Між наукою і вірою немає суперечностей, християнська істина стоїть вище розуму, але вона не суперечить розуму. Аргументи, які висуваються проти християнської віри з позиції людського розуму суперечать вищому божественному розуму, проти якого у людей немає засобів. Філософія повинна прислужувати теології тим, що релігійні істини презентує й тлумачить у категоріях розуму, і тим, що спростовує аргументи проти віри як помилкові.
Значне місце у філософії Фоми Аквінського займала проблема буття. Тут він дещо запозичив у Аристотеля. Світ уявляв як ієрархічну систему з ряду ступенів: від неживої природи до Бога. Усе суще складається з суті й існування.
Аквінат (так ще часто називають Фому Аквінського) вважав, що буття Бога може бути доведено розумом і висунув п’ять доказів на таких підставах:
1. Усе, що рухається, є рухомим чимось, тому повинен бути першодвигун, яким і є Бог.
2. У світі є ряд діючих причин, першою ж діючою причиною є Бог.
3. Необхідність і випадковість пов’язані; випадкове залежить від необхідного, а те в свою чергу від свого необхідного; перша ж необхідність - Бог.
4. Ми помічаємо ступені якості, що йдуть одна за одною; вища якість - Бог.
5. Усе має свою мету, має сенс і корисність; значить є вища розумна істота, яка все направляє до цілі, і це є Бог; Останній аргумент називають телеологічним.
Маючи всеохоплюючий розум, Фома не міг не зачепити також проблем людини і суспільства. Людина - одно з творінь Бога, вона має душу, яка є формою тіла і панує над ним, складаючи з тілом один живий організм. Однак після смерті тіла душе не гине, хоча і втрачає ознаки людської особи. Та оскільки знаходження поза тілом порушує природне призначення душі бути формою тіла, то звідси припускається майбутнє воскресіння тіл. Крім того людина ще має й свободу волі, завдячуючи якій вона є відповідальною за свої вчинки, адже має здатність вибирати між добром і злом. Визнання в людині свободи волі робить можливою мораль. Якби свободи волі не було, а була б тільки необхідна зумовленість усього, то робити людину відповідальною, ставити їй щось у провину не мало б сенсу. Щоб можна було вести мову про гріх і доброчесність, про покарання й нагороду, треба припустити свободу волі, надати людині здатність робити вибір. За Аквінатом, воля щільно пов’язана з розумом, так що інтелект має примат відносно волі (на відміну від Августина Аврелія). Людині достатньо мати справжнє знання добра і зла, аби вчиняти морально. Однак тут не слід забувати, що Фома - християнський філософ і Бога він не забуває: врешті-решт Бог викликає в людині прагнення вчиняти саме так, а не інакше.
Ґрунтуючись на тому, що люди мають певні нахили, визначені їх природою, можна вивести низку моральних приписів у вигляді «природного закону». Коли людський розум проголошує сам собі такий «природний закон», то він бере участь у вічному божественному законі, який виражає бачення Богом плану людської історії у своєму творінні, а саме людині як образу і подоби себе. Державне законодавство повинно узгоджуватись із природним моральним законом, але не настільки, щоб правовий порядок повністю співпадав би з моральним порядком. Отже не можна вимагати, аби всі наші моральні переконання отримували підтримку збоку встановлених державних законів.
У вченні про державу Фома, як і в багатох інших питаннях, виходив з Арістотеля. Як і Арістотель, Фома вважає, що держава як ціле має першість перед індивідами, однак пояснює це християнським аргументом: у думці, плані Бога держава була замислена ще до реального розгортання людської історії. Держава призначена для керування людьми на шляху до спасіння. Розрізняючи монархію, олігархію, тиранію і демократію, Аквінат надає перевагу такій формі держави, в якій поєднуються ознаки монархічної, аристократичної і демократичної форми правління. У Фоми є також розрізнення сутності влади і її форми: сутність іде від Бога, а форма (спосіб управління, структура влади) не завжди має Боже походження, тому може в окремих випадках відхилятись від свого призначення і може людьми вдосконалюватись.