На вокзале «Кингс-Кросс» Сириус Блэк рассказывает Гарри, что Орден Феникса был основан Альбусом Дамблдором для борьбы с Волан-де-Мортом и что туда входили его родители, после чего дарит ему фотографию с изображением членов Ордена в полном составе. Гарри проводит свой пятый год обучения в Хогвартсе и обнаруживает, что многие ученики, их родители и официальные чины Министерства магии отрицают сам факт недавней дуэли юного волшебника с Волан-де-Мортом, делая вид, будто не имеют ни малейшего представления о возвращении последнего. Также Гарри, Рон Уизли и Гермиона обнаруживают, что Хагрида нет в Хогвартсе.
Опасаясь, что Альбус Дамблдор преднамеренно распространяет слухи о возвращении Волан-де-Морта, стремясь подорвать авторитет министра магии и в дальнейшем занять его место, Корнелиус Фадж назначает новым профессором Защиты от тёмных искусств Долорес Амбридж, которая, кроме этого, ещё должна пристально следить за персоналом и студентами Хогвартса. Она тщательно инспектирует учителей и чуть не выгоняет из Хогвартса преподавателя прорицания, профессора Сивиллу Трелони.
Одобренный Министерством курс лекций по защитной магии профессора Амбридж оказывается абсолютно бесполезным на практике — юные волшебники просто не способны противостоять действию тёмных сил, угрожающих им и всему волшебному сообществу. И тогда Гарри по настоянию своих друзей, Гермионы и Рона, берёт инициативу в свои руки. Они регулярно и тайно встречаются с небольшой группой студентов, называющей себя Отрядом Дамблдора. Отряд базируется в Выручай-комнате, которая открывается в случае крайней необходимости. Гарри обучает всех тем заклинаниям, которые знает сам.
Но Амбридж подозревает о заговоре, допрашивает учеников и создаёт Инспекционную Дружину, куда входят Драко Малфой, Винсент Крэбб, Грегори Гойл и Аргус Филч, чтобы выследить членов Отряда. Получается так, что они почти ловят Полумну Лавгуд, но терпят фиаско. Однажды ночью Гарри снится, что кто-то нападает на мистера Уизли. Альбус Дамблдор понимает серьёзность положения и поручает профессору Снеггу проводить с Гарри занятия по окклюменции — защите своего разума от чужого проникновения (так как Волан-де-Морт может в любой момент воспользоваться этой связью).
Первые занятия Гарри проводит неудачно, а тем временем из Азкабана совершается массовый побег. Министерство переводит вину на Сириуса Блэка. После рождественских каникул некоторые ученики перестают верить Министерству и встают на сторону Гарри. Кроме того, через год в Хогвартс возвращается Хагрид и объясняет своё отсутствие тем, что Дамблдор отправлял его на переговоры к великанам. Параллельно с этим Гарри продолжает обучать Отряд Дамблдора. Когда студенты разучивают заклинание Патронуса, стена комнаты рушится, и появляются Амбридж с Инспекционной Дружиной и Чжоу Чанг, предавшей Отряд Дамблдора.
Затем Дамблдор берёт на себя ответственность за создание Отряда Дамблдора и его деятельность, за что Фадж собирается отправить его в Азкабан, но профессор успевает трансгрессировать. После этого Амбридж назначается новым директором школы и берёт Хогвартс под свой полный контроль, превратив его в подобие колонии для малолетних преступников. Но во время сдачи СОВ Фред и Джордж Уизли поднимают мятеж: они громят класс и вылетают на мётлах на улицу, где устраивают фейерверк.
Когда Гарри выходит на улицу, ему видится, как Тёмный Лорд пытает Сириуса и требует, чтобы последний отдал ему «его». Гарри вместе с Роном и Гермионой решают отправиться в Министерство магии с помощью Летучего пороха через камин Амбридж (остальные камины держатся под наблюдением), но директор и Малфой хватают их, Джинни, Невилла и Полумну. Долорес собирается применить Сыворотку Правды (выясняется, каким образом она узнала про Выручай-комнату от Чжоу), но потом решается на Непростительное заклятие «Круциатус» (одно его применение стоит пожизненного заключения в Азкабан).
Гермиона спасает Гарри, уговаривая показать секретное оружие Дамблдора. Заманив Амбридж в Запретный лес, Гарри и Гермиона сдают её кентаврам. На обратном пути они встречают Рона, Джинни, Невилла и Полумну, сбежавших от Малфоя и остальных. На фестралах они добираются до Министерства, где в Зале Пророчеств Гарри находит своё и слушает его. Затем он берёт пророчество, и тут друзей окружают Пожиратели Смерти, отряд которых возглавляют Люциус Малфой и Беллатриса Лестрейндж, ответственная за пытки над родителями Невилла Долгопупса, учинённые ею 14 лет назад до основных событий.