Структура хрестоматии опирается на принцип взаимодействия общих положений теории познания (эпистемологии), философии науки и методологии научного исследования как естественных, так и социально-гуманитарных наук. Общий принцип построения - тематический - реализован в пяти направлениях-разделах.
Раздел 1. «Философия познания: общие проблемы» - содержит тексты-размышления философов и ученых по этой проблематике. Теория познания, или гносеология, эпистемология - это область философии, исследующая природу познания, отношение знания к реальности, условия его достоверности и истинности, особенности существования в системе культуры и коммуникаций. Основные эпистемологические идеи и работы этой области предпосылаются всем другим разделам, относящимся уже собственно к научному знанию и деятельности. Все эти особенности познания и объясняющих его теорий имеют непосредственное отношение к развитию не только эпистемологии, но и философии науки, опирающейся на общие исходные идеи и принципы учений о познании. Эго находит отражение в последующих разделах хрестоматии, прежде всего в разделе 2 «Философия науки: социологические и методологические аспекты», где представлены работы авторов, рассматривающих науку как специализированное знание и деятельность по его получению в контексте коммуникаций, культурно-исторических и социальных условий. Раздел 3 «Общая методология науки» содержит тексты философов, для которых общие проблемы методологии научного знания, науки в целом были главной профессиональной темой. Материал, приведенный в хрестоматии, позволяет увидеть, как трансформировалась и обогащалась эпистемологическая и собственно методологическая проблематика в истории и философии науки, и особенно в работах зарубежных и отечественных исследователей XX в. - периода активного становления и успешного развития философии науки. Раздел 4 «Методология исследования в естественных науках» — это философско-методологические размышления о законах природы, абсолютности и относительности пространства и времени, возможности их постижения «с помощью чувств», о фундаментальной науке механике, ее законах и принципах, роли в научном познании, о принципиальных особенностях познания в сфере квантовой механики, природе математического и биологического знания и о многом другом. Очевидно, что любой естествоиспытатель вынужден быть одновременно и методологом и особенно в том случае, когда он идет непроторенным путем, создавая «новую науку». Методологическое богатство, накапливаемое в трудах естествоиспытателей, не должно быть потеряно ни философами, ни современными учеными. Как необходимый опыт, значима сама традиция обращения естествоиспытателей к истории (опыту) философии. В хрестоматии представлены примеры такой традиции.
В самостоятельные разделы выделены: «Методология научного исследования: социальные и гуманитарные науки», «Философия языка» и «Философско-методологические проблемы психологии». В приведенных фрагментах работ известных ученых-гуманитариев и философов показана необходимость введения феноменологических процедур в структуру методологии гуманитарных наук как непременного условия рационального научного объяснения культурно-исторических фактов реальной жизни (В. Дильтей, Г.Г. Шпет, М.М. Бахтин); преодоления разрыва между объяснительным и описательным подходами к научному изложению; активного освоения приемов герменевтики (Г.-Г. Гадамер), в частности интерпретации (П. Рикёр), сочетания социокультурной обусловленности научных идей и их познавательной, объективно истинной природы. В работах литературоведов показано, например, что литература, подобно науке, методична: в ней есть программы изысканий, меняющиеся в зависимости от школы и эпохи исследования, порой даже претензии на экспериментальность. В основании многих современных философских и методологических проблем, лежат положения, связанные с так называемым «лингвистическим поворотом», а также непосредственно с изучением языка, его природы и многообразных функций, что находит отражение во фрагментах работ В. фон Гумбольдта, Э. Сепира, Р. Якобсона, Дж. Сёрля. Представлены также работы психологов, исследовавших проблемы научной деятельности, научного творчества и историю психологии. С позиций социальной психологии рассматривается научная школа как единство исследования, общения и обучения творчеству, как одна из основных форм научно-социальных объединений.