Для успеха предполагаемых наступательных операций Алексеев считал крайне важной подготовку не только политических, но и сугубо военных центров, расположенных на территориях, оккупированных немецкими войсками, и в Советской России. Еще в начале 1918 г. генерал предполагал, что подобные структуры можно создавать в каждом губернском городе. Летом 1918 г. стала формироваться система «Центров Добровольческой армии». Общая координация деятельности Центров была возложена на Военно-политический отдел. Была разработана «Краткая инструкция по организации на местах Центров Добровольческой армии», согласно которой назначаемые лично генералом Алексеевым начальники Центров должны были «войти в самую тесную связь со всеми сочувствующими офицерскими и, вообще, военными организациями», «производить набор и отправку добровольцев, офицеров и солдат в армию, следить, чтобы означенные добровольцы не задерживались с отправлением». Дважды в месяц (1-го и 15-го числа) начальник Центра должен был отправлять донесения в Военно-политический отдел Добрармии.
Центры действовали во всех крупных украинских городах (Киеве, Харькове, Одессе, Севастополе) и Тифлисе. Данные города представляли собой пункты дислокации воинских частей, в них размещались военно-учебные заведения, средние и высшие учебные заведения, а также крупные финансовые и торгово-промышленные компании. Здесь можно было получить необходимую материальную и людскую поддержку. Основные задачи Центров сводились к содействию в комплектовании Добровольческой армии (отправка в армию людей и оружия), передаче сведений разведывательного характера, а также к подготовке собственных вооруженных («партизанских») групп. Но в дальнейшем, после соединения с белыми фронтами, Центры должны были выполнять функции формирования гражданской власти в тылу (разумеется, административной, а не представительной). Также на их основе предполагалось создавать и новые воинские части для белых армий.
Работа Центров различалась в зависимости от местных условий, а также от уровня политической, военной подготовки руководителей, степени их влияния. Была установлена определенная иерархия Центров. Территориальная специфика при организации Центров носила уже не региональный, а всероссийский характер. Выделялась категория Центров 1-го разряда («главных»), к которым относились Киевский (во главе с генерал-лейтенантом П.Н. Ломновским), Одесский (им руководил вице-адмирал Д.В. Ненюков), Харьковский (во главе с полковником Б.Л. Штейфоном). Весьма показательны указания, даваемые Центрам применительно к отношениям с немецкими войсками. Помимо того, что работавшие на Украине Центры обязывались заниматься разведкой и контрразведкой, «по указанию генерала Алексеева или в случае военных действий немцев против Добровольческой армии или Волжского фронта» они должны были приступить к партизанским действиям, диверсиям против «немецких оккупантов»{142}.
В ходе развертывания Центров на Юге России у Алексеева возникли небольшие разногласия с Деникиным. Михаил Васильевич по-прежнему весьма щепетильно относился к разделению полномочий внутри руководящих структур армии, тем более, если речь шла о сборе и обработке разведывательной информации, получаемой с мест. Алексеев считал, что эта часть работы Центров должна сосредотачиваться только у Военно-политического отдела. Но в то же время, согласно уставным положениям, принятым в Российской армии, разведкой и контрразведкой должна была заниматься генерал-квартирмейстерская часть штаба Добрармии.
Так же негативно относился генерал к любым попыткам финансирования расходов местных организаций и Центров. Как известно, Алексеева отличала тщательная экономия весьма ограниченных средств армейского бюджета. И даже летом 1918 г., когда приток средств несколько вырос, генерал считал недопустимой любую «децентрализацию» финансов. «Я получаю сведения, — писал он Деникину, — что штабами армии производятся субсидирования Центров без согласования с моими предположениями и условиями. Полагаю, что в этом вопросе торговля на две лавочки идет во вред делу, ведет к тому, что исполнители не знают, в чьих же действительно руках находится организация всего вопроса, и изыскивают способы из двух мест получить средства, которые при иных обстоятельствах они изыскать могли бы на месте».
Завершалось письмо показательной просьбой: «Не претендую ни на что, но прошу ясности, определенности и откровенности в этом болезненном вопросе, которому вашими штабами придавался всегда для меня обидный оттенок, хотя мои распоряжения и вносили известную стройность и систему в это дело».