Еще более заметным «понижением» считался перевод Алексеева в июле 1912 г., в разгар корректировки стратегических планов предстоящей войны, с должности начальника штаба Киевского округа в Смоленск, на должность командующего 13-м армейским корпусом, входившим в состав Московского военного округа. Конечно, «переход в строй» дал возможность Алексееву почувствовать перемены, происходившие не в высших военных сферах, а в среде офицеров и солдат, но, с точки зрения эффективности использования его штабного опыта и стратегического таланта, это перемещение вряд ли можно считать положительным. Предложения, исходившие из самых различных кругов, о назначении генерала на должность начальника Генерального штаба, отвергались военным министром но причине «незнания языков», без чего, якобы совершенно невозможно было «общаться с союзниками» (генерал хорошо читал по-французски и по-немецки, но разговорная практика у него была небольшая). В упрек ставились также «чрезмерное увлечение» штабной работой и недостаток «строевого ценза», хотя «армейскую лямку» Михаил Васильевич «тянул» беспрекословно и до, и после Академии. Как отмечал Кирилин, «указывали… что Алексеев не прошел практики командира полка и начальника дивизии, а ротой командовал лишь год». И, уже без участия генерала, стратегические и оперативные планы на 1914 г. были определены с учетом установок ГУГШ, ориентированных как на удары по Австро-Венгрии, так и на наступательные действия в Восточной Пруссии.
В этой ситуации проявилась еще одна показательная черта характера Алексеева, усилившаяся с годами и не вполне понятная для многих. Вместо ожидаемых твердости и категоричности в отстаивании своих взглядов он проявлял порой неожиданную и пассивную уступчивость. Информируя о той или иной проблеме, отмечая возможные негативные последствия в случае неправильного или несвоевременного се решения, он не настаивал на очевидной правильности своего варианта. Понимая, в частности, что изменить стратегические планы Военного министерства и ГУГШ ему полностью не удастся, Алексеев готов был скорректировать собственные предложения в отношении развертывания сил против Австро-Венгрии. Когда же в конце концов и от них отказались, не пошел на конфликт с «вышестоящими» и примирился с произошедшим.
Психологически Михаилу Васильевичу было свойственно стремление избежать столкновения, тем более если возникала ситуация, в которой ему — по его должности и «бюрократическому весу» в системе военного управления — заведомо пришлось бы уступать вышестоящим министерским чиновникам. Красноречиво об этом свидетельствуют строки его переписки с сыном, поступившим осенью 1910 г. в Николаевское кавалерийское училище и вышедшим, после его окончания, в Лейб-Гвардии Уланский Его Величества полк: «В жизни тебе придется сталкиваться с очень тяжелыми по своему характеру и взглядам начальниками… Моя служба часто ставила меня лицом к лицу с такими начальниками; без служебной выдержки и спокойствия, не поступаясь своим достоинством, меня давно бы уже не было в армии… Немыслимо требовать, чтобы все начальники были всегда спокойны, справедливы, вежливы, идеальны. Тогда некому было бы служить. Если бы от неидеальных начальников все подчиненные уходили бы в отставку, отчислялись бы… то пришлось бы распустить армию… Мы служим во имя более высоких интересов. И во имя их нужно мириться и уметь тактично переживать и смягчать те неприятности и шероховатости, без которых немыслима, уверяю тебя, служба».
Явственны здесь и отличительное для христианской этики смирение, и терпимость к своим противникам, а правила поведения православного христианина Михаил Васильевич старался во всем соблюдать. Впоследствии эти качества ярко проявятся во время революционных событий февраля—марта 1917 г. И это несмотря на то, что в трусости Алексеева нельзя было упрекнуть.
Принципиальное отношение к военной службе также отмечалось генералом в переписке с сыном. Не считая зазорным наставлять Николая в соблюдении правил грамматики русского языка, он настоятельно подчеркивал важность получения общих разносторонних знаний и требовал прилежания в работе: «…помни, что жить тебе самому придется; Родине нужен человек знающий, подготовленный; неуков и неудачников у нее много; им и теперь нет места, а в будущем — тем более. Нужно решать теперь же и сейчас же — работать и работать… Главное, чего нам недостает, — знаний, науки, желания хватать на лету работу мысли тех, кто знает военное дело». Главное, в чем твердо уверен генерал и в чем он убеждает сына, — это служение Родине, России, служение настоящее, а не показное стремление «сделать карьеру», выгодно «поймать момент»: «Куда бы ты ни вышел, служить, конечно, нужно не за страх, а за совесть. Нужно это, прежде всего, во имя честности, во имя любви к нашей дорогой России, у которой так много врагов и не так много людей, желающих и могущих работать для славы и благополучия ее. Нужно это делать и потому, что наша с тобой жизнь обеспечивается тем, что даст нам та же Родина. Глубоко верю в то, что в этом отношении у меня с тобой взгляды совершенно одинаковы; своим примером, без слов и поучений, я говорил и показывал, как и чем мы можем платить наш долг Родине».