Уся філософія, що розвивалася до нього, Шеллінг називав негативною. Відкіля такий розподіл філософії? Відповідь на це питання він дає, відштовхуючись від Канта. Кант звернув увагу на те, що в пізнанні людина спирається на розум і досвід. Розум пізнає за допомогою апріорних форм. Поставимо, однак, питання: що у всьому сущому пізнається апріорно, сутність, суть сущого чи що воно є? Відповідь на питання «що воно є?» усвідомлює сутність речі й означає, що я розумію річ, володію її поняттям; відповідь на питання, «що воно є?», представляє мені існування речі, а не її сутність. Саме це останнє і є пізнання, однак варто враховувати, що пізнання неможливе без поняття. Пізнання є, по суті, впізнаванням, оскільки передбачається, що поняття передує пізнанню: у чому-небудь існуючому я впізнаю поняття, яке у мене раніш уже було про це «що-небудь». Апріорне знання визначає тільки все що є чи що може бути, якщо що-небудь є, але не те, що воно є.
Філософія, яка зосередилася або дійшла тільки до відповіді на питання «що є», тобто до сутності, представила її як необхідне, елімінувавши випадкове - така філософія, на думку Шеллінга, може бути названа негативною. Пізнати ж те, що щось («що є») ще й існує, тобто, що воно і є - справа іншої, а саме позитивної філософії.
Позитивна філософія не є тією, котра приходить на зміну негативної, витісняючи або скасовуючи її. У них різні задачі. Те, що стає власним предметом позитивної філософії, залишено негативною як далі непізнаване. Останнє, що передає негативна філософія позитивній, - є тільки задача, яка розв'язується далі позитивною філософією, хоча вона може і сама ставити собі цю ж задачу цілком незалежно від негативної. Однак обидві філософії можна представити в якості двох сторін однієї і тієї ж філософії.
Обидві сторони або обидві лінії у філософії Шеллінг просліджує з античних часів. Негативна чи раціоналістична філософія, вона ж у розвинутій формі - апріорна філософія, представлена вже в Геракліта і елеатів. Завершується розвиток раціональної, негативної філософії «Критикою чистого розуму» і її ідей Бога в Канта. Прориви до позитивної філософії він відзначає в Сократа, Платона й у неоплатоніків. Прориви до позитивної філософії Шеллінг певним чином зв'язує з емпіризмом. Звичайно під емпіризмом мається на увазі установка, що все наше знання є досвідним, а основа досвіду - сукупність сприйнять, породжених поза нами існуючими речами. Звичайний емпіризм виключає зі сфери досвіду надчуттєве. Але Шеллінг не ототожнює апеляцію до досвіду тільки з емпіризмом, і сам досвід розширює аж до області надчуттєвого. Позитивна філософія, на його думку, не є в цьому змісті емпіризмом, її відношення до досвіду тонше. Для цієї філософії досвід є підтверджуючим, але не таким, що доводить апріорне знання. Для негативної філософії досвід є таким, що доводить, але не існування абсолютно первинного (Бога), а наслідок з нього, саме воно повинно бути емпірично доведено, і тим самим буде підтверджено, що Бог дійсно існує. Існування саме такого наслідку тим самим підтверджує, що і саме первинне існує саме так, як ми його зрозуміли, тобто що Бог існує. Позитивна філософія - не релігійна філософія, і навіть не християнська. Шеллінг називає її філософією одкровення.
Прагнучи витлумачити поняття одкровення і бажаючи бути правильно зрозумілим, Шеллінг стверджував, що зміст одкровення насамперед є історичний зміст, але не в звичайному часовому змісті. Воно є змістом, який хоча і відкривається (у цьому смислі й вживається слово “одкровення”) у певний час, тобто виступає у вигляді земного явища, однак яке по суті, нехай неявно і приховано, мало місце і було підготовлено «до заснування світу», зміст світу відступає кудись і в щось надсвітове, а також і в досвітовий час. Одкровення є досвід у зазначеному вище смислі. Зміст одкровення є актом божественної волі. Розуміння й обґрунтування цього факту є філософією одкровення. Факт одкровення полягає в тому, що людство, що відійшло від Бога, повернуте до нього, примирене з ним за посередництвом Христа. Виникнення християнства і воно саме має всесвітньо-історичне значення. Перш ніж людство дозріло своїм духом до сприйняття факту (події), розкритого в християнстві, повинен був вичерпатися до кінця міфологічний процес. Христос з'явився тоді, коли виповнився час. Раніш він хоча і відкривався, але не як Христос. Всесвітня історія відповідає епосі цього світу, якому передує час до початку й творіння світу, а також час після кінця і загибелі світу.