Спустя два дня (16 ноября 1917 г.) состоялась новая встреча Алексеева с Калединым, во время которой уже обсуждалась возможность использования сил «организации» против местных красногвардейских отрядов. По воспоминаниям Лисового, Каледин с глубоким сожалением говорил об отсутствии у Войска «денег, людей, патронов» для того, чтобы бороться с «ростовскими совдепами». «Генерал Алексеев, по обыкновению, спокойно и мягко начал излагать те меры, которые, по его мнению, нужно было бы немедленно принять, чтобы своевременно подавить надвигающуюся опасность, и в этом спокойствии, в этой мягкой речи… чувствовалась несокрушимая энергия и твердость… Атаман внимательно слушал.
— И все, что у меня наберется в организации, я отдам, Алексей Максимович, в Ваше распоряжение, ибо время дорого, ибо опасность действительно близка, и бороться с ней нужно всеми силами».
Атаман выделил оружие с артиллерийских складов, а 20 ноября добровольцы участвовали в разоружении большевистски настроенного 272-го запасного полка в Новочеркасске. Затем — в занятии Ростова-на-Дону, где после восстания рабочих и солдат готовилось установление советской власти. Отряд «алексеевской организации», численностью в 400 человек, под командованием капитана Л.-Гв. Измайловского полка И.Д. Парфенова, атаковал пригородные укрепления Ростова, куда 2 декабря въехал Каледин. Эти действия убеждали колеблющихся местных донских политиков в важности поддержки со стороны «Алексеевской организации».
На положение «организации» повлияло прибытие на Дон генерала Корнилова и других «быховских узников», а также многих известных политиков-антибольшевиков. Одной из главных стала проблема верховного руководства. Корнилов пользовался большим авторитетом первого, начавшего борьбу с «врагами России», и многие считали, что только ему надлежит стать во главе зарождающегося Белого дела. Однако сам Корнилов считал более перспективным для себя отъезд в Туркестан или в Сибирь, где он предполагал приступить к формированию собственных антибольшевистских сил.
На Дону нельзя было игнорировать ни авторитет Алексеева, ни руководство Областью в лице атамана Каледина, ни приехавших на юг влиятельных политиков, ни местных деятелей «общественности». По воспоминаниям Ряснянского, ему пришлось организовать специальную делегацию от членов Главного комитета Союза офицеров, оказавшихся в Новочеркасске, для того чтобы убедить Корнилова остаться на Дону и совместно с Алексеевым и Калединым принять участие в формировании армии и политических структур.
Весьма сложными оставались отношения Алексеева с Корниловым. Бывший начальник дипломатического отдела в Ставке, известный русский философ и писатель Г.Н. Трубецкой вспоминал: «С первых же дней обнаружилось, что между Алексеевым и Корниловым существует острый антагонизм, они взаимно совершенно не переносили друг друга». Корнилов, не желая простить Алексееву «его роли в августовские дни», считал, что «Алексеев во многом виноват в наших неудачах во время войны, и смотрел на него с тем оттенком презрительности, с какой боевые генералы смотрят на кабинетных стратегов». Алексеев же «находил Корнилова опасным сумасбродом, человеком неуравновешенными непригодным на первые роли»{91}.
Не менее важные причины разногласий отмечал также Ряснянский. По его мнению, хотя Корнилов и «требовал полной самостоятельности в управлении армией и се формировании», все же Алексеев «считал необходимым оставить за собой главное руководство делами армии. В большей степени он был прав, ибо на Дону против него не так восставала революционная демократия, как против Корнилова, одно имя которого приводило демократов в неистовство. “Кредитоспособность” Алексеева была несомненно выше потому, что его считали более уравновешенным и не способным на те крайние меры, на которые считали способным Корнилова. В широких общественных кругах имя Алексеева считалось более авторитетным, — его считали более опытным политиком, чем Корнилова. Последнему ставили в минус его “необдуманное” выступление против Керенского». Безусловно, играла роль и психологическая несовместимость эмоционального, «взрывного» Корнилова и рассудительного, умудренного жизненным опытом Алексеева». По замечанию князя Ухтомского «на сколько генерал Алексеев был человеком, прежде всего, рассудка и расчета, на столько же генерал Корнилов был человеком интуиции и риска»{92}.