В воспоминаниях генерала Флуга поведение Алексеева также оценивается неоднозначно, хотя здесь и не уточняется, знал ли все-таки Михаил Васильевич о всех перипетиях «корниловского мятежа» именно как «антиправительственного заговора»: «Поведение М.В. во всем этом деле казалось мне несколько странным. Сначала он держал нейтралитет, а йотом как-то слишком охотно пошел навстречу желаниям Керенского, приняв на себя роль покорного слуги дискредитированного шута-главковерха. Допустимо, что Алексеев с самого начала не верил в успех предпринятого Корниловым шага. Но в таком случае казалось бы естественным дать ему совет отказаться от выступления, ввиду отсутствия шансов на успех. Назревающее выступление не могло быть тайной для М.В.».
В то же время нельзя не учитывать, что, арестовывая Корнилова и все руководство Ставки, Алексеев стремился, прежде всего, к спасению не только самого Главкома, но и сотен офицерских жизней, в частности членов Союза офицеров, от совершенно очевидного «революционного самосуда». Еще до ареста Корнилова Алексеев беседовал с товарищем председателя Главного комитета Союза офицеров полковником Прониным и предупреждал от необдуманных выступлений: «Полное спокойствие в настоящее время является единственным, что необходимо для перехода к нормальной жизни… В деле устроения армии все меры будут энергично поддерживаться и проводиться. Если я в этом потерплю неудачу, то сложу полномочия. Данная же минута требует особливого спокойствия и поддержания полного порядка, насколько это зависит от деятельности Главного комитета». И хотя практически все руководство Союза оказалось арестовано, следует помнить, что низовые структуры оказались слабо затронуты репрессиями и стали через два месяца основой для создания т.н. «Алексеевской организации», для возобновления “борьбы с революцией”».
С большим трудом Алексееву удалось добиться отмены движения к Ставке отряда полковника А.И. Короткова, отправленного на «подавление корниловщины» по инициативе командования Московского военного округа. Кроме этого, генерал смог добиться от Керенского согласия на несение охраны арестованных, преданными Корнилову бойцами Текинского конного полка. Во время смотра частей Могилевского гарнизона, проведенного сразу после «ареста» Корнилова, Алексеев высказался достаточно резко в отношении к нарушителям воинской дисциплины и чересчур «сознательным» солдатам. Это хорошо заметил выступавший на заседании Областного бюро Советов делегат Шубников: «Генерал Алексеев, по приезде в Ставку, взял странный тон по отношению к солдатам, оставшимся верными Временному правительству. Он всячески распекал их за плохое подчинение начальству и обещал послать в действующую армию тех солдат, которые, как наиболее сознательный элемент, способствовали тому, что некоторые воинские части, как Георгиевский полк, остались верными Временному правительству В то же время Алексеев всячески расхваливал корниловцев, в особенности командный состав, в приезд Керенского распевавший “Боже, Царя храни” (примечательная оценка “республиканцев”-корниловцев. — В.Ц.)».
Особенно важным было ходатайство Алексеева перед Временным правительством о расследовании деяний участников «корниловского мятежа» специальной комиссией из опытных юристов, а не революционными фронтовыми судами. «По общему убеждению, — заявлял Алексеев, — генерал Корнилов не поднимал руки против государственного строя, он стремился только к созданию власти сильной, рабочей, умелой; он ничего не желал для себя, был готов работать с теми, кто был бы способен спасти Родину и вывести ее из того тупика, в который она попала.
В этом стремлении к благу Родины заключается причина, в силу которой на стороне генерала Корнилова симпатии многих. Страдая душой вследствие проистекающих отсюда несчастий России, я сочувствую идее генерала Корнилова и не могу пока отдать свои силы на выполнение должности начальника Штаба, сознавая полную беспомощность водворить порядок в войсках и вернуть им боевую мощь».
После проведенного «ареста» Ставки, Алексеев сдал должность Наштаверха (10 сентября 1917 г.) снова, формально вернувшись к статусу находящегося «в распоряжении Временного правительства». Хотя, очевидно, он не исключал возможность возобновления службы в высшем военном командовании. Правда, предложение Керенского о командировке в Париж для участия в работе очередного межсоюзнического совещания Алексеев отверг (есть свидетельства, что генерал называл «игрой краплеными картами» попытки убедить союзников в боеспособности «революционной армии»). Но и непродолжительное пребывание в Могилеве не прошло напрасно. Как вспоминал генерал-майор М.Д. Бонч-Бруевич, ставший в сентябре 1917 г. начальником Могилевского гарнизона, по настоянию Алексеева на должность начальника штаба Главковерха Керенского был назначен генерал-лейтенант Н.Н. Духонин, работавший с Михаилом Васильевичем еще в штабе Киевского военного округа. А должность генерал-квартирмейстера, также по рекомендации Алексеева, принял один из его ближайших соратников — вернувшийся в Россию с Салоникского фронта генерал Дитерихс. Бонч-Бруевич вспоминал, что Духонин говорил ему в частной беседе: «Назначение Алексеева начальником штаба к Керенскому спасло Лавра Георгиевича (Корнилова. — В.Ц.) и остальных участников корниловского заговора». Благодаря Духонину и Дитерихсу Алексеев оставался в курсе всех происходящих в Ставке событий и мог использовать прежние военные контакты уже для политических целей.