В отличие от бюджетного учреждения, автономное учреждение может открывать счета в кредитных организациях, кроме того, собственник имущества автономного учреждения не несет ответственности по обязательствам автономного учреждения. Права в отношении полученных доходов и приобретенного за счет таких доходов имущества у двух типов учреждений тоже отличаются: бюджетные учреждения полученные ими доходы после уплаты налогов и сборов учитывают в смете и отражают в доходах соответствующего бюджета, а автономные учреждения распоряжаются полученными средствами по своему усмотрению.
Статья 69.1 БК РФ устанавливает виды бюджетных ассигнований на оказание государственных (муниципальных) услуг (выполнение работ), в число которых входят ассигнования на предоставление субсидий автономным учреждениям, включая субсидии на возмещение нормативных затрат по оказанию ими государственных (муниципальных) услуг физическим и (или) юридическим лицам. В соответствии со ст. 78.1 БК РФ порядок определения объема и предоставления указанных субсидий устанавливается высшим органом исполнительной власти соответствующего уровня. Приказом Министерства экономического развития РФ от 3 декабря 2008 г. № 423 утверждены типовая форма соглашения между учредителем и федеральным автономным учреждением о порядке и условиях предоставления субсидии на возмещение нормативных затрат на оказание услуг (выполнение работ) физическим и (или) юридическим лицам. Такое соглашение определяет в том числе норматив финансовых затрат на оказание услуг и порядок финансирования автономного учреждения; требования к качеству предоставляемых услуг (выполняемых работ) и отчетности, а также сроки предоставления и сумму субсидии. Обязанностью учредителя является предоставление в течение финансового года и планового периода субсидии автономному учреждению:
• собственно на возмещение нормативных затрат на оказание услуг (выполнение работ) физическим и (или) юридическим лицам;
• на возмещение нормативных затрат на содержание недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества, закрепленного за учреждением или приобретенного им за счет средств, выделенных учредителем на приобретение такого имущества (за исключением имущества, сданного в аренду с согласия учредителя), а также на уплату налогов, в качестве объекта налогообложения по которым признается соответствующее имущество, в том числе земельные участки;
• на выравнивание финансового обеспечения выполнения задания, сформированного учредителем в отношении учреждения, созданного путем изменения типа существующего учреждения (предоставляется в течение трех лет с даты создания за счет средств бюджета).
Предусматриваемые заданиями объемы финансирования услуг (выполнения работ) рассчитываются, как правило, на основе нормативов финансирования услуг (работ) и формируются одновременно с разработкой проекта бюджета на очередной финансовый год. Таким образом, планирование финансирования автономного учреждения должно соотноситься с бюджетным планированием территории.
Кроме автономных учреждений, субсидии из бюджета имеют право получать и иные юридические лица, индивидуальные предприниматели, физические лица – производители товаров, работ, услуг в целях возмещения затрат или недополученных доходов в связи с производством (реализацией) товаров, выполнением работ, оказанием услуг (ст. 78.1 БК РФ).
С 1 января 2011 г. в соответствии с Федеральным законом от 8 мая 2010 г. № 83-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных) учреждений» на федеральном уровне, а с 1 января 2012 г. – для региональных и муниципальных учреждений (при этом с 1 января 2011 г. до 1 июля 2012 г. устанавливается переходный период) по смете будут финансироваться только казенные учреждения, чье правовое и финансовое положение будет аналогично нынешнему положению бюджетных учреждений. Бюджетные учреждения по своему статусу приблизятся к существующим ныне автономным и вместе с последними будут финансироваться в части выполнения государственных заданий, получив право вести деятельность, приносящую доход.