После этого популярность проправительственного и связанного с полицией рабочего движения в еврейской среде не могла не упасть. Шаевичу надо было «реабилитироваться». И, вероятно, он попытался это сделать.
В начале июля 1903 года грандиозная забастовка, начавшаяся в Баку, охватила все причерноморские города, включая Одессу. Здесь к ней примкнули матросы, кочегары, рабочие мастерских Русского общества мореходства и торговли — без различия национальности и религии. Главным организатором и оратором выступил именно Шаевич. Судя по всему, он не предвидел, какой масштаб примет стачка, и на каком-то этапе потерял контроль над событиями. 18 июля, на второй день всеобщей забастовки, он приказал прекратить ее, но даже члены его собственной организации не выполнили распоряжения.
Реакция Плеве была простой и ожидаемой: Зубатову приказано было ликвидировать Еврейскую независимую рабочую партию.
Досаду Сергея Васильевича можно понять: всё, созданное им на протяжении двух лет, постепенно разрушалось. Гапон вспоминает, что при известии о бунтарской деятельности Шаевича Зубатов пришел в ярость и воскликнул: «Убить их всех, мерзавцев!» Тем удивительнее, что перед начальством — и тогда, и годы спустя — он настойчиво защищал своего одесского эмиссара, выдавая его за жертву внешних обстоятельств.
Отчаявшись переубедить «Орла» (как называли в министерстве Плеве), Зубатов попытался пойти по тому же пути, который он уже неудачно опробовал в марте: сыграть на вражде между Витте и Плеве и настроить в свою пользу министра финансов. В дело был вовлечен и князь В. П. Мещерский, редактор газеты «Гражданин», видный консервативный публицист, уже немолодой человек (64 лет), не занимавший никаких должностей, но оказывавший важное влияние на государственную жизнь благодаря дружеским связям с императорским домом. Личностью он был колоритной, талантливой в своем роде, не без скандальности (в том числе из-за гомосексуальной ориентации, которую он практически не скрывал). По одной из версий, Витте и Зубатов обсуждали планы смещения Плеве в доме у Мещерского. Предполагалось, что Зубатов изготовит письмо, компрометирующее Плеве и якобы попавшее к нему при перлюстрации, а Мещерский передаст его царю. Зубатов рассказал об этом плане Гуровичу — и ближайший сотрудник предал его. По другим источникам, предателем оказался сам Мещерский.
После этого судьба Зубатова была предрешена. 19 августа он был вызван к Плеве, который в очень жесткой форме потребовал от него отчета о деятельности ЕНРП. Разговор происходил в присутствии фон Валя, начальника конкурирующей структуры — корпуса жандармов, что было еще для Сергея Васильевича обиднее. Затем Зубатову предъявлено было его письмо Шаевичу (изъятое у последнего при обыске). Плеве картинно возмущался как «сентиментальным» тоном, роняющим, с его точки зрения, достоинство полицейского чиновника, так и содержанием. В частности, его возмутили приведенные в письме слова Николая II: «Богатого еврейства не распускайте, а бедноте жить давайте». «Государь это сказал мне, — возмущался Плеве, — я передал директору Департамента полиции, последний своему чиновнику Зубатову; г. же Зубатов позволил себе сообщить слова государя своему агенту, жидюге Шаевичу, но за это я его и передам суду».
(Понятно, что письмо Шаевичу стало лишь поводом для расправы. Но раздражение Плеве из-за передачи «жидюге» слов царя, вероятно, не было деланым: дело в том, что эти слова были во многом противоположны его собственной позиции. Плеве считал, что опасность для империи представляет не богатое и образованное еврейство, которое рано или поздно ассимилируется, а нищая местечковая масса, с которой Зубатов через свою организацию и заигрывал.)