Чтобы произвести впечатление на короля и особенно на Ногаре и его команду, которые были не очень восприимчивы к риторике об овцах и лодке Петра, необходимо было нечто большее. Если Папа хотел взять ситуацию в свои руки, ему пришлось бы принять конкретные меры. Но он не торопился. Только 17 ноября он послал своего капеллана Арно де Фожера предупредить короля о своем плане арестовать тамплиеров, хотя они уже больше месяца находились в королевских тюрьмах. В этот момент Климент V оказался перед свершившимся фактом: массовые признания тамплиеров не позволяли повернуть назад. Единственное решение, которое ему оставалось, — взять на себя ответственность за заключенных и судить их собственным судом.
Об этом он объявил 22 ноября в булле Pastoralis praeeminentiae. В булле кратко излагаются истоки этого дела, слухи, распространявшиеся с 1305 года, "слухи, которым я не поверил", — говорит Папа. Но король Франции по совету инквизитора (который также был его духовником) арестовал всех, а имущество конфисковал. С тех пор "Великий магистр упомянутого ордена добровольно и публично признался в присутствии величайших экклезиастов Парижа, магистров теологии и других лиц в порочности вины отречения от Христа во время исповедания братьев, введенной по наущению сатаны, в противоречии с первоначальной доктриной ордена". Почти все тамплиеры признались. Какое несчастье! Климент V выражал свою скорбь в манере, которая слишком риторична и запоздала, чтобы быть полностью искренней: "Из-за этого, если на этом поле, где был посажен орден, на этом поле, которое считалось столь добродетельным и сияющим в зеркале великой возвышенности, были посеяны дьявольские семена, которые не могут быть пригодными, наши внутренности сотрясаются от великого волнения". Поэтому необходимо действовать, проверять факты, в силу того, что можно анахронично назвать презумпцией невиновности: "Если предпосылки окажутся неточными и если это будет обнаружено, волнения прекратятся и, по воле Божьей, наступит радость; вот почему мы предлагаем искать правду об этом без промедления". Поэтому Папа приказал всем королям и князьям арестовать тамплиеров в своих государствах, но "благоразумно, тайно и незаметно", конфисковать их имущество и составить его опись. Что касается благоразумия и секретности, совет был несколько запоздавшим: уже более месяца назад Филипп Красивый арестовал братьев-тамплиеров и попросил других государей сделать тоже самое, с разной степенью успеха, как мы видели. Папа, казалось, шел по стопам короля Франции, но булла должна была сломить последние угрызения совести тех, кто, подобно Эдуарду II, все еще не желал проводить аресты. Многие государи подчинялись неохотно, а иногда и с большой задержкой. Pastoralis praeeminentiae достигла Кипра только в мае 1308 года, и только 1 июня регент королевства Амори де Лузиньян запер тамплиеров в их собственных крепостях Хирокития и Ермассойя.
К этому времени ситуация уже приняла иной оборот во Франции, где король поначалу не хотел передавать своих пленников Папе. Последний написал ему 1 декабря 1307 года, чтобы выразить свое недовольство: "Распространяются ложные слухи, — писал он, — согласно которым апостольские послания дадут тебе полную власть действовать в этом деле. Я прошу вас положить конец этим слухам и передать все дела, заключенных и имущество двум моим легатам, кардиналам Беренгару Фредолю и Этьену де Суизи". Король колебался в свою очередь, но затем 24 декабря ответил, что принимает просьбу Папы. Последствия не заставили себя ждать: в конце декабря Жак де Моле, узнав о передаче дела от короля к Папе, отказался от своего признания, при обстоятельствах, которые не совсем понятны, во время драматического публичного собрания в Нотр-Дам де Пари, как кажется. Согласно письму каталонского священника, проживавшего в Париже, анонимному корреспонденту на Майорке, Великий магистр, который теперь чувствовал себя под защитой Папы, показал следы пыток, которым он подвергся, перед толпой в Нотр-Дам, отказался от своего признания и предложил своим братьям сделать то же самое. "Можно оставаться скептиком, — пишет Ален Демургер в своем классическом исследовании о тамплиерах, — по крайней мере, в отношении зрелищной стороны этого события. Но разворот Моле вряд ли вызывает сомнения". Это новое развитие событий, грозившее затянуть дело, не понравилось королю и поэтому он отложил передачу заключенных папским властям.