Большинство неприбывших тем не менее прислали свои извинения с заявлением, что не признают ни одного из избранников, пока император через своих посланцев не сообщит им решение собора. Король Франции Людовик VII и английский суверен Генрих II поступили точно так же. Такое поведение свидетельствовало об упорном желании соблюсти осторожность, а также получить информацию из верного источника и принять самостоятельное решение, не обязательно с учетом мнения собора.
Заседание началось с речи Фридриха, который заявил, что только епископы, а не он, должны решить данный вопрос. Затем были заслушаны рассказ римских каноников и различные свидетельства в пользу Октавиана. Все они напоминали, что при жизни Адриана IV Роланд и его сторонники не прекращали действий против Констанцского договора, заключили альянс с Миланом и Сицилией и что эта «сицилийская секта» старалась спровоцировать выступления против императора. Все это привело к двойным выборам, в ходе которых Октавиан получил голоса лучшей части (sanior pars) Священной коллегии. Поскольку Роланд был виновником волнений и интриганом, то вполне логично, что sanior pars была настроена против него. На основании этого довольно странного рассуждения собор высказался в пользу Виктора IV, хотя, по словам судьи их Берхтесгадена, посланца архиепископа Зальцбургского, не обошлось без колебаний. Фридрих торжественно препроводил папу в соборную церковь Павии, где тот вновь был посвящен в папы. Потом отлучили от церкви Роланда и его сторонников и объявили, что миланцы и король Сицилии должны будут выплатить папе «канонические репарации».
Первая цель была достигнута: у императора появился преданный его делу папа. Однако Александр III все еще не был устранен. Более того, ознакомившись с этим решением и письмом, которое церковный собор разослал во все концы христианского мира, он ответил на эти шаги громогласным постановлением об отлучении от церкви Барбароссы (24 марта). Булла с этим приговором была составлена сухо и лаконично: император виновен в насилии и подлоге, он является «главным гонителем Божьей церкви», созвал собор по собственной воле и тем самым нарушил единство церкви, присвоил себе не принадлежавшие ему права, разорвал нерукотворное платье Христово и перепутал священническую миссию с королевской. По всем этим причинам, из которых ни одна не носила политического характера, в частности, за то, что «принял раскольника Октавиана и самодовольно примкнул к нему, полностью сознавая, что делает», Фридрих был отлучен от церкви, а его подданные освобождены от клятвы верности, «потому что никто, — указывалось в документе, — не обязан соблюдать клятву верности в отношении отлученного от церкви». Он не был низложен, хотя фактически распоряжение, данное подданным не подчиняться своему господину, означало отмену его власти.
Эта санкция, сколь энергичной она ни была, не явилась неожиданной для императора. Исходи она от особы бледной и невыразительной, могла бы остаться без последствий. Но выборы 7 сентября 1159 года поставили перед Барбароссой противника, весьма отличающегося от него, однако того же масштаба: очень грамотный юрист, один из лучших знатоков канонического права своего времени, прославленный некогда преподаватель школ в Болонье, имеющий четкое понятие об обязанностях своего сана и убежденный в том, что прежде всего должен защищать свободу римской церкви — гаранта всех священнических свобод, которой угрожают имперские кампании, и что для осуществления этой задачи необходимо действовать твердо, не прибегая к пылким теократическим заявлениям предыдущей эпохи, чьи понятия устарели, но допускающей, что временная юрисдикция является действительно автономной; при всем том человек хладнокровный, деятельный, властный, ревностный защитник прерогатив святого престола, а также ловкий дипломат, готовый пожертвовать второстепенным ради главного, если при этом можно спасти лицо; наконец, политик, который благодаря своему сиенскому буржуазному происхождению, карьере и занятиям прекрасно знал итальянские проблемы и очень хорошо понимал ситуацию на полуострове (чего как раз не хватало Фридриху).