Неожиданно для Алексеева стала меняться сложившаяся военная иерархия. Ожидаемое вступление в должность Главковерха Великого князя Николая Николаевича так и не произошло. Еще вечером 6 марта у Алексеева состоялся длительный разговор по прямому проводу с Гучковым и князем Львовым. Петроградские политики снова, ссылаясь на изменившиеся политические обстоятельства, указывали генералу на сложность занятия поста Главнокомандующего представителем Дома Романовых. Гучков заявлял, что «события идут с такой быстротой, что теперь это назначение укрепило бы опасное подозрение в контрреволюционных попытках». «Лично я, — отмечал Гучков, — убежден в безусловной лояльности Великого князя в отношении нового порядка, но совершенно невозможно это убеждение внушить народным массам». «Поэтому, — пытался заверить Алексеева новый военный министр, — высказываю свое твердое убеждение в совершенной необходимости отказа Великого князя от Главнокомандования в Вашу пользу». От Алексеева требовали и кадровых перемен, отставок среди высшего генералитета (например, Главнокомандующего армиями Западного фронта генерала Эверта). Примечателен ответ Алексеева на предлагаемые меры: «Все такие меры я в данную минуту как начальник штаба принять не имею права, ибо мне это не предоставлено законом. Уже объявлено Великим князем, что 4 марта он вступил в должность; нужно изменить первоначально положение служебное, а засим только можно выполнять те или другие решения. Примите во внимание нашу бедность выдающимися силами генералов, широкие же меры встретятся с недостатком подходящих людей; заменять одного слабого таким же слабым — пользы мало».
Вопреки распространенному позднее мнению о его честолюбивой «жажде власти», следует отметить, что Алексеев отнюдь не стремился любой ценой возглавить армию и флот. Главком, по мнению Михаила Васильевича, должен был обладать значительным авторитетом и на фронте, и в тылу, что в тогдашних российских условиях значило больше, чем полководческие таланты. В военных кругах было распространено мнение, что во многом благодаря командованию Николая Николаевича удавалось добиться побед в Галиции, Польше, на Кавказе. Кроме того, следовало укрепить единоличный характер власти Главковерха. 5 марта Алексеев отправил в Петроград телеграмму, четко определявшую, что «для победы, безусловно, необходима правильная организация командного состава и его взаимоотношений, исходящая от Верховного Главнокомандующего, как единого могущего преподать ее армии и флоту». Дублирование военных полномочий, отправка приказов от Временного правительства, не говоря уже б Совете рабочих и солдатских депутатов, в Ставке считали категорически недопустимым. Но в Петрограде подобные «диктаторские» установки многих настораживали, их считали «устаревшими» для новых условий и принять утвержденное еще Николаем II решение о возвращении Великого князя на должность Главковерха не собирались.
В утренней телеграмме 7 марта Алексеев снова пытался убедить Львова и Гучкова в важности принятия должности Главковерха Великим князем: «До настоящей минуты получил на имя Верховного Главнокомандующего приветственные телеграммы от 14 городов, в том числе Одессы, Киева, Минска, с общим выражением удовольствия, что Верховный Главнокомандующий возвращается на свой прежний пост, и уверенности в победе… убедительно прошу сохранить назначение в силе. Авторитет имени поможет, вероятно, сохранить порядок в армии, на которую ведется сильный натиск с тыла, о чем я ежедневно телеграфирую вам — вопль наболевшей души начальников, любящих Родину и армию. В такие минуты подвергать хрупкий организм армии новому испытанию, в случае мало понятной для простой массы солдат перемены, не следует. Высшие интересы армии требуют удержать ее от излишних потрясений». При этом Алексеев совершенно игнорировал собственные отношения с Великим князем, ухудшившееся после того, как Николай Николаевич, став Главнокомандующим армиями Кавказского фронта, требовал от Ставки неоправданно высокого удовлетворения боевых нужд «своих» армий. Но мнение премьера и военного министра о политической «нецелесообразности» принятия Великим князем должности Главковерха оставалось неизменным, и под давлением Петрограда Николай Николаевич заявил о своей отставке.
С 11 марта Алексеев временно исполнял обязанности Главковерха (вр. и. о. наштаверха стал генерал Клембовский), а со 2 апреля 1917 г. принял должность формально, став, как тогда говорили, «первым Народным Верховным Главнокомандующим». Теперь ему самому в полном объеме, без оглядки на «Высочайшую Волю Монарха», предстояло принимать и осуществлять стратегические решения, контролировать положение на фронтах, осуществлять взаимодействие с союзниками. Теперь уже от него требовались собственные, самостоятельные решения. Требовались воля и настойчивость в проведении принятых решений, а в случае необходимости — выдержка, терпение и умение быть лояльным, хотя бы внешне, по отношению к «новой власти». Мог ли Алексеев принять на себя столь важные ответственность и инициативу? Психологически, учитывая отмеченные выше особенности его характера, это было непросто.