Проявилась и еще одна черта, сближавшая Главкома и его начальника штаба, — это глубокая православная вера, искренняя, не показная набожность. О. Георгий Шавельский вспоминал, что Алексеев всегда отличался «аккуратным посещением воскресных и праздничных всенощных и литургий. В штабной церкви, за передней правой колонной у стены, в уютном, незаметном для богомольцев уголку был поставлен аналой с иконой, а перед ним положен ковер, на котором все время на коленях, отбивая поклоны, отстаивал церковные службы, являясь к началу их, генерал Алексеев. Он незаметно приходил и уходил из церкви, незаметно и простаивал в ней. Молитва церковная была потребностью и пищей для этого редкого труженика, поддерживавшей его в его сверхчеловеческой работе».
В этой связи важно отметить, что за время войны Михаилу Васильевичу неоднократно преподавались благословения иконами со стороны иерархов Русской православной церкви. Так, но воспоминаниям митрополита (в те годы архиепископа Волынского) Евлогия (Георгиевского), летом 1914 г., в первые же дни после начала военных действий в Житомир прибыли генералы Иванов и Алексеев. Перед чудотворным образом Пресвятой Богородицы Почаевской был отслужен молебен. Архиепископ Евлогий благословил «воина Николая» и «воина Михаила» иконами. Весьма примечательно и то, что молебны проходили в дни особого молитвенного почитания почаевских святынь: 23 июля, в праздник Почаевской иконы Божией Матери, и 15 августа, в праздник Успения Пресвятой Владычицы нашей Богородицы и Приснодсвы Марии. По воспоминаниям митрополита Евлогия, в эти дни австро-венгерские войска пытались захватить г. Владимир-Волынский, который оборонялся всего лишь одним 68-м Лейб-пехотным Бородинским полком. До подхода резервов полк удерживал город против вчетверо превосходящих сил противника. Так, с Божией помощью началась победоносная Галицийская битва.
Затем, в ноябре 1915 г., в Ставке Михаилу Васильевичу в день именин была передана икона архистратига Божия Михаила. Летом 1916 г. от архиепископа Тобольского и Сибирского Варнавы (Некропина), известного монархиста, члена Русского собрания, Михаилу Васильевичу было преподано благословение «древней иконой» Пресвятой Богородицы Знамение (возможно, список с Абалакского чудотворного образа Божией Матери). Важным событием в начале Брусиловского прорыва стал молебен и крестный ход, связанные с принесением в Могилев и благословением Ставки иконой Пресвятой Богородицы Владимирской (28—29 мая 1916 г.): «Накануне праздника Святой Троицы в Царскую Ставку доставлена по Высочайшему Его Императорского Величества повелению из Московского Успенского собора Чудотворная икона Владимирской Божией Матери». Государь Император и Наследник Цесаревич встречали крестный ход, идущий от городского вокзала к зданию Ставки и вместе с участниками крестного хода (среди которых был и Алексеев) прошли в церковь штаба Верховного Главнокомандующего. Здесь для поклонения был поставлен чудотворный образ. А 30 мая, в день Святого Духа, по окончании Божественной литургии, совершенной в церкви штаба, перед чудотворной иконой был отслужен благодарственный молебен «за ниспосланные российскому воинству победы». О. Георгий Шавельский, «обратившись к воинским частям, произнес слово, затем в Высочайшем присутствии был отслужен перед иконой молебен с провозглашением многолетия Царствующему Дому, всероссийскому воинству и воинству союзных стран и вечной памяти павшим воинам». Все чины штаба Ставки участвовали в торжественных богослужениях.