расстояниями, Филарет и Иннокентий продолжали дружить, постоянно переписываясь. В трудные минуты жизни Иннокентий всегда искал у Филарета духовной поддержки и получал ее.
Находясь зимой 1840/41 года в Петербурге, московский митрополит присутствовал при переходе в православие невесты цесаревича. Принцесса Максимилиана-Вильгельмина-Августа-София-Мария Гессен-Дармштадтская, помолвленная с наследником Александром Николаевичем еще в апреле, приехала в Петербург и 5 декабря 1840 года была миропомазана и наречена великою княжною Марией Александровной. На другой день праздновались именины Николая I, и в сей день Мария Александровна и Александр Николаевич торжественно обручились. В письме архимандриту Антонию Филарет так описал это событие:
«Вчера и сегодня мы были свидетелями важных и радостных событий Августейшего Дома: вчера миропомазания высоконареченной невесты государя наследника цесаревича, а сегодня обручения их высочеств. Благоверная княжна произнесла исповедание веры с величественною скромностию и благоговением и таким чистым словом, какого нельзя было ожидать от ее недавнего знакомства с Россией. Нынешний праздник исполнен был тихо-светлой радости».
А вот из Москвы к Филарету приходили тревожные известия о том, что его дорогой друг князь Сергей Михайлович Голицын склоняется к тому, чтобы помириться со своей нагулявшейся супругой Евдокией Ивановной. Владыка опасался, что, поселившись в доме у Сергея Михайловича, «ночная принцесса» устроит там свой порядок, все пойдет кувырком, и уже не будет у него в Москве такого родного уголка, куда можно всякий час приехать и получить уют.
Еще шесть лет назад осенью 1834 года Сергей Михайлович давал у себя в доме роскошный бал, на который соизволила прилететь перелетная птица Евдокия Ивановна. Она пыталась уговорить мужа простить ее и восстановить брак, но Голицын остался непреклонным.
И вот она снова пожаловала в Москву, пытаясь восстановить супружество с Сергеем Михайловичем. Филарет узнал об этом из письма наместника Троице-Сергиевой лавры и ответил: «Вы писали мне о желаемом примирении К.С.М. (князя Сергея Михайловича. — А. С.) с супругою. Мир благое дело, и миротворцы ублажаются. При всем том я недоумеваю, что тут можно сделать. Время исполнения всех обязанностей супружества для них, думаю, прошло. Нрав и образ жизни княгини таков, что если они и будут под одним кровом, мало будут видеть друг друга. Об одном можно позаботиться, чтоб испытали себя каждый, не имеют ли немирного расположения, и чтобы восприяли и изъявили друг другу расположения мирные».
Голицыну было уже шестьдесят шесть лет, Евдокии — шестьдесят. Супружеские отношения возможны и в этом возрасте. В письме видно, что Филарет в некоторой панике и очень не хочет примирения супругов. Но да этому примирению и не суждено было произойти. Голицыны до конца дней своих останутся «в разъезде». Евдокия Ивановна на закате жизни увлеклась писательством, но русской госпожи де Сталь из нее не вышло, сочинения ее не пользовались спросом, а после смерти «принцессы ночи» и вовсе были забыты. Проявила она себя и как математик, оставив некоторые математические сочинения. Но запомнилась прекрасная Авдотья конечно же своей вольной жизнью в начале XIX столетия, и слава ее была славой изящной, изысканной, обольстительной, великосветской блудницы. Для Петербурга тех лет такая слава была почти почетная. Падение нравов вновь беспокоило Отцов Церкви. Доходило до того, что в открытую сожительствовали друг с другом содомиты, как, например, барон Геккерен и Дантес, сделавшийся его приемным сыном ради того, чтобы было оправдание их совместного проживания. И в начале сороковых годов положение не улучшалось. Петербуржцев в большом количестве можно было увидеть в каких угодно увеселениях, включая сомнительного толка, а храмы пустовали. Филарет как о чем-то невероятном сообщал о богослужении, на котором присутствовало четыреста человек. А в письме наместнику Троице-Сергиевой лавры от 19 марта 1841 года московский митрополит жаловался: «Надежда корысти в Невской Лавре на сих днях немало потрясена. За одну покойницу взяли в Лавре 13 000 рублей; ропот на сие дошел до государя императора; велено сделать постановление для кладбищ обеих столиц, чтобы похороны не стоили дорого. Закон преступлений ради прилагается (Гал. 3.19), и для Москвы за преступления Петербурга. Впрочем, на долю Москвы достанется только неприятность, что дело свободы и усердия подвержено закону; а убыток будет Петербургу, и особенно Невской Лавре и ее монахам, для которых главный и почти единственный источник дохода в покойниках. Богомольцев слишком мало».
В Петербурге по-прежнему Филарету было куда хуже, чем в Москве, и болел он здесь постоянно, и верующих было куда меньше, чем в Первопрестольной, и допекал обер-прокурор Протасов со своей жаждой подавлять архиереев, властвовать над ними, и чтобы все видели эту власть. И, тем не менее, приходилось иной раз чуть ли не пол года проводить на берегах Невы, как, например, зимой 1840/41 года. Приехал осенью, а в Москву вернулся лишь в конце апреля, после Пасхи! Застал похороны своего недруга — адмирала Шишкова, скончавшегося в Петербурге 9 апреля. В последние годы жизни Александр Семенович ослеп, у него прорезался дар предвидения, несколько раз он впадал в летаргический сон, который однажды продлился четыре месяца, и уж государю сообщили, что Шишков скончался, Николай приехал, а покойник возьми да и воскресни! Но 11 апреля 1841 года император присутствовал на похоронах бравого адмирала и великого радетеля о русском слове.