Вскоре после начала Великой Отечественной войны, точнее 3 июля, тело В.И.Ленина было эвакуировано в Тюмень, где под наблюдением ученых лаборатории оно находилось вплоть до марта 1945 года. 10 сентября вновь открыл двери Мавзолей В.И.Ленина. В последующие годы лаборатория при Мавзолее была заметно расширена, возрос и комплекс стоящих перед ней научных и научно-практических задач.
Что нового внесено лабораторией в проблему бальзамирования и сохранения тела В.И.Ленина? Крупные усовершенствования коснулись прежде всего технических сторон. Сделан, например, безукоризненный с инженерной точки зрения и великолепный в художественном отношении саркофаг. Освещение лица и кистей рук производится в нем многочисленными пучками света, которые подаются от изолированного мощного источника по стеклянным световодам под крышу саркофага и после отсечения ультрафиолетовых и тепловых лучей направляются вниз на тело. Внутри герметичного саркофага практически устранены колебания температуры и влажности. (Для сравнения: первый саркофаг, в который поместили тело Ленина, имел форму стеклянной призмы, боковые плоскости которой зеркально передавали изображение. Освещение в нем было самым простым: с помощью обычных электрических лампочек, укрепленных вдоль верхней острой грани призмы. Лампочки сильно нагревали тело, и поэтому их приходилось периодически выключать.)
Важно и то, что удалось установить оптимальные способы поддержания постоянства влаги в тканях тела. С этой целью регулярно производится дополнительное пропитывание его бальзамирующим раствором и периодически аэрозольно увлажняются кожные покровы. Особыми приемами восстановлены, например, утраченные прежде объемы мягких тканей. Ученым удалось добиться также равномерной цветности кожного покрова. Ими разработаны точные способы фоторегистрации объемов и рельефа лица и кистей рук, которые позволяют уловить незаметные для глаза изменения. С помощью электронной и световой микроскопии систематически исследуются мельчайшие кусочки тканей.
Можно констатировать: в настоящее время в тканях тела наступил период стабилизации всех физикохимических процессов. Во всяком случае, их чрезвычайно медленное течение почти неуловимо современными химическими, физическими и микроскопическими способами. Практически приостановлены также наименее стабильные процессы окисления и гидролиза жира.
В 1990 году Советом Министров СССР была создана специальная правительственная комиссия для изучения деятельности Научно-исследовательской лаборатории Минздрава СССР при Мавзолее В.И.Ленина. В состав этой весьма представительной комиссии входило 12 человек, крупнейших специалистов нашей страны в области патологической анатомии, биохимии, молекулярной биологии. Выводы комиссии были однозначны: тело В.И.Ленина может сохраняться в неизменном виде, вероятно, еще не один десяток лет.
В 1953 году, после смерти И.В.Сталина, его тело также было бальзамировано и помещено в Мавзолей рядом с саркофагом В.И.Ленина. Но уже через 8 лет, в октябре 1961 года, на XXII съезде КПСС было принято решение о выносе тела И.В.Сталина из Мавзолея (по предложению И.Спиридонова от имени Ленинградской партийной организации). Первоначально планировалось перезахоронить Сталина на Новодевичьем кладбище, позже было решено, что захоронение будет за Мавзолеем Ленина у Кремлевской стены.
О том, как происходило перезахоронение, можно узнать из воспоминаний Ф.Конева, служившего в то время командиром Кремлевского полка:
"К 18 часам (31 октября 1961 года) наряды милиции очистили Красную площадь и закрыли все входы на нее под тем предлогом, что будет проводиться репетиция техники войск Московского гарнизона к параду.
Когда стемнело, место, где решено было отрыть могилу, обнесли фанерой и осветили электрическим прожектором. Примерно к 21 часу солдаты выкопали могилу и к ней поднесли 10 железобетонных плит размером 100x75 см. Силами сотрудников комендатуры Мавзолея и научных работников тело Сталина изъяли из саркофага и переложили в дощатый гроб, обитый красной материей. На мундире золотые пуговицы заменили на латунные. Тело покрыли вуалью темного цвета, оставив открытым лицо и половину груди. Гроб установили в комнате рядом с траурным залом в Мавзолее.
В 22.00 прибыла комиссия по перезахоронению, которую возглавлял Н.Шверник. Из родственников никого не было. Чувствовалось, что у всех крайне подавленное состояние, особенно у Н.Шверника.