Память Алексеева изумительна. Как Главнокомандующий Северо-Западным фронтом он, бывало, сидел и часами изучал карту и получаемые телеграммы. Затем садился к письменному столу и, уже не глядя ни на карту, ни в телеграммы, писал своим бисерным почерком директиву на трех-четырех листах, точно означая место каждого корпуса и дивизии, все пункты и т.п. Имея орден Белого орла, вернее, право на него, он не носит его, потому что сам еще не купил, а казенного не прислали. Он глубоко презирает всех, кто не знает, что служит родине, но хорошо знает двор и помнит свою карьеру. И он убежден, что, если к весне 1916 г. дела поправятся, его удалят, чтобы дать закончить войну людям из “своих”. А так как он ничего не добивается, то и служит по совести, пока нужен…»
И вот еще один весьма показательный штрих, отмеченный уже Борисовым. «Со всей ревнивостью настоящего служаки и человека, больше всего дорожащего пользой великого дела, которому он служил, Михаил Васильевич оберегал дело от всяких посторонних влияний и вмешательств. В этом отношении он, столь неограниченно деликатный и мягкий, сразу давал понять, что не допустит в святая святых тех, кому этого хотелось бы лишь для собственного любопытства». Важно понять и оценить подобные качества начальника штаба Главковерха: именно в это время разгорелся известный «шпионский скандал», связанный с разоблачением деятельности полковника С.Н. Мясоедова, обвинениями в адрес военного министра Сухомлинова и других сотрудников Военного управления. Позднее, в августе 1917 г., Алексеев в качестве свидетеля давал показания Следственной комиссии по «делу Сухомлинова» и, хотя не приводил фактов ошибочной или преступной работы бывшего военного министра, не верил в то, что бывший военный министр являлся «изменником», но обвинял министерство в неоправданной доверчивости в деловых контактах. Вероятность внедрения немецкой разведки даже в самые высшие «сферы» не исключалась. Щепетильность и настойчивость Алексеева в соблюдении военных секретов относилась не только к себе самому, но и к самым близким ему людям. Он, как известно, настоятельно требовал от сына сжигать его весьма доверительные письма (что, правда, сыном далеко не всегда делалось).
В этой связи уместно также отметить отношение генерала к разведывательной и контрразведывательной работам, роль которых в годы войны существенно возросла. По довольно категоричному мнению одного из основателей отечественной контрразведки генерал-майора Н.С. Батюшина, Алексеев не придавал должного значения работе спецслужб при штабах и на фронте. «В самой Ставке Верховного Главнокомандующего, — отмечал Батюшин, — настолько не придают значения делу тайной разведки, что даже не формируют особого разведывательного отделения для общего руководства этим нелегким делом в армиях и для постановки очередных задач Главному управлению Генерального штаба. Этим же обстоятельством надлежит объяснить и полное игнорирование Ставкой радиотелеграфной разведки, когда дело это было поставлено в подчиненном ей флоте, откуда и можно было бы “пересадить” его в сухопутную армию… Ставка Верховного Главнокомандующего обращала на контрразведку столько же внимания, сколько и на тайную разведку, то есть предоставила им обеим работать по их собственному усмотрению, без общего руководства. Между тем война изъяла контрразведывательные отделения штабов армий и военных округов на театре военных действий из подчинения Главного управления Генерального штаба, предоставив наблюдение за их работой штабам фронтов и отдельных армий… Только 6 июня 1915 года Верховный Главнокомандующий утвердил новое “Наставление по контрразведке в военное время”. Таким образом, почти весь первый год войны контрразведкой никто из высших военных органов не интересовался совсем, и потому она велась бессистемно, чтобы не сказать — спустя рукава».
Особое раздражение у Батюшина вызывало безграничное доверие, которым пользовался в Ставке Лемке. Батюшин отмечал, что Лемке «совершенно откровенно говорит о том, как он использовал доверчивость и халатность чинов Ставки — до генерала Алексеева включительно — чтобы похищать секретные военные документы. Он копировал их почти что на глазах у всех и ежедневно в казенных пакетах отправлял их в Петроград с фельдъегерями». Когда же Лемке заподозрили в чрезмерном внимании к военным сведениям, то ему удалось представить свое положение как жертвы «жандармской слежки» и, «базируясь на безграничном к нему доверии генералов Алексеева и Пустовойтенко», обеспечить свою неприкосновенность. «Алексеев, — писал в своем дневнике Лемке, — был вообще возмущен работой жандармов; говорил, что они пересадили в контрразведку политический сыск, совершенно не способны отказаться от него и даже провоцируют, считая это лучшим способом уловления». С большим трудом, не без содействия дворцового коменданта В.Н. Воейкова, Батюшину удалось добиться перевода Лемке из Ставки (2 июня 1916 г.) в ГУГШ.