На Юго-Западный фронт главным хирургом был назначен профессор И. Н. Ищенко. Иван Николаевич был гражданским человеком, хорошим клиницистом и воспитателем врачей-хирургов, но мало был знаком с военным делом и особенностями фронтовых операций. С особой болью он переживал отступление наших войск, а оно на Юго-Западном фронте имело место не только в 1941, но и в 1942 годах. Условия стратегической обороны, поступления на фронт новых медицинских учреждений требовали нечеловеческое напряжения сил и чрезвычайных нагрузок на нервную систему. Будучи человеком с развитым чувством ответственности за порученное дело, он испытывал большую неудовлетворенность в связи с нередким отсутствием у него сведений о положении дел в медицинских учреждениях армий фронта. Вместе с тем И. Н. Ищенко не имел возможности в начале летне-осенней кампании 1942 года располагать этими сведениями в той мере, в какой желал его беспокойный характер. Проработав до 20 сентября 1943 года главным хирургом фронта, он в начале декабря был назначен главным хирургом Киевского военного округа.
На Южном фронте главным хирургом был назначен профессор Федор Федорович Березкин. Работая ведущим хирургом в Главном военном госпитале, он пользовался там заслуженным авторитетом среди врачей и больных благодаря своей эрудиции, чуткости к людям, скромности и тактичности в обращении с сослуживцами. Казалось бы, большие теоретические и практические знания в области хирургии, в том числе и в травматологии, занимающей большое место в военно-полевой хирургии, давали основание предполагать, что должность главного хирурга фронта, обязанности и права, вытекающие из нее, не должны были представлять для него трудностей. Но это оказалось не так. Обязанности и права главного хирурга, да еще в условиях стратегической обороны, требовали от него большой оперативности в работе, четко выраженной целеустремленности, требующей отделять главное от второстепенного и проявлять при этом настойчивость и твердость характера в достижении главной цели. Все это, как видно, оказалось Березкину не по плечу, и он настоятельно просил меня освободить его от этой должности, что и было сделано в ноябре 1941 года. После этого он был назначен начальником кафедры в Куйбышевскую военно-медицинскую академию. На его место прибыл доцент А. И. Арутюнов. Александр Иванович — участник событий на реке Халхин-Гол, принимал участие в войне с Финляндией в качестве ведущего хирурга ППГ. Ученик профессоров Н. А. Богораза и Н. Н. Бурденко, он получил клиническую подготовку в хирургических школах, руководители которых оставили значительный след в научной и практической хирургии нашей Родины. Его неваурядные способности организатора в сочетании с клинической подготовкой позволили ему со знанием дела выполнять обязанности главного хирурга фронта до ноября 1944 года.
К декабрю 1941 года количество действующих фронтов увеличилось до восьми. 26 июля был образован Центральный фронт, а 16 августа — Брянский. На Центральный главным хирургом был назначен профессор бригадный врач Михаил Никифорович Ахутин, освобожденный от должности начальника Военно-медицинской академии имени С. М. Кирова, а на Брянский — профессор военврач 1 ранга А. А. Вишневский. 25 августа Центральный фронт был упразднен, а его войска в составе 21-й и 3-й армий переданы Брянскому фронту. Эти армии вели тяжелые оборонительные бои и под давлением превосходящих сил 2-й армии и 2-й танковой группы противника отходили на юго-восток. Брянскому фронту в составе 50, 13, 21 и 3-й армий было приказано подготовиться к наступлению с задачей разгромить 2-ю танковую группу врага. В связи с тем что Ахутин имел месяц для ознакомления с той лишь частью фронта, которая находилась в наиболее тяжелых условиях, а А. А. Вишневский — менее 15 дней, было принято решение назначить М. Н. Ахутина на вновь образованный фронт. А. А. Вишневский был назначен хирургом 4-й отдельной армии, которая действовала в районе Тихвина и подчинялась непосредственно Ставке.