Начало папской схизмы в сентябре 1159 года привнесло новое, до сих пор явно не встречавшееся измерение в борьбу Барбароссы с коммунами. Отныне к конфликту в политической борьбе за власть нередко добавлялся конфликт церковно-политический. Еще перед смертью Адриана IV враждебные Империи города Милан, Брешиа, Пьяченца и Крема вступили в контакты с курией и папой, которого уже давно чрезвычайно раздражало состояние отношений со штауфеновским императором, пообещав не заключать с монархом мира без согласия папы или его католического преемника. Консулы ряда городов, верных императору, таких, например, как Павия и Новара, были затем, в марте 1160 года, отлучены от церкви. Это произошло, когда после утверждения Виктора IV синодом в Павии раскол обострился самым решительным образом. При этом и внутри самих городов дело дошло до создания различных группировок. Епископы, поддерживавшие Александра, могли — как, например, в Пизе — выступать против позиции, занятой городом, и верный Империи епископ — например, Гарсидоний Мантуанский — мог при обратном положении вещей столкнуться со сходными проблемами. Подчас разделение на разные группировки существовало внутри самого городского клира.
Борьба против Милана продолжалась. Несмотря на триумф над Кремой в январе 1160 года, сказывались растущая нехватка поддержки со стороны германских имперских князей, но особенно — кризис схизмы со всеми его многообразными проявлениями, которые не сулили скорого завершения столкновений. Только опустошительное разорение миланской округи и блокада коммуникаций с Брешиа и Пьяченцей, а в результате отсечение борющегося города от решающих баз снабжения, поставили его на колени. В марте 1162 года миланцы были вынуждены безоговорочно подчиниться. Сам город был предан разрушению при определяющем участии в исполнении наказания ломбардских городов из числа его противников. Его жители были выселены в многочисленные мелкие местечки округи и тем самым претерпели судьбу, которую сами готовили горожанам Лоди. В этом кульминационном пункте своей городской политики в Италии Штауфен открыл новую фазу имперского господства на территории южнее Альп. Отныне ломбардский мир городов стал усиленно приобщаться к формированию непосредственного имперского управления Штауфенов. Наряду с должностными лицами Империи, которые управляли сельскими округами, отчасти немецкие подеста обнаруживаются и в самих городах. Тогда как еще в Ронкалье пытались оформить отношения с итальянскими городами согласно однозначной норме, теперь снова отходили от этого принципа единообразного обращения. Прежде всего, было оказано явное предпочтение городам, которые в борьбе против Милана приняли сторону императора, как, например, Кремона и Павия. Но в то же время другие, тоже верные Империи города меньшего политического значения, такие как Лоди, Новара или Бергамо, нередко ощущали проводимые ломбардской имперской администрацией мероприятия как ущерб их собственным интересам и даже как притеснение.
Триумф над Миланом позволил впоследствии центрально-итальянским областям все чаще оказываться в поле зрения императорской политики. Если назначение герцога Вельфа VI сеньором этих земель все отчетливее обнаруживало свою ошибочность из-за проалександровской позиции этого дяди императора, то завершение борьбы в Ломбардии отныне предоставляло возможность активно применить на деле сюзеренитет Империи над территорией южнее Апеннин. В отношениях со взаимно конкурирующими Генуей и Пизой благодаря умело проводимой долгие годы политике лавирования Штауфену удавалось не только отстоять, но и приумножить пользу для Империи, используя интерес обоих приморских городов к Сардинии.