Музей включен в «Морской энциклопедический словарь», ему вручена медаль областного общества охраны памятников.
В конце 1986 года ректоратом принято решение о переносе музея в здание главного корпуса. Материалы экспозиции в 1987 г. демонтированы и перевезены в новое помещение. С помощью студентов и преподавателей кафедры «Архитектура судов» дважды без финансового обеспечения делалась попытка оформить экспозицию, но дело сдвинулось с мёртвой точки только тогда, когда в институте был введен штат директора музея. На эту работу пригласили старшего научного сотрудника музея судостроения Костенко Нелли Михайловну и выделили средства на оформление интерьера музея и размещения экспозиции.
С помощью кооператива «Наш дом» по проекту дизайнера С. И. Чигинцева (председатель Николаевского отделения союза дизайнеров Украины) в главном корпусе УГМТУ была создана новая экспозиция. Музей был вновь открыт в мае 1991 года.
За последующие годы экспозиция расширилась:
— оборудован штурманский стол корабля (карты, прокладочный инструмент, секстан, протрактор, гониометр и пр.);
— изготовлены андреевский и украинский военно-морские флаги;
— собраны и включены в экспозицию фрагменты керамики из древнегреческого г. Ольвия;
— создана иллюзия присутствия экскурсанта на корабле (звучит запись шумов моря, криков чаек, светятся ходовые огни и т. п.);
— собраны и размещены в экспозиции материалы о кругосветном плавании институтской яхты «Икар» (капитан Б. С. Немиров).
В 2001 г. музей завоевал первое место среди общественных музеев города и области в смотре, проводимом мэрией г. Николаев.
В 2004 году был выполнен ремонт помещений музея и его частичная реконструкция. В холле музея создан макет мачты парусного корабля и выполнен фриз из красочных панно по истории флота. Разработан дизайн-проект реконструкции холла. В экспозиции значительно расширен штурманский уголок.
Силами научно-исследовательской части и музея НУК с 14 по 16 апреля 2004 года проведена областная научная конференция, посвященная памяти адмирала С. О. Макарова и его друга художника-баталиста В. В. Верещагина (к 100-летию их трагической гибели). Конференция была совмещена с возобновлением макаровских чтений, которые традиционно проводились многими ВУЗами кораблестроительного профиля в течение многих лет. Инициаторами конференции в НУК были:
Николаевская областная государственная администрация: Министерство образования и науки Украины; Национальный университет кораблестроения им. адмирала Макарова;
Николаевский художественный музей им. В. В. Верещагина. В рамках этой конференции проведена научно-техническая конференция профессорско-преподавательского состава НУК (макаровские чтения). На планерном заседании и в работе 35 секций приняли участие представители: облгосадминистрации г. Николаева;
Киевского музея русского искусства; музея судостроения и флота г. Николаева; художественного музея им. В. В. Верещагина г. Николаева; Очаковского музея им. Г. Г. Судковского;
Харьковского областного архива;
Херсонского музея им. О. Шовкунского;
Пушкинского клуба;
Херсонского морского университета;
Николаевского краеведческого музея; мемориального музея адм. Макарова при НУК; областной универсальной научной библиотеки им. Н. Гмырева, г. Николаев;
научно-технической библиотеки НУК.
В 35 научных секциях было заслушано 474 доклада профессорско-преподавательского состава, аспирантов НУК и ряда других ВУЗов Украины.
Список сокращений и терминов
1. Аппендикс — кормовая оконечность ограждения боевой рубки (народный термин).
2. Бакштаг — снасть стоячего такелажа, раскрепляющая мачту с носа и кормы.
3. Балясина — поперечная планка (ступенька) трапа.
4. Барк — морское парусное транспортное судно (3–5 мачт) с прямыми парусами на всех мачтах, кроме кормовой (бизань-мачты), несущей косые паруса.
5. Бимс — элемент набора корпуса корабля.
6. Ватервейс — на подводной лодке это желоб, где примыкает к прочному корпусу обшивка балластных цистерн в верхней их части. Вода, стекающая с прочного корпуса, отводится в море через трубы, привариваемые вверху балластных цистерн в районе ватервейса.