Несмотря на многие разногласия Алексеева со Ставкой, высшее военное командование и прежде ценило его знания и опыт, особенно проявившиеся во время «великого отступления». Не случайно поэтому перевод генерала на более высокую должность предполагался еще до принятия Государем верховного командования. По воспоминаниям о. Георгия Шавельского, «наш Верховный Главнокомандующий Великий князь Николай Николаевич, посетив штаб генерала Алексеева, повеселел. Опрошенный о причине этого близкими к нему людьми, Великий князь ответил: “Повеселеешь, батюшка мой, поговоривши с таким ангелом, как генерал Алексеев… какая разница во всем: бывало, что ни спросишь, либо не знают, либо знают кое-что, а теперь на все вопросы — точный ответ. Все знает: сколько на фронте штыков, сколько снарядов, сколько в запасе орудий и ружей, продовольствия и одежды; все рассчитано, предусмотрено… Будешь, батюшка, весел, поговоривши с таким человеком”».
По-иному смотрел на перспективы своего «повышения» сам Михаил Васильевич. «Тяжело мне сейчас, а скоро будет еще тяжелее… не но количеству работы, а потому что по неисповедимым указаниям Господним я скоро опять переменю место и стану в такой среде, в такой атмосфере, которую я не знаю, боюсь, к которой не подготовило меня мое скудное воспитание и незаконченное для высокого света образование», — так писал Алексеев о своем предстоящем «повышении»: «С тревогой смотрю на свое будущее. Затруднятся мои отношения, а увеличится моя ответственность. Куда ведет меня воля Господня — не знаю, и нужно претерпеть до конца. Пока только могу сказать это; скоро решится вопрос, и я, к сожалению, должен буду покинуть фронт».
Вряд ли можно считать, что генерал что-либо приукрашивал или лукавил, говоря о своем настроении и ожиданиях при известии о переводе из штаба фронта в Ставку. Сама по себе штабная работа его не смущала, его опыта было вполне для этого достаточно. Но он действительно, будучи чуждым светским манерам и условностям, не «вписывался» в сложившийся стереотип «свитского» поведения, столь типичного для многих «генерал-адъютантов», составлявших окружение Государя Императора. Только вера и надежда на «волю Господню» укрепляла Михаила Васильевича в столь ответственном решении.
Показательно, что вскоре по вступлении в должность Начштаба Главковерха Михаил Васильевич отдал утвержденную Государем директиву о прекращении отступления русских войск (26 августа 1915 г.), хотя немецкое наступление еще продолжалось. Последней попыткой сокрушить русский фронт, достаточно авантюрной даже по признанию самих немецких командиров, стал прорыв 31 августа 1915 г. кавалерийской группы противника из шести дивизий под Свенцянами, у Постав Сморгони. Данный рейд представлялся Алексееву не таким уж «бессмысленным», а напротив, довольно опасным, поскольку его успех угрожал разрывом тыловых коммуникаций, вероятным выходом на «Московскую дорогу», ликвидацией и без того скудных военных баз, коммуникаций и тыловых магазинов.
Вильно-Молодеченская операция стала первой операцией, которую Алексеев проводил уже в должности начальника штаба Главковерха. Примечательные воспоминания оставил об этой операции начальник службы связи генерал-квартирмейстерской части штаба Главковерха полковник Б.Н. Сергеевский. Для того, чтобы все-таки добиться, хотя бы частичного окружения русских, «несколько германских армий было брошено в четвертое, невиданное по количеству сил, наступление… Удар на Ковно — Вильно и огромный прорыв севернее — “Свенцянский прорыв”. В районе Вильно должно было быть окружено две русских армии». В этих условиях Алексеев решился на смелый и довольно рискованный контрманевр. Нужно было «пропустить» немецкие силы в тыл, с последующим их охватом. После этого как минимум можно было рассчитывать на вытеснение, а как максимум — на окружение зарвавшихся немцев. Штаб организовал также ответную атаку русскими кавалерийскими полками у Борисова и Молодечно — для оперативной ликвидации прорыва немецких кавалеристов. «Охватившие нашу Виленскую группу с севера, северо-востока и востока, германцы достигли, — писал Сергеевский, — Борисова и Молодечно. Пока Виленская группа 10 дней отбивалась фронтом на запад, север и восток, а снятые с фронта много южнее русские части, после успешного многодневного марша останавливали ударом с юга голову обходившей массы… генерал Алексеев успел создать путем перевозок по железным дорогам ударную группу, угрожавшую германской обходной группе с востока. И эта ударная группа состояла не из нескольких полков или даже дивизий — а из целых двух армий.
Как только эта угроза выяснилась для германского командования, так тотчас же начался спешный отход прорвавшегося германского “кулака”, и после ряда боев, уже местного характера, линия фронта вытянулась по меридиану от Двинска на Западной Двине до Румынской границы, и в течение двух последующих лет мы не видели подобной активности противника на нашем фронте.