Кроме того, Климент V страдал от своего положения кочующего Папы, что значительно затрудняло управление и делало его неэффективным, увеличивая задержки из-за проблем с коммуникациями. Часть казначейства все еще находилась в Перудже; архивы — в Ассизи. Папская административная машина, разбухшая до неузнаваемости в XIII веке, насчитывала несколько сотен человек, а скромные городки юго-запада не были приспособлены для нужд различных служб, которые были разделены из-за неразрешимой проблемы жилья. В канцелярии, cancellaria, возглавляемой вице-канцлером — титул канцлера был упразднен в 1187 году — работали десятки скрипториев, буллаторов, аббревиаторов, подчинявшихся корректору и аудитору litterarum contradictarum; она принимала прошения, или supplicia, число которых в 1302 году оценивалось в 11.000. Финансовое управление находилось в руках камерарии, которая обрабатывала горы налоговых документов, касающихся всей Европы, с десятками клерков, аудиторов, прокуроров и адвокатов, занимавшихся тяжбами. Судебные вопросы решались Большой пенитенциарией, которая с ее двенадцатью подпенитенциариями занималась вопросами совести, в то время как Audience du Sacré Palais с ее множеством аудиторов отвечала за административное правосудие. Audiencia litterarum contradictarum занималась юридическими документами, распределением благ и спорами, возникающими на их основе. Кроме того, существовали 200 капелланов, которые выполняют функции причастников, камергеров и чтецов. Далее шли бытовые службы: кухня, конюшня, служба посыльных, дворцовая служба и полиция. Эта гигантская машина должна была заботиться о церковных делах всей Европы, от Скандинавии до Испании, от Шотландии до Италии, от Франции до Венгрии. Перегруженная объемом обрабатываемых дел, она была на грани коллапса, а ее громоздкость приводила к задержкам в рассмотрении дел на несколько лет. Теперь, разделенная между Бордо и Пуатье, она оказалась под угрозой полного паралича.
Король знал это, и он не был готов ждать годы, чтобы решить проблему тамплиеров. В августе он лишился своего четвертого сына, Роберта, который умер в возрасте одиннадцати лет. Но династия была вне опасности: у него осталось еще трое сыновей. Но, спустя два года после смерти жены, эта новая тяжелая утрата усилила его решимость очистить королевство. И еще был Гийом де Ногаре, который призывал к немедленным действиям. Для него возбуждение дела против тамплиеров было не только делом общественного здоровья, призванным наказать провинившийся орден, но и дополнительным оружием для влияния на решения Папы, разменной монетой в деле Ананьи и Бонифация VIII, чтобы добиться снятия с себя отлучения. Он также оказался лидером в начинающемся большом деле: 22 сентября он был назначен хранителем королевской печати, а значит, канцлером без титула, и писец канцелярии, записавший это событие, отметил, что это произошло во время заседания Совета, посвященного подготовке к аресту тамплиеров: "Печать была передана мессиру Гийому де Ногаре, когда рассматривался вопрос об аресте тамплиеров". Таким образом, эти две вещи связаны между собой, именно Ногаре руководил операцией. Но можем ли мы утверждать, как это делает Робер-Анри Ботье, что "с этого момента реальность власти больше не принадлежала Филиппу Красивому: она перешла к Ногаре и небольшой группе людей, политически связанных с ним, Плезиану, Латилли и, очень быстро, к камергеру короля, Ангеррану де Мариньи"? Это кажется чрезмерным. Одного изучения дипломатических источников, на которых основывает свое заявление Робер-Анри Ботье, недостаточно, чтобы доказать, что король больше не является хозяином положения. Хотя он поручил Ногаре руководить процедурой, он держал ее в своих руках и мог в любой момент остановить или изменить ход событий. Он оставался верховным арбитром, а иногда вмешивался лично.
Во время заседания Совета в аббатстве Мобюиссон, где в сентябре обсуждалась стратегия, которую необходимо было применить, он выступил против осторожной позиции, рекомендованной Жилем Айселином, который хотел, чтобы Папа был уведомлен первым, как того требует каноническое право в вопросах ереси. Поскольку король был убежден, что Папа не будет действовать, он решил довольствоваться согласием инквизитора Франции, который быть рукой Папы в этой области. Это была лишь уловка: инквизитором Франции был доминиканец Гийом Парижский, духовник короля, полностью преданный государю. 22 сентября он написал инквизиторам Тулузы и Каркассона, попросив их сотрудничать в расследовании, которое вот-вот должно было начаться. Он заявил, что король обсуждал это с Папой в Лионе и Пуатье, и намекнул, не уточняя, что Климент V одобрил арест, поскольку преступление тамплиеров было "жгучим позором для небес", "горьким делом", "прискорбным делом", "позорнейшим" преступлением, из-за которого "земля, несомненно, будет перевернута, стихии нарушены, божественное имя подвергнется презрению, истина сбита с толку, стабильность христианской веры разрушена".