Лучшим опровержением подобной «конспирологической» версии могут служить фрагменты из переписки Императора и Императрицы. Сразу же после обострения болезни Николай II довольно часто и много писал об этом супруге, никоим образом не предполагая, что ему предстоит «избавиться» от своего якобы «невыносимого» начальника штаба. И ответы Александры Федоровны показывают живое участие, сочувствие больному и пожелания ему скорейшего выздоровления. Правда, объяснения причин болезни: в письмах Императрицы достаточно примечательные. В письме от 3 ноября Николай II отмечал: «Генерал Алексеев нездоров и лежит — у него сильный жар. Федоров (лейб-хирург профессор СП. Федоров состоял при Ставке с осени 1915 г. — В.Ц.) говорит, что у него почки не в порядке; он вызвал Сиротинина (лейб-медик Высочайшего Двора В.Н. Сиротинин. — В.Ц.). Это осложнение имеет для меня большое значение. Я надеялся поехать в ближайшем времени куда-нибудь на фронт, но теперь придется эти дни побыть здесь. Пустовойтенко отлично осведомлен во всем и прекрасный помощник (он и делал ежедневные доклады при кратковременном отсутствии своего начальника. — В.Ц.). Пока я не думаю брать никого со стороны». На следующий день Государь пишет: «Алексееву сегодня немного полегче. Федоров настаивает на том, чтобы он полежал еще по крайней мере неделю, потому что, кроме болезни, он переутомлен работой и недосыпал все это время. Выглядит он свежее».
Александра Федоровна по-своему объясняла причину болезни Алексеева. Помимо неприязни генерала к «нашему Другу» Распутину, она отмечала явный, как ей представлялось, недостаток душевных качеств у генерала. Административный, «бумажный» стиль руководства Алексеева (отмечаемый, кстати, многими современниками и «бросавшийся в глаза») казался ей вредным. Хотя, конечно, подлинных настроений генерала, его психологических переживаний и глубокой православной веры эта оценка отнюдь не отражала.
Очевидно, что Императрица делала вывод о «бездушии» Михаила Васильевича, не имея возможности встречаться, беседовать с генералом, получая о нем сведения только из писем супруга. При этом Императрица уверена, что, преодолев болезнь как искушение, Михаил Васильевич станет другим. В своем ответе (от 5 ноября) она писала: «Алексееву следовало бы дать двухмесячный отпуск, найди себе кого-нибудь в помощники, например, Головина (генерал-лейтенанта Н.Н. Головина, начальника Николаевской военной академии. — В.Ц.), которого все чрезвычайно хвалят, — только не из командующих армиями, — оставь их на местах, где они нужнее. У Пустовойтенко слишком много работы, а ты — один и, кроме того, не можешь тронуться с места и, быть может, свежий человек с новыми мыслями оказался бы весьма кстати. Человек, который так страшно настроен против нашего Друга, как несчастный Алексеев, не может работать успешно. Говорят, у него нервы совершенно развинчены. Это понятно: сказалось постоянное напряжение “бумажного” человека; у него, увы, мало души и отзывчивости».
В письме 7 ноября Государь все-таки признал необходимость длительного лечения своего начальника штаба: «Вчера я принял Сиротинина, и он доложил мне, что, по его мнению, необходимо сделать с Алексеевым. Ему нужен отдых в Крыму в течение шести-восьми недель. Они надеются, что этого будет достаточно, чтобы он поправился и набрался сил. Сегодня утром я сказал это Алексееву, и он, конечно, подчиняется их предписанию». 8 ноября Александра Федоровна отвечала: «Это вполне правильно, что Алексеева отправляют для длительного отдыха в Крым, это крайне необходимо для него, — там тихо, воздух и настоящий покой». И спустя месяц (4 декабря) вспоминает о Михаиле Васильевиче не только с сожалением, но и с надеждой: «Не забудь воспретить Гурко (новый начальник штаба. — В.Ц.) болтать и вмешиваться в политику — это погубило Николашу (Великого князя Николая Николаевича. — В.Ц.) и Алексеева. Последнему Бог послал болезнь, — очевидно, с целью спасти тебя от человека, который сбился с пути и приносил вред тем, что слушался дурных писем и людей, вместо того, чтобы следовать твоим указаниям относительно войны, а также и за его упрямство. Его тоже восстановили против меня — сказанное им старику Иванову служит тому доказательством.
Но это все скоро минует. Все начинает проясняться, как и погода, что служит хорошим предзнаменованием, помни».