Как же действовал царь в этой сложной политической ситуации на Украине? Прежде всего Мазепе надобно было противопоставить нового гетмана. И вот Петр спешно собирает в Глухове казацкую раду. Естественным кандидатом Петра на гетманский пост становится полковник стародубского полка Скоропадский, поскольку стародубцы только что отличились в борьбе против шведов. Скоропадского в Глухове единогласно избирают гетманом. Другой вопрос, который возникает перед Петром, — это вопрос о поведении армии на Украине. Русским войскам еще при вторжении шведов в Северную Украину было приказом строжайше запрещено чинить какой-либо ущерб местным жителям.
«Малороссийский народ как можно оберегаем и до озлобления не допускаем…» — доносил Петру I Шереметев еще 5 октября из Почепа. Соблюдать, однако, «бережение» во время военных действий было трудно. Был сожжен дотла Батурин, такая же участь ожидала и Ромны, когда туда после ухода шведов вступили царские войска. Однако если в случае с Батуриным царь и его фельдмаршал только приветствовали решительные действия Меншикова, не допустившего превращения гетманской столицы в военную базу шведской армии, то в случае с Ромнами реакция Петра была совершенно другой. Царский адъютант Ушаков, который вместе с казачьим отрядом находился при дивизии генерала Алларта драгунских полках бригадира Фастмана, вступивших в Ромны, тотчас сообщил Петру о разорении этого местечка, хотя войска были впущены туда без всякого сопротивления, сразу после ухода шведов. Более того, по сообщению Ушакова «тутошний жители обрадовались приходу нашему… Однако радость их превратилась в печаль: драгуны все дома разграбили по повелению вышних командиров…».
Получив эти сведения от Ушакова, Петр I поручил срочно разобраться в этом деле канцлеру Головкину. Тот сразу же отправил в Ромны майора-преображенца с грозным приказом: «Офицеров в Ромнах по розыску казнить смертью во страх другим, а рядовым буде меньше десяти человек, то казнить третьего, буде же больше, то седьмого или девятого. Также розыскать о главных офицерах, не было ль от них позволения на тот грабеж».
Наказания, последовавшие за грабежом в Ромнах, стали, конечно, известны в войсках, и разор местного населения был пресечен, скифская война на Украине меняет свой характер.
А вот шведы, которые вместе с Мазепой выпускали «прелестные грамоты», очень скоро сбросили маску и выступили как откровенные захватчики и насильники. В тех же Ромнах, по донесению того же Ушакова, «неприятель у жителей всякие харчи и иное покупал дорогою ценою, а по отъезде из Ромен назад деньги отбирал». Впрочем, вскоре шведы вообще перестали как-то платить за провиант и фураж — начался такой же грабеж населения, какой они учиняли в Польше и Белоруссии. Ответом на это стала развернувшаяся зимой 1708/09 года народная война против шведских захватчиков.
В этой войне русские солдаты и украинские казаки плечо к плечу сражались против шведов, что лучше всего доказывает оборона неказистых местных крепостей, ставших перед шведами неприступными твердынями. Так, 20 ноября 1708 года шведов не впустили в свой город жители города Смела, хотя там и не было русского гарнизона.
Одновременно с сопротивлением городов возникают партизанские отряды в сельской местности, и уже в начале декабря шведы вынуждены предпринять против них первую карательную экспедицию. «10 декабря полковник Функ с пятьюстами кавалеристами, — свидетельствует королевский историк Адлерфельд, — был командирован, чтобы наказать и образумить крестьян, которые соединялись в отряды в различных местах. Функ перебил больше тысячи людей в маленьком городке Дрыгалов. Он испепелил также несколько враждебных казачьих деревень и велел перебить всех, кто повстречался, чтобы внушить ужас другим». Однако никакие карательные экспедиции не могли сломить разворачивающуюся борьбу целого народа против захватчиков. Вскоре все дороги для шведов на Украине стали небезопасными от нападений бесчисленных казачьих отрядов. «Неприятель, — вынужден был признать Адлерфельд, — своими непрерывными налетами мешал нам пользоваться изобилием и плодородием этой прекрасной страны в той степени, как мы желали бы. Припасы становились к концу крайне редкими и чудовищно дорогими».
Партизанская война на Украине многократно усиливалась благодаря поддержке русской армии. Петр I сумел учесть важность этого дела, и из регулярных войск выделяются небольшие кавалерийские отряды, подобные отряду Ушакова, составленные из казаков и драгун, которые буквально висят на хвосте шведской армии. Эти отряды были полезны русскому командованию еще и тем, что поставляли крайне важные сведения о всех передвижениях и дислокации шведских войск. Как только шведы стали устраиваться на зимние квартиры, Ушаков, например, срочно сообщил 20 ноября 1708 года Меншикову, что «король шведский пришел в местечко Ромен ноября 18 дня. Изменник Мазепа такожде числа пошел до Гадич и намерение имел воровское, чтоб ему забунтовать запорожцами». О дальнейших передвижениях и дислокации шведов Ушаков пишет 7 декабря 1708 года самому Петру: король «стоит по квартирам против прежнего. Також уведомился через тутошних жителей, генерал-майор Лагер-Крон и Круз очистили квартиры, надеючись по деревням к Конотопу. Знатно, что хотят пространней стать».