• оплату труда работников бюджетных учреждений, денежное содержание (денежное вознаграждение, денежное довольствие, заработную плату) работников органов государственной власти (государственных органов), органов местного самоуправления, лиц, замещающих государственные должности Российской Федерации, государственные должности субъектов РФ и муниципальные должности, государственных и муниципальных служащих, иных категорий работников, командировочные и иные выплаты в соответствии с трудовыми договорами (служебными контрактами, контрактами) и законодательством Российской Федерации, законодательством субъектов РФ и муниципальными правовыми актами;
• оплату поставок товаров, выполнения работ, оказания услуг для государственных (муниципальных) нужд;
• уплату налогов, сборов и иных обязательных платежей в бюджетную систему Российской Федерации;
• возмещение вреда, причиненного бюджетным учреждением при осуществлении его деятельности.
Кроме бюджетных учреждений, в настоящее время все большую актуальность приобретает вопрос финансирования такого относительно нового типа государственного и муниципального учреждения, как автономное. Статья 4 Федерального закона от 4 ноября 2007 г. № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях» является основной нормой, регламентирующей финансирование деятельности автономного учреждения. В соответствии с ней учредитель осуществляет финансовое обеспечение выполнения задания с учетом расходов на содержание недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества, закрепленных за автономным учреждением учредителем или приобретенных автономным учреждением за счет средств, выделенных ему учредителем на приобретение такого имущества, расходов на уплату налогов, в качестве объекта налогообложения по которым признается соответствующее имущество, в том числе земельные участки, а также финансовое обеспечение развития автономных учреждений в рамках программ, утвержденных в установленном порядке. В случае сдачи в аренду с согласия учредителя недвижимого имущества или особо ценного движимого имущества, закрепленных за автономным учреждением учредителем или приобретенных автономным учреждением за счет средств, выделенных ему учредителем на приобретение такого имущества, финансовое обеспечение содержания такого имущества учредителем не осуществляется. Не будет финансироваться также из бюджета и деятельность автономного учреждения, направленная на систематическое извлечение прибыли (т. е. фактически коммерческая, предпринимательская деятельность). Закрепление за автономным учреждением имущества учредителя является еще одной фактической гарантией бюджетного финансирования, поскольку независимо от объема задания на оказание государственных или муниципальных услуг учредитель не может допустить ситуацию, когда его имущество может быть утрачено или испорчено.
При этом ст. 20 вышеуказанного Федерального закона устанавливает правило, что объем финансового обеспечения выполнения задания, установленного учредителем государственному или муниципальному учреждению (бюджетному или автономному), не может зависеть от типа такого учреждения. Многие толкуют данное положение как запрет снижения объемов финансирования в связи с изменением типа учреждения. Таким образом, автономное учреждение, так же как и бюджетное, сохраняет для себя гарантию бюджетного финансирования. Учредитель не может не дать автономному учреждению задание на оказание государственных или муниципальных услуг и субсидию на выполнение этого задания; иными словами, он не может оставить учреждение без финансирования. Финансироваться будет не столько деятельность учреждения, сколько выполнение им государственного и муниципального задания (однако с учетом расходов на содержание необходимого для этого имущества), произойдет переход от финансирования учреждения по смете к финансированию оказания услуг в соответствии с планом финансово-хозяйственной деятельности, что даст возможность учесть качество предоставляемых учреждением услуг при финансировании, обеспечит более эффективные бюджетные затраты за счет конкуренции между отдельными учреждениями. БК РФ также устанавливает одинаковые требования к финансированию учреждений, предоставляющих государственные или муниципальные услуги, будь то бюджетные или автономные учреждения. Следовательно, снижение размеров финансирования заданий автономным учреждениям по сравнению с бюджетными учреждениями будет незаконно.
Финансовое обеспечение деятельности автономных учреждений осуществляется в виде субсидий из соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации и иных не запрещенных федеральными законами источников. Кроме указанных заданий учредителя и обязательств, автономное учреждение по своему усмотрению вправе выполнять работы, оказывать услуги, относящиеся к его основной деятельности, для граждан и юридических лиц за плату и на одинаковых при оказании однородных услуг условиях в порядке, установленном федеральными законами. Однако автономное учреждение вправе осуществлять иные виды деятельности лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых оно создано, при условии, что такие виды деятельности указаны в его уставе.