В ответ на упреки по поводу сотрудничества с нацистами. Юнг выдвигал следующий аргумент: "У меня не было другого способа принести пользу друзьям, как только пожертвовать собой, своим именем и независимой позицией...". Краткое расследование, проведенное Винсентом Броме в работе "Первые последователи Фрейда", представляет позицию Юнга в несколько менее благоприятном свете, так же, как и цитата из книги Вильгельма Репке "Решение германской проблемы", где автор описывает отставку знаменитого психиатра Кречмера с поста президента Немецкой психотерапевтической ассоциации: "После того, как нацисты прибрали к рукам Немецкую ассоциацию и ее журнал, первый "нацистский" ее номер ("Центральная психотерапевтическая газета", декабрь 1933) вышел с торжественным предисловием, написанным профессором Юнгом, в котором тот подчеркивал необходимость разделять отныне немецкую и еврейскую психологию. В том же номере новый рейхсфюрер всех психотерапевтов, профессор М. Х. Гёринг рекомендовал членам новой ассоциации основополагающую книгу Адольфа Гитлера "Майн Кампф". Чтобы до конца стал ясен смысл услужливого поведения проф. Юнга, рейхсфюрер заявил несколькими страницами ниже: "Поблагодарим д-ра К. Г. Юнга, согласившегося на президентство,... таким образом стало возможным продолжить научную деятельность Ассоциации и журнала".
В марте 1936 года гестапо захватило все имущество издательства "Верлаг", расположенное в Германии; как пишет Джонс, "все запасы книг для Германии и Австрии, включая книги "Верлага", были перевезены в Лейпциг". Издательство Психоаналитической ассоциации продолжало кое-как существовать в Австрии до прихода в Вену нацистов, которые конфисковали все ценности. Фрейд почувствовал приближение угрозы. В феврале 1934 года он пишет сыну Эрнсту: "Будущее неопределенно, нас ждет либо австрийский фашизм, либо свастика".
Свастика и австрийский фашизм торжествуют победу одновременно, когда нацисты занимают Австрию 11 марта 1938 года. 15 марта группа из службы безопасности ворвалась в квартиру Фрейда, где перерыла комнаты в поисках ценностей; смущенные, как казалось, присутствием Фрейда, они удалились, прихватив из сейфа 6000 шиллингов. Через неделю с обыском явились люди из гестапо и ушли, уведя с собой Анну Фрейд. Дочь Фрейда провела в гестапо целый день и была освобождена лишь к вечеру; по словам Джонса, "это был, несомненно, самый мрачный день в жизни Фрейда", который записал в своем дневнике за 22 марта: "Анна в гестапо". Мартин Фрейд, сотрудник "Верлага", многократно o вызывался в гестапо для допросов.
Семье Фрейда стало необходимо получить выездную визу; многочисленные ходатайства были призваны ускорить и облегчить эти хлопоты. Американский посол Буллитт, сотрудничавший с Фрейдом при редактировании психоаналитического исследования президента Вильсона, заставил вмешаться президента Рузвельта; Эдуарде Вейссу удалось заручиться поддержкой Муссолини, которому Фрейд по просьбе одного пациента направил в 1933 году свое эссе "Почему война?" с таким посвящением: "От старого человека, приветствующего в лице Вождя героя культуры". Джонс со своей стороны занялся получением от британских властей виз на въезд в Англию всей семьи Фрейда.
Чувствуя близкий отъезд, Фрейд пишет Эрнсту 12 мая 1938 года: "Я иногда сравниваю себя со старым Иаковом, приведенным в Египет,... как это собирается изобразить Томас Манн в своем следующем романе. Будем надеяться, что исход из Египта не будет таким, как некогда. Пора Ахасверусу и отдохнуть". Фрейд уже обращался к Библии, когда руководящий комитет Венского психоаналитического общества выбирал для него то место жительства, где он поселился: "После разрушения храма в Иерусалиме Титом равви Иоханан бен Саккаи попросил разрешения открыть школу в Иабнехе для изучения Торы. Мы сделаем то же самое. Мы, в конце концов, приучены к преследованиям нашей историей, традициями, а некоторые из нас - и личным опытом".