В марте и апреле король отправил нескольких своих легистов на переговоры с Папой, который теперь жил в Перудже, из-за напряженной обстановки в Риме. Сначала это были Берар де Меркур, Пьер де Беллеперш, Гийом де Плезиан и сам Ногаре, к которым присоединились Гийом де Шатенай и Гуго де Селле, на которых также легла задача проконсультироваться с кардиналами о возможном созыве собора. Из опрошенных в Риме, Витербо и Перудже, в апреле, легистами кардиналов, девять из них благоразумно ответили, что решение должен принимать Папа, а семь высказались за созыв собора.
Обезопасив свое положение, Бенедикт XI 8 июня издал буллу Flagitiosum scelus, надеясь окончательно похоронить этот вопрос. После девяти месяцев размышлений он решил возмутиться "чудовищным преступлением" и "святотатством" произошедшим в Ананьи, напустив на себя искусственный гнев с единственной целью — помешать попыткам посмертного преследования Бонифация. Это было просчитанное решение. В то время как король Франции был полностью оправдан, четырнадцать человек, поименно, были отлучены от церкви за участие в нападении на Папу: Гийом де Ногаре, Скьярра Колонна, Ринальдо да Супино и дворяне из Лацио. Все они были вызваны в Перуджу 29 июня, чтобы ответить за свои действия. В то же время Папа призвал жителей Ананьи подать иск против соучастников нападения, которые были изгнаны из города под страхом обезглавливания, а их имущество конфисковано.
Если Бенедикт XI думал, что на этом дело закончилось, то он сильно ошибался, поскольку Ногаре не был человеком, способным принять роль козла отпущения. Будучи искренне убежденным в еретичности Бонифация VIII, в необходимости созыва собора и в том, что он вел себя справедливо и достойно в Ананьи, он настаивал на полной идентичности взглядов короля и себя, о чем он напомнил Филиппу Красивому в письме, сохранившемся в архиве: "Есть много важных людей, светских и церковных, даже среди друзей короля, чье мнение и совесть обеспокоены и оскорблены в отношении короля, и которые думают, что у него и у меня, должно быть, не совсем чистая совесть". Король был прав, когда принял меры против Бонифация VIII, считал Ногаре, и эти меры должны быть продолжены. Отказ от них сейчас означал бы отказ от королевской политики. И если король был прав, то его роль в Ананьи, где он призвал к ответу Папу, и защитил его от насилия Скьярра Колонна, полностью оправдана, а его отлучение совершенно несправедливо. Такова была линия защиты, которую Ногаре неустанно развивал в течение многих лет, умножая свои мемуары — первые датируются сентябрем 1304 года — в которых он оправдывал свое поведение и очернял образ Бонифация. Одним из результатов его неустанных усилий, в глазах истории, парадоксальным образом стало то, что он стал "человеком Ананьи", главным действующим лицом нападения на Папу, в котором он играл лишь второстепенную роль. И в то же время Филипп Красивый, который никогда не отрекался от него, даже наградил его и назначил хранителем печати в 1308 году, должен был выступить в качестве заказчика нападения, которое должно было внести большой вклад в его репутацию защитника светской власти в глазах потомков.
29 июня Ногаре был вызван в Перуджу для вынесения приговора. Он не приехал. Неделю спустя, 7 июля, Бенедикт XI умер от несварения свежего инжира, что поставило все дело под вопрос. Пришлось избрать другого Папу. Поскольку смерть произошла в Перудже, 18 июля кардиналы собрались там на конклав. Конклав проходил тяжело, кардиналам потребовалось десять месяцев, чтобы прийти к согласию в выборе нового понтифика. Началось новое понтификальное междуцарствие.
Тупик был очевиден с самого начала: 19 кардиналов были разделены на две яростно противоборствующих партии с одинаковой значимостью, что делало невозможным достижение необходимого большинства в две трети голосов. С одной стороны, партия, возглавляемая Маттео Россо Орсини и Франческо Каэтани, выступала против французских интересов, против созыва собора и против любых действий против покойного Бонифация. Ей противостояла, профранцузская и антикаэтанистская партия, в котором находились два французских кардинала, Жан Лемуан и Робер де Понтиньи, и прежде всего Наполеоне Орсини, креатура Филиппа Красивого. На этот раз последний был намерен добиться выбора, по крайней мере, послушного Папы. Для этого он без колебаний воздействовал на конклав через двух представителей, которые выдвигали два типа аргументов: денежные аргументы с неизбежным sire Mouche, человеком с хорошо набитым сундуком, то есть банкиром Мушиатто Гуиди Францези, и дипломатические аргументы с Жоффруа дю Плесси, который был папским пронотарием и одновременно чиновником короля, одним из его любимых дипломатов и специалистом по деликатным миссиям. Он являелся носителем конфиденциальных документов, которые, вероятно, содержали обвинения против Бонифация VIII.