Другим центром сопротивления могла стать Ставка. После позорного, по мнению многих, бесследного исчезновения Керенского из Гатчины полномочия Главкома фактически перешли к Наштаверху — генералу Духонину. Благодаря его распоряжению все «быховские узники», во главе с генералом Корниловым, были освобождены из-под ареста и отправились на Дон. Узнав о том, что Духонин оказался и.о. Главковерха, а Дитерихс — и.о. начальника штаба Главкома, Алексеев написал своему соратнику и ученику письмо, в котором подробно изложил свои планы, связанные с организацией контрреволюционных центров на Юго-Востоке России. 8 ноября в письме Дитерихсу Алексеев изложил «экономические и политические цели» существования суверенного «юго-восточного угла России». Это был «район относительного спокойствия и сравнительного государственного порядка и устойчивости; здесь нет анархии, даже резко выраженной классовой борьбы… здесь естественные большие богатства, необходимые всей России; на Кубани и Тереке хороший урожай». В будущей России этот край стал бы оплотом экономического возрождения, он мог бы «отбиться от немецкого капитала, промышленной предприимчивости, тевтонского натиска… Из этой цитадели должна затем начаться борьба за экономическое спасение наше от немца, при участии капитала англо-американского».
Экономическая стабильность Юго-Востока обеспечивала бы и политическую стабильность. Генерал по-прежнему подчеркивал важность взаимодействия фронта и тыла, взаимозависимости экономических и военно-политических факторов в современной войне (а особенно в условиях очевидной перспективы войны гражданской): «Под покровом силы промышленно-экономической и порядка здесь именно надо создать сильную власть, сначала местного значения, а затем — общегосударственного». В условиях «большевистского переворота» и продолжения войны с Германией следовало подумать и об организации суверенных вооруженных сил Союза, о «формировании реальной, прочной, хотя и небольшой, вооруженной силы для будущей активной политики».
Территория Союза, по мнению Алексеева, получила бы статус отдельного военного округа с общими штабными и организационными структурами. В этом случае «Алексеевская организация» могла стать частью его вооруженных сил. Имелись «элементы», из которых предполагалось начать военное строительство: «…много офицеров, часть юнкеров и гардемаринов из разгромленных училищ, не потерявшие честную душу солдаты, наконец, добровольцы».
Генерал не строил иллюзий в отношении скорого противодействия большевикам. Отмечая характерную для всех периодов будущей Гражданской войны тенденцию приоритета местных интересов над всероссийскими («завоевание России казакам не но силам»), Михаил Васильевич был уверен в том, что формирование антибольшевистских сил будет происходить постепенно. В частности, под влиянием «местной пожилой массы» — старых казаков — будет «выколочена навеянная дурь из голов более молодых казаков», возвращающихся с фронта из «распропагандированных» большевиками полков. Контрпропаганда, идеологическая «борьба с большевизмом» и с местным «сепаратизмом» представлялась важной частью политической работы.
Не менее важным являлось также обеспечение притока на Юго-Восток денежных средств от крупных финансово-промышленных структур и частных лиц. Формирование и финансирование будущих воинских частей следовало проводить одновременно, поэтому создание «экономического совещания» из «выдающихся деятелей центра», а также местных финансово-промышленных кругов имело бы «не только промышленно-экономическое, но и политическое, а следовательно, косвенно — и военное» значение. Единая и главная «задача но спасению государства» разделялась, таким образом, на «две основные»: «политическую — печать, пропаганда, агитация, обработка умов, внушение побольше смелости» и «военную — подготовка войсковых частей, усиление казачьих».
Алексеев убеждал Дитерихса в важности сохранения в Ставке системы управления войсками. Необходимо было перевести на Дон и Кубань «надежные части» и боеприпасы, а также широко оповестить союзные державы об отношении к совершившемуся большевистскому перевороту. В частности, Алексеев обращал внимание на возможность использования сформированных в составе Российской армии польских и особенно чехословацких воинских частей в усилении антибольшевистского сопротивления: «Все чешско-словацкие полки… охотно свяжут свою судьбу с деятелями спасения России. Некоторые связи установлены; в скором времени они получат дальнейшее развитие. Если Вы можете оказать содействие к переводу под тем или другим предлогом, то положите прочное начало к созданию здесь реальной силы… Если бы можно было рассчитывать на перемещение чехословаков, то командирование от них офицеров было бы полезно для изучения условий расположения». Алексеев особенно подчеркивал необходимость сделать Ставку последним оплотом «легальной власти», считал важным использовать аппарат Ставки для формирования добровольческих частей (под видом отделений офицерских союзов, увечных воинов и т.п.). Их снабжение боеприпасами, обмундированием и снаряжением могло осуществляться, по мнению генерала, не только за счет Ставки, но и при содействии налаженного за годы войны аппарата Управления генерал-инспектора артиллерии, Главного артиллерийского управления, Главного военно-технического управления. В адрес Новочеркасского артиллерийского склада следовало переводить многотысячные партии винтовок, снарядов, патронов, перевозить «артиллерийские парки» и пулеметы. Чтобы не повторять горький опыт «обороны» Зимнего дворца и «кровавой недели» в Москве, когда произошла «гибель лучшего элемента, гибель нерасчетливая и преступная», нужно было, «создавая организации в центре… подумать о сосредоточении для них оружия и патронов».